一、辩证看待治理结构与风险防范的关系
治理结构是公司控制权和剩余索取权分配的具体化安排，这些安排决定公司的目标，谁在什么状态下实施控制，如何控制，风险和收益如何在企业成员间分配等。良好的公司治理结构能够较好处理相关利益者的矛盾和利益，特别是明确所有者与经营者及利益相关者的权、责、利，形成既相互支持理解，又相互制约监督的关系，是企业相关者的利益趋同，企业不断发展的内在动力。在当今世界，哪一家企业重视公司治理问题，它就能降低融资成本，吸引更多更稳定的国内外投资者，保持一个较高的资本充足率；还可以避免重大经营决策失误，维持更好的财务状况，使企业进入良性循环的持续发展轨道。否则，投资者就会缺乏甚至丧失投资信心，抛售其股票，转让其股权，使企业融资困难或成本提高，陷入恶性循环的怪圈。由此可以说明，公司治理已成为一个企业持续健康发展的重大战略问题，成为其核心竞争力的重要组成部分。
金融是现代经济的核心，健全的法人治理结构亦是现代金融企业制度的核心与灵魂，是维护银行机构持续快速健康发展的基石。早在1999年，国际清算银行就发布了《健全银行机构的公司治理》，就银行机构公司治理的含义以及良好银行公司治理应遵循的原则及应具备的外部条件等作了进一步阐述。它指出，银行公司治理涉及董事会和公司高级管理层对银行经营和事务管理的方式的选择，影响银行目标的确定、日常业务的运营、关系人利益的考虑、经营的稳健性与合规性、存款人利益的保护等等。良好银行公司治理准则主要包括确定贯彻银行战略目标和价值理念；银行各岗位的职责界定明确并得到实施；董事会称职，不受管理层和外界影响；确保高级管理层对银行能进行充分监督；有效发挥外部和内部审计人员作用；确保酬劳与银行道德观念、经营目标和战略与控制环境一致；保持公司治理透明度等七个方面。
有关理论和实践表明，没有良好的公司治理的支持，就不可能形成有效的银行内部控制，银行风险管理也不可能健全有效。由于我国银行公司治理不完善，审慎监管缺乏有效性，使银行经营缺乏市场“硬约束”。从建立健全完善的金融风险防范机制角度分析，外部监管的作用是十分有限和脆弱的。中国银监会刘明康主席曾经引用过国外某监管当局的一句名言：如果将外部监管变成了商业银行内控不足的一种补充，那么风险的悲剧将会不断重演。为此，监管部门防范金融风险应立足于督促完善金融机构的内控体系和自我约束机制，而内部控制中最为重要的就是治理结构，因为完善的治理结构既可以充分调动各种利益主体的积极性，又对各种利益主体形成有效的约束，同时又是内部控制的设计者。从这个层面上分析，健全的治理结构有助于防范风险，有利于改善银行监管的有效性。
二、农村信用社法人治理结构存在的主要问题
1、社员代表大会职能未能有效发挥
作为农村信用社实行民主管理的基本形式以及最高权力机构，《章程》中明确规定社员代表大会具有选举产生理事会、监事会，审议主任工作报告，讨论信用社重大决策等职能，亦是完善信用社法人治理结构的一个重要环节。但在实际中，有的信用社没有健全的社员代表大会制度，有时候临时召开的社员代表大会也只是职工代表大会。有社员代表大会的信用社，也很少按时召开社员代表大会，即使按时召开的也只是按照规定走走过场，如同茶话会，社员代表大会的职能得不到有效发挥，成了一个虚设的组织。社员对信用社经营情况知之甚少，导致社员的所有者权利，包括表决权、罢免权、决议权、分配权等，均得不到有效保障，未能发挥社员代表大会应有的职责。
2、理事会与经营层（主任）之间制约关系薄弱，监事会职责履行不力
根据《章程》规定，理事长由社员代表大会选举产生，主任由理事会聘任，实行理事会领导下的主任负责制，主任在监事会监督下对理事会形成的决议和决策加以实施。而在实际情况中，一些信用社是理事长兼主任，二职一人挑，集决策权和执行权于一身。虽然这种做法有利于保证理事会的决策得以很好的贯彻实施，但又有谁能保证理事会所有的决策都是正确的呢？都是代表广大社员利益的呢？于是理事会与主任之间不存在制约与被制约的关系。一些地方信用社虽然实行了理事长与主任的分设制，但仍然是换汤不换药的改良，由于理事长和主任职权范围界定不清，更由于受计划经济体制下的行政领导思维定势，名义上理事会领导下的主任负责制，实质上成了理事长全权负责，也不存在二者之间的制约关系。此外，由于监事会监事绝大部分是本社员工，他们处于被管理的地位，他们对经营层的制约由于担心被打击报复，担心由此下岗而显得力不从心。而监事长通常由稽核部门负责人担任，由此带来的是稽核部门履行监事会职责，实质上使监事会成了联社履行内部稽核审计职能的一个部门，不但不能发挥应有的作用，反而惟主任(理事长)“马首是瞻”，无法有效履行监督职责。
3、民主管理流于形式
在目前农村信用社赖以运转的资本中，股金无足轻重，绝大多数处于所有者虚置状态。入社、退社自由，退股的随意性难以使社员与信用社形成风险共担机制；从社员的入股动机来看，其目的很明确，就是为了获得“社员”资格，从而获得资金支持；社员对信用社缺乏认同感，社员从感情上和行为上，不愿为几元、几十元的股金花费更多的成本(时间)去关心、监督信用社的经营和发展。
4、内控建设滞后于业务发展
长期以来，农村信用社名为“合作金融”，实为“官办金融”，严重偏离了“合作制”的经营方向，在经营管理上一直效仿商业银行模式，资金筹集靠的是国家信用，资金运用依附于国家统一信贷政策，农村信用社内控建设滞后，普遍存在着会计基础工作质量差、会计信息反映不够真实、财务监督不力、费用支出居高不下、信贷监督不到位、违规贷款时有发生、不良资产占比大、案件发生频率高等问题，内控建设远远滞后于业务发展。
三、农村合作银行治理结构的构建
产权制度改革最根本的目的，是要按照“自主经营、自我约束、自我发展、自担风险”的原则，建立决策、经营、监督相制衡，激励和约束相结合的经营机制，完善法人治理结构。良好的法人治理结构是农村信用社稳定的微观基础，是解决农村信用社内部人控制的关键，也是银行业监管的主要内容之一。
1、建立“三会”制度，实施“三长”分设。内部控制首先是对决策行为的控制。因此，落实股权责任基础上的法人治理结构，并使各内部运行机构真正发挥作用，是银行机构内部控制建设的基础和关键。为此，应明确界定股东代表大会、董事会、监事会以及经营班子的职责和运行规则，以确保法人治理结构的正常运作。
一是建立股东代表大会。股东代表大会由入股自然人和法人选举产生，其中自然人中的农民代表以乡镇为单位推荐产生。股东代表大会的主要职责是决定农村合作银行的重大事项，确立其为“三农”服务的制度。股东代表一般不少于50人。股东代表大会由农户（含农村工商户）、企业法人、职工等组成，其比例原则上为3：3：2。股东代表大会实行“一人一票”。
二是建立董事会。董事会由股东代表大会推选产生，组成人员包括农户（含农村工商户）、企业法人、职工等，其中农户（含农村工商户）股东担任董事的人数不得少于董事人数的1／3；职工股东担任董事的人数，不得超过董事人数的1／3。农户（含农村工商户）、企业法人、职工担任董事的比例原则上为4：4：3。董事会执行股东代表大会的决议，负责农村合作银行经营管理中重要事项的决策，发挥自我发展、自我约束的作用，同时对决策失误造成的经营损失承担直接责任。实行董事长和行长分设制度，细化、固化两者的职权范围，明确两者的具体义务、职责和权力，董事长为农村合作银行法人代表，负有决策权和监督权、引导权，行长由董事会聘任，并在授权范围内开展经营活动，实行任期目标责任管理。农村合作银行应设立独立董事，增强董事会决策的透明、公开、公正性。
三是建立监事会。建立监事会定期办公制度，赋予监事会对业务、财务的审计权，对管理层的监察权，对董事长、行长重大决策的否决权等，负责对农村合作银行服务方向、风险控制和财务管理的监督，使监事会行使的职责不受制于董事长和行长，防止“内部人”控制。同时，监事会应广泛听取和收集股东的建议，听取各界对农村合作银行的反映，特别是服务“三农”的效果及问题，及时向董事会和行长提出改进建议，对股东代表大会和全体股东负责。监事会中职工监事不得超过监事总数的三分之一。
2、健全内控制度，强化约束机制。对于农村合作银行来讲，要切实强化约束机制，按照“自主经营、自我约束、自我发展、自担风险”的“四自”原则，建立健全自身激励和约束机制，切实加强内部管理，进一步健全完善贷款审批、财务收支、风险控制等内控制度，降低不良贷款，压缩人员，减少成本，增强盈利能力，防范和控制新的经营风险。特别需要注意的是，要限制法人股股东在农村合作银行的借款余额，要求借款余额不得超过其持有的经上一年度审计的股权净值，如果超过的，不得向银行派出董事和监事。如果股东以本行股票为自己或他人担保的，不得在本行借款；以其他担保方式在本行借款逾期未还的，其在股东大会的表决权应受到限制；法人股股东要对自然人等小股东和农村合作银行承担诚信义务，限制关联交易。
3、加强系统党建，推行行务公开。农村合作银行党委由当地党委负责组建，党委成员由当地党委征得省联社党委同意后任免，其中党委书记由董事长兼任，纪委书记由监事长兼任，不设专职党委委员。在加强系统党建工作的同时，要建立重大决策、事件、案件的信息发布和听证制度，增加内外部的透明度和沟通程度，保证股东真正行使民主监督权利，积极参与重大决策的制定和案件的处理，努力推进行务公开，实现决策透明化、科学化、民主化。
从国内外商业银行的实践来看，实施行务公开，最大的好处就是解决了信息不对称的问题，也就可以减少误解，化解矛盾，成为加强思想政治工作、化解各种矛盾最直接、最有效的手段和方法。推进行务公开，还有利于上情下达，下情上传，增强员工自觉执行金融政策的自觉性。此外，推进行务公开，亦是接受群众监督、实行管理民主化、决策科学化的一条重要途径。通过行务公开的方式，将内部的人事、财务等重大决策事项向员工公布，一方面可以接受员工监督，防止产生腐败；另一方面让员工提意见，参与民主管理，可以使领导决策更加科学。同时，也有利于增强员工的主人翁意识，增强单位的凝聚力。