弘治十七年（1504），三十三岁的王阳明在出入佛老两年后，决定再次回归仕途。在父亲王华的帮助下，他被聘为山东乡试的主考官。经过两年的亲身修炼，王阳明对佛老的不足已经有了清醒的认识，对儒家的学说也有了自己的体悟，所以他出的考试题目围绕“老佛害道”“礼乐之制”“用人”等一系列问题展开，复兴儒家道统的意图十分明显。这次乡试选拔工作取得了巨大的成功，很多被王阳明录用的人后来都成为名士，此次考试也被人们评价为“得人最盛”。
九月，王阳明回到北京，被任命为兵部武选清吏司主事。在山林苦修佛道的日子彻底结束，王阳明又开始了城市的繁忙生活。凭着前期练就的扎实学问功底，他很快再次融入了京城的上层交际圈。这些人中既有明朝文坛上著名的“前七子”（李梦阳、何景明、徐祯卿、边贡、康海、王九思和王廷相），也有像湛若水这样的白沙心学传人。
湛若水（1466—1560），字元明，号甘泉，广州府增城市甘泉都（今广州市增城区新塘）人，明代大儒，也是著名的思想家、哲学家、政治家。据史料记载，湛若水的父亲湛瑛早年到广东任职，不幸染病早逝，湛若水母子二人孤苦伶仃，相依为命。湛若水自幼聪敏，但因家境贫苦，十四岁才进入学校学习，十六岁前往广州府庠就读，明弘治五年（1492）参加乡试，考取举人后，他到新会县拜心学大儒陈献章（号白沙）为师，深得老师的赏识，成为白沙学说的衣钵传人。弘治十八年（1505），湛若水参加会试，中进士第二名，被授为翰林庶吉士，留在了北京。湛若水在继承白沙学说的基础上，以“随处体认天理”为宗，提出“格物为体认天理”和“为学先须认仁，仁与天地万物为一体”的理念，并创立了“甘泉学派”。
王阳明回到京城，很快就结识了湛若水。此时的王阳明已经开始由佛老转向了儒家的心性之学，虽然他还没有形成自己的核心思想，但他有亲身静坐的体验，对陈白沙主张的“默坐澄心，体认天理”深有同感。遇见陈白沙的弟子自然一见如故，惺惺相惜。湛若水曾言：“若水泛观于四方，未见此人。”王阳明也对人说过：“守仁从宦三十年，未见此人。”兴奋之余，二人相约以倡明圣学为己任，开始了他们相互激励、共同探索心学的道路。
不过，当王阳明和湛若水还沉浸在遇到知己的兴奋中时，朝廷内却发生了一件将影响到他们后半生人生轨迹的大事。
弘治十八年（1505），三十六岁的明孝宗朱佑樘突然驾崩，死亡原因据说是太医用药不当，出现了医疗事故。孝宗在弥留之际召刘健、李东阳、谢迁等大臣入乾清宫，宣布传位于皇太子朱厚照，并叮嘱诸大臣说：“太子人很聪明，但是年龄还小，又好逸乐，诸卿要好好辅佐他，使他担当起大任，朕死也瞑目了。”他临死前给太子朱厚照的嘱咐是“任用贤臣”。
年仅十五岁的武宗朱厚照就此继位，次年改年号为正德，开始了他长达十六年的统治及游戏人生。朱厚照是一个十分贪玩的人，也是历史上公认的昏君。他性情顽劣，办事荒唐，“光辉事迹”可谓“前不见古人，后不见来者”。
纵观明朝历史，宦官专政是其一直存在的弊病，造成许多严重的后果。最惨痛的事件就是太监王振一手导演的“土木堡事件”，导致明英宗被俘，使整个国家陷入危机，成为明朝历史上的奇耻大辱。每每想到此事，很多正义的大臣都痛心疾首，文官集团也向来视宦官为朝政的头号公敌。朱厚照当太子时，就与刘瑾等八个太监（号称“八虎”）整日厮混在一起，上台后对他们更是宠幸有加。文官集团对此愤愤不平，最终以户部尚书韩文为首，发起了一场声势浩大的弹劾活动，胁迫武宗诛杀“八虎”。
刘瑾等人自然不甘心束手待擒，也奋力反击。朝廷内瞬间暗流涌动，剑拔弩张，杀机四伏。弹劾行动前期，文官集团声势雄壮，形势貌似非常有利，但内部其实是一盘散沙，三个阁老又意气用事，做事不够果断周密，导致局势瞬间被“八虎”逆转。刘瑾等人不但没有被诛杀，反而一夜之间得到火速提拔，司礼监、团营、东厂、西厂等核心权力部门全部被“八虎”控制。刘瑾最终成为皇帝的代言人，气焰愈加嚣张，而刘健、谢迁、韩文等人则被要求致仕。
面对这一局势突变，文官集团一时被打蒙了，等到反应过来后，立即发起了一波接一波的“援救刘健、谢迁，再劾八虎”的行动。可是大势已去，后果可想而知，血腥的镇压由此拉开序幕。弹劾刘瑾的人轻则遭到贬谪罢免，重则被关进锦衣卫大牢。
在这次援救弹劾运动中，最突出的人物是南京给事中戴铣，他组织发起了最大的一次弹劾，上疏言辞十分激烈，直接喊出了“元老不可去，宦竖不可任”的口号。武宗大怒，下旨捉拿戴铣等十八人关入锦衣卫大牢，严刑拷打，戴铣宁死不屈，最终被廷杖致死。
王阳明在整个事件中的态度可以说是特立独行。前期情况不明朗的时候，很多文官纷纷进谏表明自己的政治立场，这些人中当然也不乏政治上的投机分子，而此时的王阳明却保持了沉默。当刘瑾已经完全获胜，文官惨败，朝中大臣噤若寒蝉的时候，他却站了出来，上了一道措辞委婉的《乞宥言官去权奸以章圣德疏》，试图拯救戴铣等人。
今天细读这篇上疏，可以看出王阳明不是一个鲁莽的人，他是经过认真思考和精心构思的，整篇文章用语谨慎，语气温和，只是劝武宗能彰显圣德，宽宥戴铣等言官的冒犯，完全没有一句弹劾刘瑾的话语。可惜当时属于特殊敏感时期，刘瑾不会放过任何一个与自己意见不同的人。王阳明的行为很快就得到了回应：正德元年（1506）十一月，王阳明被关进锦衣卫大牢，命令他反省“罪愆”。
一夜之间，王阳明从朝廷六品官员变成了囚犯。锦衣卫大牢里设施条件明显不够好，寒冬腊月，没有取暖设施，还缺衣少食，老鼠不时在床头大摇大摆地溜过，根本不把睡在旁边的人当回事。也许在它们看来，这些人忧愁自己的命运还来不及，哪里顾得上老鼠？
当灾难降临的时候，人类内心往往有一个惯性适应期：从最初的无法相信，到慢慢接受现实，一旦开始面对现实，痛苦与折磨就会立即到来。王阳明在狱中写了十四首诗，诗中多带有苦闷、失望的情绪，《不寐》就写了他在狱中夜晚无法入睡的情景，诗文如下：
天寒岁云暮，冰雪关河迥。幽室魍魉生，不寐知夜永。惊风起林木，骤若波浪汹。我心良匪石，讵为戚欣动！滔滔眼前事，逝者去相踵。崖穷犹可陟，水深犹可泳。焉知非日月，胡为乱予衷？深谷自逶迤，烟霞日悠永。匡时在贤达，归哉盍耕垅！
不寐天气寒冷，晚云晦暗，冰雪把河道封住了。这幽凉的小屋里，精怪出生，睡不着觉，感到夜色真漫长。一阵狂风吹动了林间树木，好像波浪翻动般。我的心是的确不是石头，哪能为忧伤、高兴而动摇？眼前的事如滔滔流水，逝去的相继而去！天涯有尽头，还可以走到，水再深，也可以游到深底。谁知道除了日月昭明外，还有什么可以打乱我的内心？山谷很深，绵延伸长，烟霞悠悠，永世不灭。扶助国家在于贤达之人归去吧，不如耕田种地！
人类还有一个惯性：当看不清未来的时候，总是渴望能借助超自然力得到一点暗示，从而获得一些心理上的安慰。在牢里王阳明模仿周文王玩起了《易经》，他也专门作了一首《读易》记录此事，诗文如下：
囚居亦何事？省愆惧安饱。瞑坐玩羲《易》，洗心见微奥。乃知先天翁，画画有至教。包蒙戒为寇，童牿事宜早；蹇蹇匪为节，虩虩未违道。《遯》四获我心，《蛊》上庸自保。俯仰天地间，触目俱浩浩。箪瓢有余乐，此意良匪矫。幽哉阳明麓，可以忘吾老。
读易被囚押在这里能做什么事，反省过失，害怕苟安饭饱。静静坐在那里，玩味《周易》的含义，清洁精神，渐渐发现精微深奥的道理。才知道以前的天翁，每幅图画都有极致的教晦启蒙教育。防止成为贼寇，教育儿童，避免过早限制束缚他们。困难地行走不是礼节，恐惧不是因违犯了道义。逃避、躲藏符合我的本心，在台上姑且保全自身。仰视、俯看天地之间，满目都是浩浩荡荡的景象。箪食、瓢水有无穷的快乐，这种感受绝不是矫揉造作。阳明山真幽凉，可以让我忘记我的年纪。
很明显王阳明有了退隐的想法，他开始想念他在绍兴的“阳明洞”，甚至有点后悔两年前的进京决定。
幸运的是，他的牢狱生活没有太久。十二月二十一日，王阳明的最终处理结果出来：他被定为“奸党”，在午门“褪衣廷杖”四十，并贬为贵州龙场驿驿丞。