按照分类管理的原则，大部分经费自己解决的医疗单位属于差额拨款或自收自支单位，国家在基础建设的投资纳入国有资产管理，在遵守国家有关法律法规下自主经营，也需要承担社会责任，尤其是“救死扶伤”是医院的首要责任。承担国家基础药物制度等而产生的成本增加，国家适当补贴。在绩效工资政策方面则按照原有管理办法操作更加符合实际，特别是近年来医院所探索实践的“全成本管理”，带来了明显的绩效，成本下降，职工收入增加，医患关系得到改善。国家对这类单位在岗位设置、岗位聘任、岗位津贴等与绩效工资密切相关的制度和政策方面应当充分放权，体现单位自主管理，在岗位总量、岗位结构等方面的政策应当给用人单位更多自主权。而对于基层专业公共卫生医疗单位，则不容许盈利，所需经费，国家全额财政拨付。因此，对于岗位总量、岗位结构比例等都需要根据现状和未来发展需要重新核定，在核定绩效工资总量的同时，政府也要提出具体明确的绩效目标要求。从实践上看，一般是参照当地公务员收入差距，核算绩效工资总量的。这种挂钩方式虽然并不是一种科学的方法，但从现实情况看，却又有一定的合理性和可操作性。