项目组织结构的设计是为了完成一个明确的项目目标而进行的，所以，在进行项目组织设计之前就必须对项目的目标、项目的结构以及项目的环境进行分析，设计出合适的项目组织结构。
职能性结构组织适用于生产、销售标准产品的工商企业。获得项目后，组织从各个职能部门获得人力资源，组成多职能的项目团队。
线性结构组织适用于做多个项目、但没有形成生产规模的企业。项目团队专门从事一个项目。专职的项目经理对项目团队有控制、管理的权力。这种组织结构是以项目的目标和客户的需要为导向进行运作的，如果有几个项目同时进行，可以带来降低成本的优势。
矩阵型组织是近几年在国外的大型企业里比较风靡的组织结构，特别是在以人为本的服务型导向的企业中。它既有线性结构注重项目和客户的要求和特殊性，又保留了职能结构中对某一职能的专注性。