资金短缺是中国生态农业建设的另一大困难。现今，很多生态农业建设仍然处于建设的初期，财政未能独立，只有依赖国家补贴来支持。可是，国家现时的整体经济实力仍弱，补贴有限，以致很多生态农业建设未能全面地展开，部分项目迟迟未能付于实行。这样便形成恶性循环，生态农业建设一天未能独立运作，国家便要不断给予补贴。无可否认，单靠国家补贴来完成生态农业建设似乎是不可能，而长期的补贴为国家构成负累，也不是件好事。解决的方法不外有二：节流和开源。有关资金的开源节流问题，外国（无论是发展中国家或是发达国家）已有很多成功的例子可供借鉴参考

　　 节流方面，首先是要避免“假、大、空”的项目，防止资源的浪费，例如：为塑造“高产卫星”而不顾现实环境制约的个案，在过去时有出现，生态农业建设应以此为戒。其次，是要设计出资源的优化分配方案，把该用到农业的资金确保及时到位，选准投向，让资源能发挥它最大的效用。

　　 至于开源方面，有几个可行的方法。其一是借着发展乡镇企业，扩大收入渠道，壮大农村集体经济的实力，使农村集体经济将一定比例的积累资金回馈用于

　　农业；其二是引进其他产业与生态农业互相结合，例如：发展手工艺加工业，让部分农产品有市场出口，赚取资金；又例如：发展生态旅游，借着旅游的收益保护生态环境，让生态农业能在一定的生态基础和水平上发展；其三，是建立较完善的融资系统，让农业建设项目能透过银行发行股票、债券或以发展基金的形式筹集资金，通过制定条例和规定，激活资金流动，提高资金的使用效率。