源田海军中佐的报告使山本海军大将确信，用航空母舰部队袭击珍珠港的主意是可取的。于是，联合舰队积极进行具体的计划。但是，最后把初步方案送军令部审议的时候，因为该部已经决定把联合舰队的主力用于南线攻略作战，这个方案自然遭到了强烈反对。
为了支持自己的立场，军令部强调说，把包括几乎全部重要的航空母舰在内的联合舰队相当部分兵力调去袭击珍珠港，可能严重影响南线作战战果。这个论点，实际上是不无说服力的，因为当时在海军航空界中也很少有人认为单靠岸基航空部队就能够掩护和支援南线作战。他们都不愿低估美英荷三国远东舰队的实力。
军令部的批评者进一步驳斥山本海军大将袭击珍珠港的作战主张，认为过于冒险，因为袭击的成败完全有赖于能否出其不意地攻击基地内的美国舰队。如果由于什么原因而做不到这一点，攻击就会失败，还可能带来灾难性的后果。
不仅军令部有这种疑虑，在攻击珍珠港时将担负中心任务的第一航空舰队司令长官南云忠一海军中将本人起初也反对这个计划。南云赞成军令部关于把绝大部分海军兵力投入占领南方产油区的主张，因为这在战略上具有头等重要的意义。他还进一步强调了山本计划的冒险性，指出在敌人空中攻击下航空母舰的脆弱性。他说，即使是大型航空母舰，只要命中几颗炸弹，就会失去战斗力。
但是，南云海军中将的看法并没有得到他的部属第一航空舰队指挥官们的赞同。第二航空母舰战队司令官山口多闻海军少将热烈支持山本的计划。他说，美国太平洋舰队是同盟国在太平洋地区的主要兵力，所以，歼灭太平洋舰队应是日本的首要战略目标。假如听任美国舰队自由游弋和完整无损，日本就无法扩大南线战果。相反，如果在战争一开始就把它歼灭在珍珠港内，占领和开发富饶的南方油田地带便轻而易举了。
山本海军大将坚持不让，坚决要实行他攻击珍珠港的计划。虽然他无疑是不赞成日本发动战争的，但是，一旦决定要打，他便要负责进行海上战争，而且要获得胜利。美国太平洋舰队是他的最强大对手，所以，他的首要任务就是要歼灭它。由于日本海军航空兵的力量有了很了不起的发展，它现在有可能攻击驻在珍珠港的那支舰队，而无需等待它来到西太平洋。尽管此举冒险，山本觉得没有理由踌躇不前，不去冒险一试。
当然，军令部也不轻易让步。据说，山本海军大将最后提出，如果他的计划不被采纳，他就辞去联合舰队司令长官职务；同时他还表示，如果南云海军中将仍然不完全赞同，那么就由他亲自率领机动部队出征。面对着山本海军大将这种最后的要挟，军令部总长永野修身海军大将再没有其他选择余地了。现有的档案表明，1941年11月3日，在离袭击珍珠港前仅仅三十五天，永野在东京与山本的一次会晤中同意了山本的计划。
日本海军在太平洋战争开始阶段的战略现已确定。战前的防御战略思想已经死亡，并被埋葬了，新的口号是：“进攻!”
与此同时，在政治战线上，也在迅速朝着战争方向发展。11月5日，日本政府和最高统帅部联席会议决定，如果11月底以前日美谈判仍然达不成协议，日本将开战。同一天，山本海军大将下令联合舰队做好战争的最后准备，并发出包括袭击珍珠港在内的第一阶段作战纲要。11月7日，联合舰队又下一道命令，初步规定了12月8日为开战日。