乡镇事业单位实施“企业化、市场化、社会化”改革，是适应不断完善的市场经济体制的需要，也是乡镇事业单位在新的形势下自求生存、自谋发展的需要。企业化，是对乡镇事业单位体制和机构性质的界定；市场化，是对乡镇事业单位运行机制和运行方式的界定；社会化，是对乡镇事业单位发展方向的界定。三者相互联系，相辅相成。
企业化，就是要求乡镇事业单位作为真正意义上的市场主体，以法人主体资格和主体地位，独立承担各种服务职责和其他的经营权利，不再作为乡镇政府的二级单位，与乡镇政府不再具有上下级的行政隶属关系，而是以经济、法律的手段规范相互之间的平等关系，在职能上、体制上实现政事分开。
市场化，就是将乡镇事业单位承担的各项服务职责进行科学分析，科学界定，将其中应该由政府（公共财政）承担的公益性服务事项，以政府“付费”、“购买”的方式，用合同和契约的办法，委托给乡镇事业单位办理，实行市场化运作。乡镇事业单位按照约定履行和完成公益服务任务，政府根据约定和公益服务事项完成情况支付费用，以此形成乡镇各项公益性服务“有人出钱、有人办事并能把事办好”的机制，实现由“以钱养人”向“以钱养事”的转变。同时，对乡镇事业单位承担的其他非公益性职责，全部推向市场。
社会化，就是发挥和体现市场机制对乡镇事业单位资源和要素的基础性配置作用，这种作用主要有两方面：一是通过市场的基础性调节作用，整合乡镇事业技术、人力等资源，强化功能，比如乡镇事业资源合理的自我流动，机构组织的重组，相近业务机构的综合设置，按经济发展程度和市场需求机构组织的区域化设置等。二是在市场发育比较成熟的条件下，政府对公益性服务的委托对象将不仅仅限于本乡镇的这些机构组织，而是可以综合考虑质量、效益、成本等因素，按照统一、开放的市场要求，进行跨行政区域的委托，从而促进乡镇各类服务性机构组织的公平竞争，增强活力，实现良性发展，促进政府公益性投入的效益最大化。当然，在乡镇事业改革刚刚起步的现阶段，一方面这种社会化程度的发育尚不够，在资源的整合和机构组织的设置方面，还需要一些必要的指导和引导；另一方面，本着逐步改革、扶持发展的原则，在公益服务的委托上，可以也有必要暂时实行定向的委托，逐步增强其自我发展的能力和活力。
乡镇事业单位在实现“三化”进程中，要重点克服六个方面的现实难题。
一是克服观念转变难题。主要是乡镇事业单位由事业单位改为企业或社会中介组织后，事业单位人员由“单位人”变为“社会人”，多数人员心理落差大、社会压力大，容易产生对改革的抵触情绪、逆反心理，甚至引起不稳定问题。所以，要从认识上正确把握“三化”改革的目标，不能简单地将乡镇事业单位改革目标定位在减人、减支、减包袱上，单纯地以眼前的“减”来恒量改革的必要性，而要将目标定位在通过“三化”，盘活乡镇事业单位资源，增强服务功能和活力，促进农业生产和农村社会各项事业更大发展这个大目标上；要从上至下出台相关的政策，使乡镇事业单位改革有法律法规作为依据，有配套政策规范运作，实现改革的上下联动；要加大改革的宣传力度，营造浓厚的改革氛围，使大家认识到改革是势在必行，从而将思想统一到中央、省市的改革精神上来，不断提高社会及个人的承受能力；可以给予三年的过渡期，三年内保留编制，财政只负责缴纳养老保险和医疗保险。
二是克服身份置换难题。主要是相关的配套政策特别是乡镇事业单位“三化”改革的配套政策不明确，目前最突出的问题是个人的社会养老保险问题，未实行养老保险金制度的地区，如何解决这些人员的后顾之忧，将面临着巨额的资金补贴等实际问题；已经实行养老保险金制度的地区，转制后也面临着确定新的缴费类别、缴费标准以及如何解决转制前的欠费问题等。可以考虑由中央、省、市、县四级财政出资，实行身份“买断”式的置换，可以考虑由各级财政分担支付这些人员达到法定退休年龄前的养老保险金的方式作为身份置换的补偿或保障，解除其后顾之忧，为其自谋职业提供基本养老保障。明确乡镇事业单位人员转制后的养老保险金的配套政策，可以考虑将这部分人员的养老保险待遇划分为两个部分，转制前按事业单位人员缴费并享受事业单位养老保险待遇，转制后按企业或社会人员的标准缴费，达到法定退休年龄后，综合其两个阶段的缴费标准享受相应的养老金发放待遇。
三是克服债务化解难题。乡镇事业单位债务沉重是一个普遍问题，这些债务的形成，有的是因为管理不善，有的是因为盲目经营，有的是因兴建办公或经营场所而集资甚至贷款，还有的因为欠发职工工资。在乡镇事业单位转制中，如何化解这些债务成为一个现实而又棘手的问题。要制定和明确化解乡镇事业单位债务的政策，对乡镇事业单位经营性的债务，可以考虑参照《企业破产法》的有关规定进行清算、化解；对其他债务，可以按民事关系的有关法律规定进行债务的转移，如应该由财政承担的欠发工资，可以确定一定的期限，由乡镇、县市以及上级财政分别负担、偿还，职工用于单位集体的集资，可以通过变卖、拍卖集体资产的方式予以偿还。
四是克服政事职能剥离难题。事业单位类别繁多，情况复杂，要根据社会职能、经费来源的不同，将事业单位科学划分为行政支持类、纯公益类、准公益类（社会中介类）、生产经营服务类四类，选择和确定相应的改革目标与实施途径。要从实际出发，稳步推进，不搞一刀切。严格控制行政支持类总量，对难以准确分类的事业单位可往下靠一个类别，待上级机构编制部门出台分类标准后，再重新确定其单位单位类别；要逐步将事业单位承担的可以划分出来的行政管理职责，交归行政机关；政事职责联系紧密或一时难以划分的行政职责，按审批程序经批准后通过授权的方式暂由事业单位承担，在条件成熟后再实行政事分开；将党政机关可以分离出来的咨询、指导、服务、协调等辅助性、技术性工作，交由事业单位承担，以促进政事分开和机关职能的转变。按照区域覆盖、就近服务、优势互补的要求，统筹规划、合理调整事业单位布局结构。撤并、压缩不适应市场经济发展需要和不具备法人资格的事业单位。对设置过于零散、规模过小、服务对象单一的事业单位，要适当合并；对工作职责已经消失或有机构无人员、名存实亡的事业单位，要予以撤销；对同类型重复设置的事业单位，要予以合并及重组；对主要为单位内部提供后勤服务的机构，要视情况予以剥离，让它独立远作。
五是克服人员分流难题。要支持和鼓励乡镇机关事业单位人员与原单位脱钩，领办和创办各类服务“三农”的专业化中介服务组织，开展有偿服务和经营服务；或支持兴办各种经济实体，领办和创办农业、林业、水产畜牧业等经营性农村推广示范基地；鼓励辞去公职，自谋职业；对符合退休条件的按“到龄即退”的原则办理退休手续，对已丧失工作能力，不能坚持正常工作的人员，及时办理退休（职）手续；对工作年限满30年，或男满55周岁、女满50周岁，且工作年限满20年的乡镇机关事业单位落岗人员可以提前退休；对2年内达到提前退休条件的乡镇机关事业单位落岗人员，经本人申请，组织批准，可以提前离岗。等达到提前退休条件时，即办理提前退休手续。办理提前退休手续的，享受退休人员待遇，办理提前离岗手续的乡镇机关人员在离岗期间发给本人基本工资和非生产性补贴；不符合提前退休（离岗）条件的分流人员又无具体单位接收的，与其解除人事关系，给予不低于当地企业改制的职工补偿水平的补偿金；对于领办和创办各类经济实体和自谋职业的，纳入企业下岗人员再就业范围，享受再就业的优惠政策；对整体分流从事经营服务，经办实体的，在税收、办证方面予以优惠；从乡镇全额和差额事业站所随经营性职能的分离而进入乡镇自收自支事业单位的人员及社会保险费和住房公积金由市级财政予以补助；分流人员的生活费、补偿金及到正常退休年龄期间按规定应缴纳的社会保险费（个人缴纳部分除外）和住房公积金等均由市级财政予以补助。
六是克服分类指导难题。要防止“一刀切”，防止操作上的“一化了之”。各地区之间以及本地区各乡镇事业单位之间的情况千差万别，既有发展的差异，也有人员、技术、业务等方面的差异。要在“三化”改革的总目标的指导下，把握关键环节，做到具体单位、具体情况具体分析、分类指导。如在企业化问题上，可以根据转制事业单位的具体情况，分别改为企业或民办非企业组织，或其他社会中介组织。在机构的组建方式上，可以是成建制转制，也可以引导其中的部分人员通过合伙、入股、联合等方式组建，也可以通过横向联合联营的方式进行组建。特别是在机构的综合设置上，可以通过引导，将业务相近的一些站所的人力、技术等资源进行整合，如农技站、水产站、特产站、农机站、畜牧站的综合设置，文化站、广播站的综合设置等。在市场化环节上，要科学界定公益性服务职责的范围、项目，逐项确定量化标准，为按事付费提供科学的技术保证。对具备直接改为企业组织的乡镇事业单位可以直接改为企业组织，到工商部门办理法人登记；适合改为民办非企业组织的，改为民办非企业组织，到民政部门办理法人登记；适合其他社会中介组织的，到工商或民政部门办理法人登记；对一时不能改变其事业单位性质的，也可以按照企业化管理的事业单位的这一类机构形式，到机构编制部门重新办理企业化管理的事业单位法人登记，按照企业化管理的要求进行规范和运作，同样可以以独立的法人主体资格享有权利、承担义务，履行服务，开展经营。
企业化，就是要求乡镇事业单位作为真正意义上的市场主体，以法人主体资格和主体地位，独立承担各种服务职责和其他的经营权利，不再作为乡镇政府的二级单位，与乡镇政府不再具有上下级的行政隶属关系，而是以经济、法律的手段规范相互之间的平等关系，在职能上、体制上实现政事分开。
市场化，就是将乡镇事业单位承担的各项服务职责进行科学分析，科学界定，将其中应该由政府（公共财政）承担的公益性服务事项，以政府“付费”、“购买”的方式，用合同和契约的办法，委托给乡镇事业单位办理，实行市场化运作。乡镇事业单位按照约定履行和完成公益服务任务，政府根据约定和公益服务事项完成情况支付费用，以此形成乡镇各项公益性服务“有人出钱、有人办事并能把事办好”的机制，实现由“以钱养人”向“以钱养事”的转变。同时，对乡镇事业单位承担的其他非公益性职责，全部推向市场。
社会化，就是发挥和体现市场机制对乡镇事业单位资源和要素的基础性配置作用，这种作用主要有两方面：一是通过市场的基础性调节作用，整合乡镇事业技术、人力等资源，强化功能，比如乡镇事业资源合理的自我流动，机构组织的重组，相近业务机构的综合设置，按经济发展程度和市场需求机构组织的区域化设置等。二是在市场发育比较成熟的条件下，政府对公益性服务的委托对象将不仅仅限于本乡镇的这些机构组织，而是可以综合考虑质量、效益、成本等因素，按照统一、开放的市场要求，进行跨行政区域的委托，从而促进乡镇各类服务性机构组织的公平竞争，增强活力，实现良性发展，促进政府公益性投入的效益最大化。当然，在乡镇事业改革刚刚起步的现阶段，一方面这种社会化程度的发育尚不够，在资源的整合和机构组织的设置方面，还需要一些必要的指导和引导；另一方面，本着逐步改革、扶持发展的原则，在公益服务的委托上，可以也有必要暂时实行定向的委托，逐步增强其自我发展的能力和活力。
乡镇事业单位在实现“三化”进程中，要重点克服六个方面的现实难题。
一是克服观念转变难题。主要是乡镇事业单位由事业单位改为企业或社会中介组织后，事业单位人员由“单位人”变为“社会人”，多数人员心理落差大、社会压力大，容易产生对改革的抵触情绪、逆反心理，甚至引起不稳定问题。所以，要从认识上正确把握“三化”改革的目标，不能简单地将乡镇事业单位改革目标定位在减人、减支、减包袱上，单纯地以眼前的“减”来恒量改革的必要性，而要将目标定位在通过“三化”，盘活乡镇事业单位资源，增强服务功能和活力，促进农业生产和农村社会各项事业更大发展这个大目标上；要从上至下出台相关的政策，使乡镇事业单位改革有法律法规作为依据，有配套政策规范运作，实现改革的上下联动；要加大改革的宣传力度，营造浓厚的改革氛围，使大家认识到改革是势在必行，从而将思想统一到中央、省市的改革精神上来，不断提高社会及个人的承受能力；可以给予三年的过渡期，三年内保留编制，财政只负责缴纳养老保险和医疗保险。
二是克服身份置换难题。主要是相关的配套政策特别是乡镇事业单位“三化”改革的配套政策不明确，目前最突出的问题是个人的社会养老保险问题，未实行养老保险金制度的地区，如何解决这些人员的后顾之忧，将面临着巨额的资金补贴等实际问题；已经实行养老保险金制度的地区，转制后也面临着确定新的缴费类别、缴费标准以及如何解决转制前的欠费问题等。可以考虑由中央、省、市、县四级财政出资，实行身份“买断”式的置换，可以考虑由各级财政分担支付这些人员达到法定退休年龄前的养老保险金的方式作为身份置换的补偿或保障，解除其后顾之忧，为其自谋职业提供基本养老保障。明确乡镇事业单位人员转制后的养老保险金的配套政策，可以考虑将这部分人员的养老保险待遇划分为两个部分，转制前按事业单位人员缴费并享受事业单位养老保险待遇，转制后按企业或社会人员的标准缴费，达到法定退休年龄后，综合其两个阶段的缴费标准享受相应的养老金发放待遇。
三是克服债务化解难题。乡镇事业单位债务沉重是一个普遍问题，这些债务的形成，有的是因为管理不善，有的是因为盲目经营，有的是因兴建办公或经营场所而集资甚至贷款，还有的因为欠发职工工资。在乡镇事业单位转制中，如何化解这些债务成为一个现实而又棘手的问题。要制定和明确化解乡镇事业单位债务的政策，对乡镇事业单位经营性的债务，可以考虑参照《企业破产法》的有关规定进行清算、化解；对其他债务，可以按民事关系的有关法律规定进行债务的转移，如应该由财政承担的欠发工资，可以确定一定的期限，由乡镇、县市以及上级财政分别负担、偿还，职工用于单位集体的集资，可以通过变卖、拍卖集体资产的方式予以偿还。
四是克服政事职能剥离难题。事业单位类别繁多，情况复杂，要根据社会职能、经费来源的不同，将事业单位科学划分为行政支持类、纯公益类、准公益类（社会中介类）、生产经营服务类四类，选择和确定相应的改革目标与实施途径。要从实际出发，稳步推进，不搞一刀切。严格控制行政支持类总量，对难以准确分类的事业单位可往下靠一个类别，待上级机构编制部门出台分类标准后，再重新确定其单位单位类别；要逐步将事业单位承担的可以划分出来的行政管理职责，交归行政机关；政事职责联系紧密或一时难以划分的行政职责，按审批程序经批准后通过授权的方式暂由事业单位承担，在条件成熟后再实行政事分开；将党政机关可以分离出来的咨询、指导、服务、协调等辅助性、技术性工作，交由事业单位承担，以促进政事分开和机关职能的转变。按照区域覆盖、就近服务、优势互补的要求，统筹规划、合理调整事业单位布局结构。撤并、压缩不适应市场经济发展需要和不具备法人资格的事业单位。对设置过于零散、规模过小、服务对象单一的事业单位，要适当合并；对工作职责已经消失或有机构无人员、名存实亡的事业单位，要予以撤销；对同类型重复设置的事业单位，要予以合并及重组；对主要为单位内部提供后勤服务的机构，要视情况予以剥离，让它独立远作。
五是克服人员分流难题。要支持和鼓励乡镇机关事业单位人员与原单位脱钩，领办和创办各类服务“三农”的专业化中介服务组织，开展有偿服务和经营服务；或支持兴办各种经济实体，领办和创办农业、林业、水产畜牧业等经营性农村推广示范基地；鼓励辞去公职，自谋职业；对符合退休条件的按“到龄即退”的原则办理退休手续，对已丧失工作能力，不能坚持正常工作的人员，及时办理退休（职）手续；对工作年限满30年，或男满55周岁、女满50周岁，且工作年限满20年的乡镇机关事业单位落岗人员可以提前退休；对2年内达到提前退休条件的乡镇机关事业单位落岗人员，经本人申请，组织批准，可以提前离岗。等达到提前退休条件时，即办理提前退休手续。办理提前退休手续的，享受退休人员待遇，办理提前离岗手续的乡镇机关人员在离岗期间发给本人基本工资和非生产性补贴；不符合提前退休（离岗）条件的分流人员又无具体单位接收的，与其解除人事关系，给予不低于当地企业改制的职工补偿水平的补偿金；对于领办和创办各类经济实体和自谋职业的，纳入企业下岗人员再就业范围，享受再就业的优惠政策；对整体分流从事经营服务，经办实体的，在税收、办证方面予以优惠；从乡镇全额和差额事业站所随经营性职能的分离而进入乡镇自收自支事业单位的人员及社会保险费和住房公积金由市级财政予以补助；分流人员的生活费、补偿金及到正常退休年龄期间按规定应缴纳的社会保险费（个人缴纳部分除外）和住房公积金等均由市级财政予以补助。
六是克服分类指导难题。要防止“一刀切”，防止操作上的“一化了之”。各地区之间以及本地区各乡镇事业单位之间的情况千差万别，既有发展的差异，也有人员、技术、业务等方面的差异。要在“三化”改革的总目标的指导下，把握关键环节，做到具体单位、具体情况具体分析、分类指导。如在企业化问题上，可以根据转制事业单位的具体情况，分别改为企业或民办非企业组织，或其他社会中介组织。在机构的组建方式上，可以是成建制转制，也可以引导其中的部分人员通过合伙、入股、联合等方式组建，也可以通过横向联合联营的方式进行组建。特别是在机构的综合设置上，可以通过引导，将业务相近的一些站所的人力、技术等资源进行整合，如农技站、水产站、特产站、农机站、畜牧站的综合设置，文化站、广播站的综合设置等。在市场化环节上，要科学界定公益性服务职责的范围、项目，逐项确定量化标准，为按事付费提供科学的技术保证。对具备直接改为企业组织的乡镇事业单位可以直接改为企业组织，到工商部门办理法人登记；适合改为民办非企业组织的，改为民办非企业组织，到民政部门办理法人登记；适合其他社会中介组织的，到工商或民政部门办理法人登记；对一时不能改变其事业单位性质的，也可以按照企业化管理的事业单位的这一类机构形式，到机构编制部门重新办理企业化管理的事业单位法人登记，按照企业化管理的要求进行规范和运作，同样可以以独立的法人主体资格享有权利、承担义务，履行服务，开展经营。