②手段不同：一般的课税调查，依据各个具体税法规定的询问检查权进行（如所得税法第234条规定"税务人员在必要时可对纳税人等有关人员进行询问，对帐薄单据等进行检查"，法人税法第153条、154条、155条和遗产税法第60条，消费税法第62条都有同样内容的规定），这是一种非强制性的调查，需要当事人配合才能实现。而税收犯罪调查所针对的对象往往是性质恶劣、金额巨大的偷税案件，所以为了保证调查的顺利进行，税务警察除了拥有《打击国税犯罪法》第1条所规定的询问、检查和证据保全等非强制调查手段之外，还拥有《打击国税犯罪法》第2条所规定的突击搜查、封存扣押证据等多项强制调查权。强制调查不以当事人是否同意为条件，但必须要取得法院签发的搜查令、扣押令等令状才可以行使。例如在一般税务人员进行的课税调查中，往往因被调查人拒不交出保险柜或房间钥匙而无法收集到有力的证据，而在强制调查过程中，税务警察可以毁坏保险柜或房间的门锁进行搜查，并且税警在执行搜查任务时可以禁止任何人进入搜查场所。一般情况下强制调查所需的各种令状由执行调查任务的税警所属税务机关所在地的法院签发，在情况紧急的情况下，也可以申请证据或被调查人所在地的法院签发。另外，一般的课税调查不拥有监视居所、跟踪、搜身等针对人身权的调查手段，而税务警察依法拥有以上权限。

　　③处理结果不同：对税收违法行为的惩处，可以分为行政处罚与刑事处罚两大部分。a.行政处罚（轻加算税与重加算税）。经过课税调查，证实纳税人有过少申报或不申报等行为的，除责令纳税人补缴税款外，由税务署长决定加处罚款（在日本税法中称之为加算税），罚款按纳税人是否有隐瞒或伪造虚假的纳税事实、欺骗税务机关等主观故意分为轻加算税与重加算税两个档次。以所得税为例，纳税人有少申报行为的，按少申报部分的10%征收"少申报加算税"，少申报部分大于已申报部分或虽未超过已申报部分但数额超过50万日元以上的按15%征收"少申报加算税"。纳税人因不申报而少缴税款的，按不申报部分的15%征收"无申报加算税"。不论是少申报还是不申报，纳税人在税务机关发现之前自行重新正确申报的，加算税减按5%征收。如果有证据证明纳税人有故意隐瞒或伪造虚假的纳税事实、欺骗税务机关等行为时，"少申报重加算税"为35%，"无申报重加算税"为40%。就同一个违法行为，轻加算税与重加算税不能并处，如果在课处轻加算税之后又有新的证据表明应当课处重加算税时，应当先取消前一个课处轻加算税的行政决定。B.刑事处罚。有关偷税的刑事处罚条款规定在日本的各单行税法当中，例如所得税法第238条规定"应用虚假或其他不正当手段免除纳税的，处5年以下有期徒刑或所偷逃税额一倍以下的罚金，视具体情节可将二者并处。"另外在法人税法第159条等其他税法中也有同样的规定。由于日本是一个判例法国家，有关税收犯罪的定义分散规定在各具体税种法律当中，并且这些规定只是原则性的，具体的适用要依据大量的司法判例，由法官作出罪与非罪的判断，所以没有象我国刑法中那样统一的罪名表述和罪与非罪的具体金额和比例标准。另外还有一点与我国税法显著不同的是，对于同一违法行为，如果法院已经按照犯罪判罪定刑的，税务机关还要同时课处行政处罚，也就是行政责任与刑事责任同时并存，二者互不折抵。由于日本税法中罪与非罪的界限比较暧昧，所以在实际操作中，是否追究违法行为人的刑事责任，在很大程度上由起动的调查程序不同所决定。比如性质、手段相近的两起虚假申报行为，如果一起是由普通的税务人员适用课税调查程序所发现的，调查结束之后，由税务署长处以罚款就可以了结；而另一起是由税务警察立案并侦破的，那么调查结束之后，不仅仅要移交司法机关追究刑事责任，并且还要将有关情况通知税务署长，由税务署长作出补税、加征加算税的决定。