土地出让金被称为地方政府的“第二财政”，属预算外收入。1993年的分税制改革后，中央把土地出让金全部划归地方政府。根据国土资源部公报，2004年全国土地出让价款就已高达5894.14亿元，2006年第一季度全国土地出让金可能就高达3000亿。

根据国务院发展研究中心的调研报告，在一些地方政府，土地直接税收及城市扩张带来的间接税收占地方预算内收入的40%，而土地出让金净收入占政府预算外收入的60%以上。    地方政府对土地出让金的分配格局是30%～40%左右用作基础设施、道路、学校等公共目的用地；30%～40%左右用于工业用地；另外大约还有30%，就是商业和住宅用地，其中有一半要建经济适用房，也就是说只有15%才是真正的商业用地和房地产。这样导致的结果是，为了扩大财源，地方政府一方面拼命圈地用于房地产开发，一方面拼命炒高地价、房价。建设部对全国城镇廉租住房制度建设的调研结果是截至2005年年底，在全国291个地级以上城市中，尚有70个还未建立廉租房制度。

在“国六条”出台后，三部委(国土资源部、财政部、建设部)开始重新审视土地出让金的分配问题，国土部考虑建立土地出让金专门管理制度，加大征地拆迁补偿；财政部考虑把土地出让金收支纳入财政预算范畴，中央分享一部分；建设部考虑把至少15%的土地出让金用于廉租房建设。

国土资源部则希望为土地出让金建立专门的管理制度，并加大在新农村建设、征地拆迁补偿、耕地占补平衡等方面的投入力度。“总体上至少要拿出20%左右”。财政部“两步走”方案一是先把土地出让金收支纳入财政预算范畴；二是中央财政要分享一部分，以扩大向中西部省份的转移支付力度，并在地方上建立“国有土地收益基金”，给后任政府预留一些发展建设资金，避免“寅吃卯粮”。建设部希望能把更多的土地出让金用于廉租房建设，至少要15%的比例。部委之间需要通过国务院来进行协调。

地方政府的角色定位不是城市土地公司总经理，所以对土地出让金办法的改革将不可避免。