纵观各国对农村生态环境问题的防治，都是运用法律和制度手段，发挥政府的主导作用，将生态环保政策作为一种经济发展政策，强调生态环境措施的多样性、创新性和灵活性。为了从源头上防止农村环境污染和生态破坏，或者即使产生也可以采取治理措施把问题减少到最小限度，需要政府一系列的法律保障和制度设计。首先，要建立健全与农村生态环保有关的法规，切实执行《水法》、《水土保持法》、《森林法》、《清洁生产法》、《环境保护法》，加快制定《自然资源法》、《防治沙漠化》、《有机废弃物排放法》等与农村生态环境相关的法律并严格执行，在宏观政策层面做到有的放矢。其次，要建立公共政策农村生态环境影响评价制度，以从政策源头上把关，控制生态环境问题产生。第三，建立综合决策和协调机制，把农村生态环保的内容切实纳入国民经济整体战略规划和各级政府计划中，加强集成。第四，制定国家“十一五”农村生态环保专项规划，实施“农村小康环保行动计划”，开展创建文明生态村活动。第五，建立对农村和农村经济的绿色统计及审计制度，改变过去忽视生态环境效益的评价方法，开展绿色经济核算，扣除农业资源和农村环境损耗。第六，强化政府社会管理和公共服务功能，以解决农村自身难以消除的外部不经济问题，利用各种手段激发农村生态环保的内在动力。第七，建立健全农村生态环境的治理制度，如积极运用环境资源税、公共财政、财政补贴、低息贷款等经济手段建立国家农业生态补偿机制；综合运用排污许可证制度、排污权交易制度、抵押返还制度、环境损害责任保护制度、垃圾处理转移支付等制度，控制农村城市化、农业工业化过程中污染产业的发展对农村生态环境的破坏。第八，科学地构建农村生态环境的安全体系，提高农村生态环境灾害的应急能力，减轻灾难的损失。为此，尽快建立健全国家和区域两个层次的农村生态环境安全监测和评估系统以及预警和应急系统。