《村镇银行管理暂行规定》对产权结构的安排是，村镇银行最大股东或惟一股东必须是银行业金融机构，且持股不低于20％，除银行业金融机构（不仅包括主发起银行，也包括参股银行）之外的单一股东（包括非银行金融机构、非金融机构企业法人、自然人）及其关联方持股不得超过10％。这一规定，意在确保发起银行的控制权的同时，尽量分散股权，以实现有效的公司治理。理论上，发起行持股20％即可实现相对控股，但一些村镇银行的行长认为必须坚持绝对控股才能保证控制权。如课题组在安徽凤阳利民村镇银行座谈时，该行行长诉说了他们行由于主发起银行持股比例不足30％给经营管理所带来难题：一是由于股权分散，意见经常难以统一，甚至董事会开会时都要邀请凤阳县的领导参加并帮助协调，就是这样往往是从夜开到亮仍无结果，因为只要其中的大部分股东联合起来就可以否决任何提议；二是由于许多股东不懂银行业务，特别是自然人股东（主要是当地民营企业家），隔三岔五来找管理层，认为常规的贷款业务盈利太慢，希望将资金交给他们拿出去放贷，可以赚大钱，甚至提出给自己的亲戚朋友或生意伙伴贷款，如果诉求达不到满足就会鼓动其余股东联合起来与第一大股东博弈，导致管理层协调难度极大，风险也难以控制。

如果主发起银行绝对控股，尽管有利于降低交易成本，保证村镇银行的正常运行，但同样也会衍生一系列问题：一是由于其他投资主体话语权太小，就会担心大股东滥用权利和自己的利益被大股东侵占等，从而影响民营资本入股村镇银行的积极性。课题组此次调研中已发现，一些民营资本在短暂的热情之后，对村镇银行渐渐采取观望的态度，甚至出现了退股的现象。二是绝对控股就意味着要多出资，村镇银行注册资本金越大，需要投入的资金就越多，主发起银行本身的净资产就会减少，其资产质量和相关银行指数就会发生改变，资本金充足率也会下降。特别是如果一家主发起银行要发起成立多家村镇银行的话，对其的影响就会更大。三是有可能使得村镇银行沦为主发起银行的分支机构而丧失独立性。