随着城市化进程的加快，小城镇和乡村聚居点人口迅速增加，城市化倾向日趋明显。但与城市相对规范的规划、较完善的基础设施相比，小城镇和乡村聚居点在这些方面明显落后，绝大部分城镇的生活污水未经处理而直接排入河道，成为农村内河水污染的主要来源。据统计，全国农村生活污水日排放量为2320.5万吨，其中总氮日排放量约为283.1吨，总磷约为56.6吨。⑩另外，大多数村镇没有无害化垃圾填埋场，生活垃圾被随意抛弃在河塘或低洼地，不仅影响城镇卫生，而且造成河流淤积，污染水体。此外，大量的秸秆被焚烧或抛弃于河湖沟渠或道路两侧，浪费了大量资源，污染大气和水体。这些已经成为环境保持的突出问题和影响人体健康的主要因素之一。 

随着农药、化肥以及地膜等的大量采用，对自然环境造成污染，敲响了生态灾难的警钟。2000年，全国农药使用量128万吨（成药），平均每公顷用量约14公斤，比发达国家高出1倍，但利用率不足30％，比发达国家低20％。农药大部分进入水体、土壤中，使自然环境受到不同程度的污染。农药污染破坏生态平衡，威胁生物多样性。目前 国化肥年使用量达4124万吨，按播种面积计算，平均每公顷化肥施用量达400公斤以上，远远超过发达国家为防止化肥对水体污染而设置的每公顷225公斤安全上限。紒纭矠但化肥有效利用率很低，氮肥平均利用率为30～40％，磷肥10～20％，钾肥35～50％。化肥流失加剧了湖泊和海洋等水体的富营养化，造成地下水和蔬菜中硝态氮含量超标，影响土壤自净能力。农业面临污染对人类健康的影响不容忽视，据调查，累积于饮用水源特别是井水中的化肥氮磷和农药对至少13个省份、数以百万计居民的健康构成威胁。近20年来， 国农用塑料使用量猛增，特别是地膜的用量和覆盖面积已居世界首位。目前平均每年有45万吨地膜残留于土壤中。由于农膜很难降解，影响土壤通气和水肥传导，造成粮食减产。 

国迅速发展起来的规模化畜禽养殖带来的污染问题也日渐突出。据统计，1999年全国畜禽粪便产生量约为19亿吨，而当年全国产生的工业固体废物为7.8亿吨，畜禽粪便产生量是工业固体废弃物产生量的2.4倍。其中规模养殖产生的粪便相当于工业固体废弃物的27％；山东、广东、湖南等地区规模化畜禽养殖物的粪便产生量已相当于本地区工业固体废物的40％。全国畜禽粪便的COD总量达7118万吨，远远超过工业废水和生活废水COD排放量之总和。紒紝矠由于绝大多数养殖场没有污水处理设施直接超标排入农业环境，畜禽污染造成了水体富营养化，水质恶化，致使土壤板结和盐渍化。此外 国农村医疗垃圾污染也很严重。 

农业生态环境恶化导致农产品污染加剧，滥用饲料添加剂导致畜产品中有害物质不断超标，极大地影响食品安全，危害人体健康。据披露，每年 国消费者因食物残留农药和化学添加剂中毒的人数超过10万人。从南方的“瘦肉精”到北方的“有毒菜”，近年来，一波波有关食品安全的新闻不绝于耳。据农业部对工矿企业区、污染灌溉区等重点区域主要农畜产品污染情况调查，其污染物超标率达18.5％，2000年对部分省会城市农贸市场果菜的抽样检测结果表明，水果、蔬菜农药超标率为20％左右