职能组织结构是由按管理职能划分的工作部门所组成的层次性管理组织。一个系统可设立若干职能部门，如生产部门、市场部门、工程部门和财务部门等，这些部门是在系统的最上管理层次。每个职能部门又可再划分为若干职能组或设定职能工作人员。职能组织结构中的职能部门在自己职能范围内独立于其他职能部门进行工作，职能工作人员接受相应的职能部门经理的领导。
在这种组织系统中同样会有项目，而项目的实施一般总是需要各职能部门的共同配合，共同完成。项目的职能组织结构是指在这种情况下，项目管理实施小组的组织并不十分明确，各职能部门均承担项目的部分工作，而涉及职能部门之间的项目事务和问题由各个部门负责人处理和解决，在职能部门经理层进行协调。