该法主要是利用微生物细胞破乳或者利用微生物代谢过程产生的表面活性破乳。生物破乳剂因破乳高效环保等优点在油水分离等领域具有较好的应用前景，已经成为破乳剂研究的热点之一。近年来该领域研究主要集中在微生物的筛选以及影响其破乳能力的因素考察等方面，除寻求具有高效破乳能力的微生物菌种外，还通过微生物与化学破乳剂复配以及不同微生物之间的复配以提高微生物破乳剂的效率及效果。由于对生物破乳剂中有效成分的认识还不够清楚，因此将生物破乳剂用于实际生产还需要进一步探索。徐暘等发现菌体在发酵过程中产生的具有ＰＥＧ结构小分子胶团具有破乳活性，认为破乳菌通过发酵过程中产生的这种小分子物质胶团和疏水性蛋白的共同作用实现破乳。