大部分酶经过固定之后，都会具有更强的活性，适用范围更广，储存时间更长，因此，固定化酶在废水处理中也得到了广泛的应用． 固定化酶能够用于含油废水、染料废水、造纸废水、酚类废水等废水处理，而用于废水处理的固定化酶主要有三种，即固定化漆酶、固定化过氧化物酶、以及固定化酪氨酸酶．
在废水处理中，漆酶、过氧化物酶、酪氨酸酶的应用最广泛，随着固定化技术的逐渐深入，其他类型的固定化酶也应用到了废水处理当中．运用固定化高效聚乙烯醇( PVA) 降解菌处理PVA 废水，对水中PVA 的去除率能够达到70%以上．运用固定化蛋白酶处理粮食加工企业中的废水，对蛋白质的去除率一直维持在30． 43%以上．运用海藻酸钙固定联苯菊酯降解酶，来处理联苯菊酯污染水体，处理时间3h 之后，水中的联苯菊酯的含量降低了72%． 运用固定化高效降解菌处理对苯二甲酸( PTA)废水，当废水的COD 负荷为2． 91kg /m3d 时，固定酶对CODcr，TOC，TA 去除率都在85% 之上． 由此可见，固定化酶在废水处理中的应用非常广泛，具有非常广阔的发展前景．