2008年7月5日，原告朱某与被告刘某签订了一份《合作投资协议书》，约定被告刘某以现金1000万元投资，原告以专利权投资，作价1632万元，双方成立安徽加州有限责任公司，公司注册资本2632万元，原告占有公司62%的股份，被告占有公司38%的股份。因原告方尚未获得专利证书，双方协商一致变更原《合作投资协议书》为：新公司注册资本调整为800万元，全部由被告以现金方式出资，双方股权比例不变（即原告占62%、被告占38%），使用原告方提供的技术进行生产，待原告依法取得专利权后，再将专利权转让给公司。公司成立后，被告方共支付200万元作为三个股东的首期出资，后原告与被告因公司事务发生矛盾，被告不愿再向公司出资，原告依据《合作投资协议书》向法院提起公司设立协议纠纷诉讼，请求被告承担违约责任。合作投资协议与公司章程冲突怎么办？

商法通律师提醒：实际操作过程中，《合作投资协议书》是双方真实意思的表示，双方在公司设立过程中及公司成立后的行为也表明是在履行《合作投资协议书》，而非公司章程。因此，解决原、被告之间的争议，应优先适用《合作投资协议书》。

《公司法》 第二十八条 股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。 股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。