北京大学正式命名
北京大学首届开学典礼
1 0 1 周年
“为荐任大学校校长事：北京大学堂前奉大总统令，京师大学堂监督事务由严复暂行管理等因，业经该监督申报接任在案，窃维部务甫经接收，大学法令尚未订定颁布，北京大学既经开办，不得不筹商目前之改革，定为暂行办法。查从前北京大学职责，有总监督，分科监督，教务提调各种名目，名称似欠适当，事权亦觉纷岐。北京大学堂今拟改为北京大学校，大学堂总监督改称为大学校校长，总理校务。分科大学监督改称为分科大学学长，分掌教务；分科大学教务提调即行裁撤；大学校校长须由教育部于分科大学学长中荐一人任之，庶几名实相符，事权划一，学校经费亦得藉以撙节，现已由本部照会该总监督任文科大学学长，应请大总统任命该学长署理北京大学校校长，其余学科除经科并入文科外，暂任其旧。俟大学法令颂布后，再令全国大学一体遵照办理，以求完善而归统一。”
当时北京大学设有文、法、商、农、工等科，除严复兼任文科学长外，其它：以张祥龄为法科学长，吴乃琛为商科学长，叶可梁为农科学长，胡仁源为工科学长。
这条行政命令立即在北京大学教职员工中引起混乱，不少人请假离开学校。
严复作为校长，对此十分忧虑，他认为“学校性质与官署迴殊，强令从同，立形窒碍”。于是他撰写了一份《上大总统和教育部书》的说帖，上呈袁世凯和教育部。
严复在《上大总统和教育部书》的说帖中,条陈了三条反对理由：
“部司寮寀名隶官规，俸给既优，位置已固，迩日虽簿尽义务，将来之权良多。学校任务则有似雇佣，既无考绩之可言，又乏酬庸之希望。此碍难曲遵者一。
内外官俸视爵秩高下而分等差，学校月薪则以事务繁减而判丰啬。如平均给予，事减者固安，素常任重者必怀觖望，倘各恪日力，放弃责任，表面之经费虽省，无形之贻误实多。此碍难曲遵者二。
教员薪水本以钟点为衡。授课者多，每星期二十或十六七奌钟，一旦减薪，非抱璞长辞，即隨意旷课，欲加之罪，则无可置词；欲改聘师资，则高材莫致。自前令颁布之后，教员中告假而去者，已不乏人。若有稍予通融，便与停办无异。此碍难曲遵者三。”
为了使北京大学不致半途而废，同时也照顾到财政部的面子，以维系政令统一，严复决定在此关键时刻牺牲自已的利益，提出一种变通方法：除校长一人每月支60元以示服从命令外，其余教职员工应准额全支。并表示仍将节约经费。严复在说帖中写道：“为今之计，除校长一人准月支六十元，以示服从命令外，其余职教各员，在事一日，应准额全支，以示体恤，而昭公允。总之，本校长深悉时局艰难，决不肯丝毫浮费。即如开办之初，归并学科，裁撤教务各提调、庶务帮提调、帮支应、监学、检察暨司事书记，共二十余名，所省已属不夕。此后如有涉于糜费者，尚当为求撙节，以期涓滴皆归实济。”
后来，严复的建议最终被采纳，北京大学教职员工的薪水仍然全额发放，克服了財政部减薪通令在教员中引起的混乱。
6月底，教育部内部出现了以北京大学办学经费困难、程度不高、管理不善为由，拟解散北京大学的谣言。
教育部以经费困难为借口，同时认为原京师大学堂自开办至清末十余年，学生班次虽有增加，但毫无成绩可言；国体变更后，社会各界对该校均表示不滿，遂决定停办北京大学，并提出了解散北京大学的具体办法：各分科大学学生一律提前于1912年年底毕业，给予选科文凭，概不授予学位；本年下学期各分科大学一律不招新生；文科及预科教务长均应裁撤；除文科学长外，各分科学长应兼教员。
严复又向教育部撰写提交了一份《论北京大学校不可停办说帖》，陈述不可停办北京大学的理由。
“北京大学创建十有余年，为全国最高教育机关，未尝一月停辍。去年武汉事起，学生相率散归。代谢之后，国用愈绌，几至不名一钱。此校仅图看守，亦且费无从出，前总监督劳乃宣谢病而去，本校长受任于危难之际，承袁大总统谆切相托，义难固辞，勉强接事。时与学部度支两首领再四磋磨，商请用款，迄无以应，不得已乃陈明总统，由华俄银行暂借银数万两，榰柱目前重行开学。此本校长接办以来之大概情形也。”
“查北京大学，考其程度、教法，欲与欧美各国大学相提并论，固不可同年而语。然在其建置之初，固亦极当时之人材物力，竭蹶经营，以免企其所蕲向之鹄的，又积十余年之因仍迁嬗，糜财耗时，而后有今日之地位，为全国中比较差高之学校。今若将其尽废弃，是举十余年来国家全力所惨淡经营，一旦轻心掉之，前此所糜百十万帑金，悉同虚掷，且北京为革命后地方完全未经破坏之区，前日大学形式仍然存在，学生在校肄习历有岁年，纵不能更照旧章，予以出身奖励，将持何理由而一士门摧残遣散之乎？此则停办大学之未可，一也。
夫各国之有大学，亦无法定其程度。取甲国之大学与乙国之大学相比观之，不能一致也；取某国内甲地之大学与乙地之大学相比观之，亦不能一致也。此固有种种原因，种种之历史，从未有一预定之程度，必至是而独得为大学，不至是遂不得为大学者也。且程度亦何常之有？吾欲高之，终有自高之一日，若放任而不为之所，则永无能高之时。此则停办之说之未可，二也。
且吾国今日应有学否手？往者初立大学之时，言教育者即多訾议，以为我国教育方针必从普及入手，令中小学未备而先立大学，无基为墉，鲜不覆溃，则不知高等大学与普通教育双方并进，本不相妨。普通教育所以养公民之常识，高等大学所以养专门之人才。无公民则宪法难以推行，无专门则庶功无由克举。今世界文明诸国，著名大学多者数十，少者十数。吾国乃并一已成立之大学，尚且不克保存，岂不稍过；且北京者，民国之首都也。天津西沽大学又有历年，其学科阶级，夙在高等学堂之上；江渐各省及湖北武昌，亦方议建立大学。北京既称国都，反出行省之下，本末倒置，贻诮外人。此则停办之说之未可，三也。
且国家建立大学，在宗旨与中小学等各学校不同。中小高等，皆造就学生之地；大学固以造就专门矣，而宗旨兼保存一切高尚之学术，以崇国家之文化。各国大学如希腊、拉丁、印度之文学、哲学。此外，尚有多科，皆以为文明国家所不可少，设立学官、立之讲座、给予优薪、以待有志者來，学者得其师资，即使无人，而各科自为研究探賾索隐，教思无穷，凡所以身重其国教化之价值也。日本有森泰来香，为全国中能诗之第一手，而其大学即延之以为诗学讲师。夫日本之于汉文，早已视同刍狗，于诗学乎何有此？其专为目前效用计哉，亦所以具备大学之科目，而自隆其国家之身价也。其余如吾国小学、经学及阳明心学、佛教、梵文等，无不加以特别之研究。彼国醉心欧化，而且保全中国旧学若此！今日革新方亟，旧学既处于劣败之地，势难取途人而加以强聒，顾于首都大学，拟不妨略备各重要专科，以示保存之意。全国之大，必有好古敏求之士，从而为之者；即使向往无人，亦宜留此一线不绝之传，以符各国大学设科之意。至于科目，亦宜详加甄采，以备仿循，不独为造就目前学生计也，如此，则学生之人数多寡有无，皆不足以沮进行之计划。况既为全国比较差高之学校，当亦有此较相当之学生，既有造就之盛心，必不患无学者。此次开学，蒙总长莅校，有设立研究会之政见，但若依前说办理，则功效当复相同。是则为吾国保存新旧诸学起见，停办之议之未可，四也。”
“至于养校之经费，则窍以谓今之大学固当问其存宜与否？存矣，则当问其进行之计划为如何，不得以筹费之难易为解决也。”以“国家肇建万端，所需经费何限！区区一校所恃以存立耆，奚翅九牛一毛，其所以保持者甚大，所规划者至远如此，夫何惜一年二十余万金之资，而必云停废乎？此则不佞所大惑不解者也。”
严复又给教育部上呈了一份数千言的《分科大学改良办法说帖》。
说帖主要内容：
第一，结束以前的办法：（1）对旧有学生。拟缩短原定学期至迟一年内一律提前毕业，作为大学选科毕业生，予以选科毕业文凭，以免新旧参差，教法不能一致。（2）处置已聘教习。所聘外国教习按合同处理，中国教职员工本无合同约束，应通过考核斟酌去留。
第二，今后改良办法：（1）今后招生以考试为准，不重以前的文凭；学生在校期间收取食宿费；毕业时由学校发给文凭、学位。（2）除非万不得已，今后招聘教员以本国人才为主。（3）文、法、理工、农、商诸科具体改良办法。具体而言，文科：本着兼收并蓄、广纳众流的原测，应涵盖东西方哲学、中外历史、舆地、文学等内容，招收中西学均有棍底的学生，聘请宿学名家任教。法科：招收具有普通法学知识、精于中文、兼通英文或德文的学生。以本国法律为主课，用
严复在