砭石器具有活血益气、疏通经络、扶正祛邪、平衡阴阳的作用。
活血益气：当砭具与人体表摩擦时产生极强的超声波脉冲刺激人体皮部，使之发红发热，通过皮部向经络、血脉、相关脏腑渗透。原病理状态下的瘀血或气滞在波的传导中逐渐化散。
疏通经络：治疗应当以疏通经络、调整气血为首。砭术使用有能量的砭具在人体经脉、络脉、经筋、皮部、腧穴施以各种手法，通过经气的作用疏通络脉，强健经筋，恢复失调的脏腑功能。属于邪气侵入者，通过砭术治疗，疏通经络，能够祛邪以扶正；属于虚衰体弱者，经过砭术治疗，以经络为通路，调动自身脏腑功能，恢复体质，强健身心。
扶正祛邪：砭术通过活血补气、疏通经络达扶正目的，同时对经筋、皮部、四海等的保养也是扶正的重要内容之一。祛邪与扶正相辅相成，二者同时进行。使用砭板弓背在人体表做刮法或使用砭尺做拍法，有时会出现皮下红点，色鲜红，有时又会出现连成片状或条状的紫黑色隆起。根据测察，这些即为邪气在排出时的病理物质。
平衡阴阳：人的生理分阴阳，脏腑分阴阳，经络分阴阳。病理状态中有阴虚、阳虚；阴盛、阳盛。阴之不足会致使阳之有余；阳之不足，也会出现相对阴盛症状。因此平衡阴阳，使之调和，不偏不盛，不虚不亏为治疗目标。