方舟子打假直指中国国家研究部门和高校的著名教授、高级领导，使很多显赫人物落马，建功颇伟。然而，扣帽子、贴条子，把人斗死斗臭，把人骂到精神崩溃也竟然能成为方舟子“打假”使用的一种手段，而且看起来效果颇佳。
1，朱海军（网络作家）
方舟子认定朱海军是伪科学，朱海军活着的时候，称他为“网络妄人”，朱海军去世后后，他不无遗憾地说，“如果给予机会，朱海军能脚踏实地地开始新的生活”，言下之意，朱海军在自己价值观下生活是一种错误的旧生活。一幅真理独家拥有者的嘴脸。
2，于建嵘（中国社会科学院农村发展研究所研究员）
严晋在质疑于建嵘简历和田野数据后，称他“为了成名而肆意妄为”，从此于建嵘陷入和新语丝的口水战。在信中，于建嵘称方舟子为“杂种”，方舟子进行反击，称于建嵘 “恼羞成怒，如街头小流氓一般对我破口大骂”，“于建嵘是一个被人们误当成了学者的地痞流氓”，于建嵘是一条“落水狗”。
3，张耀杰（传记作家）
在于建嵘事件中，张耀杰发表了一篇《方舟子导演的伪道德》，为于建嵘辩护。方舟子骂道，张耀杰“是个研究‘鲁迅根深蒂固的心理病态’的‘学者’，不过读他的文章，却更像是出自‘根深蒂固的心理病态’者之手”。
4，林达(旅美作家)
在对科学的态度上，方舟子与林达夫妇也产生分歧。方舟子在破口大骂声中赢得了声势：“丁林最后总算彻底暴露了一位无知无畏的反科学妄人的嘴脸”，并称林达为“宗教狂热分子”、“谎话连篇，错误百出”。
5，笑蜀（《南方周末》高级评论员）
在于建嵘事件中，笑蜀发表了一篇《严晋拉屎，方舟子买单》，流露出对方舟子的不满。方舟子同样放下了自己的文人架子，开始骂街：“呜呼，‘英明神武’的笑蜀，你以为你是什么东西？！”
6，鄢烈山（著名时评家、《南方周末》高级编辑）
在于建嵘事件中，鄢烈山发表了一篇文章《警惕方舟子，理解方舟子》，由于立场不合方舟子的心意，引起了他的不满。方舟子对鄢烈山进行炮击，狂妄地说他不仅敢说鄢烈山是妄人，而且能有根有据地证明鄢烈山是妄人，还说鄢烈山“阅读能力也是很成问题”。在《我对“公民写作家”鄢烈山也很遗憾》一文中，方舟子甚至说时评作家“脑袋多由屁股决定”。
7，《南方周末》
《南方周末》对于建嵘事件进行了报道，称之为“两败俱伤的恶战”。方舟子嘀咕我还真不明白我在这场“恶战”中败在哪里，伤在何处？他给《南方周末》定性说，“《南方周末》现在真是堕落了！”，他说，关于于建嵘谩骂他的报道，其偏颇完全源自其编辑、记者素质太差，“《南方周末》不仅是堕落，简直就是无耻”。
8，汪丁丁（北京大学经济学教授）
汪丁丁是著名经济学家、北大教授，方舟子在攻击了汪丁丁的写作风格后，继而否定其学术能力，把汪丁丁判为“无知”者、“用假学术蒙人者”。
9，王鸿飞（中国科学院化学研究所研究员）
方舟子揭露某些海外教授回国全职任职，实际上他们在海外也是全职教授，甚至包括某些“长江学者”、“特聘教授”。王鸿飞在《教授回国不能立即裸奔》中则认为，在这样的事情上不应该吹毛求疵。方舟子大骂：“你明明是穿着运动服、甚至是西装革履地在奔，却声称是在‘裸奔’以吸引眼球，并以‘裸奔’的名义申请资助，这样做滑稽得有点无耻”。
10，刘华杰（北京大学哲学系副教授）
刘华杰在对待科学的态度上与方舟子发生分歧。方舟子在《北大哲学系副教授刘华杰惊人谣言又一例》一文中大骂刘华杰是“弱智的副教授”、“无耻”、“ 刘副这种小人”。又在《略评北京大学哲学系副教授刘华杰的造谣谤文》中把刘华杰打为“蓄意造谣”蒙人者。在另外一些文章中，方舟子更称刘华杰为“衣冠禽兽”、“反科学妄人”。
11，刘兵（清华大学人文学院教授）
方舟子还将对科学观的争论扩展到了哲学领域，刘兵指责方舟子辩论中不遵守学术规范。方舟子以骂街回击，“刘兵也许自认为在中国的哲学界是个人物，但到了世界哲学界，也不过是条小狗”，“在文史哲大狗要叫，小狗也要叫”。（《庙堂反科学主义者的噩梦》）
方舟子自封为“科学警察”，可是，中国并不缺方舟子来做科学的真理部。真理部是国家的专利，比如说，中国科协、中国科学院、中国工程院才有这样的权力。但马克思曾明确表示，他反对新闻审查制度。事实上，早在100年前，西方国家就已经完全取消了新闻审查制度，这保证了对科学理论的同行评价。“科学”传统来自西方，在西方科学是一个由科学家组成的专业组织，美国著名科学哲学家托马斯•库恩认为，每一门科学都有一个特殊的内在结构，这种结构模型叫做“范式”。围绕着“范式”形成了某门科学的科学家共同体，由这个共同体来决定科学理论的正确与否。可见，某个理论的正确与否不能由该学科的门外汉来判定。方舟子作为生物化学的博士，对其它学科指指点点，其目的何在？再说，方舟子离开生物化学领域这么多年了，是否还属于生物化学的科学家共同体还是个疑问！