“三峡所有的严重问题，我们过去都预见到了”，李锐说，“除了清水下泄”。
他告诉《瞭望》新闻周刊，一位有关部门负责人曾来到他家说，三峡成库后，流下去的水泥沙少了，清水下泄，冲刷两岸堤防，“他很担心这个问题”。
上世纪80年代论证时期，三峡水库泥沙淤积问题引发热议，而对中下游泥沙减少造成的影响则相对研究较少。
《长江三峡水利枢纽环境影响报告书》指出河道冲刷可能对中下游及河口地区产生不同程度的影响，但点到为止。考虑到三峡工程的防洪、发电效益，人们一般会认为中下游地区将大受其利，直到近年，清水下泄对河道、堤防的一些负面影响才逐渐被重视。
张仁向《瞭望》新闻周刊证实，自2003年135米蓄水六年来，长江委水文局在大坝以下的荆江重点河段共发现40余处崩塌险情，并确定了多处潜在崩岸段。
2006年6月，三峡工程
其时，观测资料表明，大坝下游河道冲刷的数量和强度，远大于建库前，且超出论证与初步设计阶段的预估值。
在郑守仁看来，清水下泄，河床冲深，对防洪有利，洞庭湖萎缩速度亦将减缓，是为其利。弊端在于：崩岸比蓄水前增加，产生新的险工段，威胁长江堤防安全；一些浅滩河段在枯水期出现坡陡流急现象，船舶上行困难增大；荆江水位降低，致使洞庭湖调蓄长江中游洪水的能力有继续减弱的趋势。
郑守仁说，三峡工程原来设计冲淤平衡期为80～100年，后来由于上游水库拦沙，该期限还将延长，这意味着中下游将面临超过百年的清水冲刷等考验。
张仁称，蓄水以来虽未发生重大险情，但崩岸的发生很难准确预报，今后应加强河道的监测，加快实施荆江河段的河势控制应急工程。同时要制止非法采砂，以免影响堤防安全。
相比堤防安全，航道影响更为复杂，治理亦更为棘手，涉及与发电、防洪之间的矛盾。
张仁介绍，蓄水以来，宜昌至江口河段有多处卵石浅滩，如芦家河浅滩，坡陡流急突出，“船到这地方，货要卸掉一半，再用拖船拖上来，航运很吃亏，就需要整治。”
很简单的办法就是把这些坎挖掉，但这将造成宜昌枯水位进一步下降。由于葛洲坝船闸下闸槛的槛顶高程为34米，为保安全通航，宜昌枯水位需要维持在39米，需要下泄流量达到5300立方米/秒。简单地挖坎会降低宜昌水位，相应就需要加大下泄流量，影响水库蓄水和发电。
张仁说，为避免这一情况，目前的办法是，在宜昌和芦家河中间建成一些卡口，使两岸缩窄，另外还要实施河床护底加糙。如三峡总公司2004～2008年在宜昌胭脂坝实施护底加糙工程，对遏制宜昌水位下降有一定作用。
另一对矛盾则来自航运与防洪。
长江有很多江心洲，清水把洲头冲低，水面摊平，使河道变宽变浅，也不利于航运，“航运部门希望航道越窄越深越好，往下冲，不要往两边冲，所以他们要求整治，把滩头保护起来，让水往下冲。”
而对水利部门而言，水直往下冲将冲刷堤岸，可能引起崩岸。一个要护滩，一个要护岸，所以有矛盾。张仁建议水利、航运部门联合整治，进行合理调度。
至于长江口的盐水（咸潮）入侵问题，论证时认为三峡修库对其“有利有弊”。张仁解释道，“三峡仅仅把9、10月份的水减少了，枯水期还要补水，所以对盐水入侵有好处也有坏处，总起来算差不多”；再者，从宜昌至长江口长达1800公里的河道有充分泥沙补给，因为三峡蓄水对其“影响不大”。
近几年长江口盐水入侵、饮水困难情况加重，尤其是2006年。有人归咎于三峡蓄水，张仁觉得“有些冤枉”。
他说：“那一年是特枯水年，枯得不得了，上海9月份就有盐水入侵，那时还没开始蓄水。”
他还分析，围垦后的长江口北支咸潮倒灌南支增强、大通以下的抽引水增加、海平面上升等因素，都可能增加盐水入侵的机会。□