我们知道，融资融券交易一方面可以为投资者提供新的交易工具，给市场带来新的资金增量；另一方面可以改变证券市场“单边市”的状况，引入“做空”机制，方便投资者规避市场风险，完善市场的价格发现功能。但随着融资融券业务和规模不断扩大，从事融资融券业务的券商，其自有资金及证券将不足以支持业务的发展，必然会存在如何满足证券公司再融资再融券需求的问题，从而会导致银行信贷资金进入证券市场。所以，与一般证券交易相比，融资融券交易作为一种信用交易，它具有较强的乘数效应，能够在短时间内倍数地增加交易额度。这样，市场风险就会加大，并通过质押品传递给银行，如果控制不力,将会给银行业带来风险。
作为联系资本与货币市场的桥梁，融资融券业务将有利于打通国内货币市场和证券市场之间的通道，在为高水位的货币市场减压提高其资金利用效率的同时，为低水位的证券市场注入资金。2006年第2季度的中国银行行业分析报告显示，6月末，全部金融机构本外币各项存款余额为33.13 万亿元，存贷差额为10.32 万亿元，存贷比达67.6%。大量的流动性是银行系统急于发放贷款的内在动因。而证券公司方面存在对资金的大量需求，按照《管理办法》的要求，满足“近6个月净资本12亿元”要求的创新试点券商目前共13家，其净资本总和达到301.6亿元，按照《证券公司风险控制管理办法》（第二次征求意见稿）中关于“按对客户融资或融券规模的10％计提风险准备”的要求，这13家券商可开展融资或融券的规模达到3000亿元，可见，资金缺口或贷款空间是非常可观的。面对券商的融资需求和自身盈利的压力，银行业很容易在风险控制缺乏的情况下发放贷款，为证券市场注入资金，由此潜在的风险将会出现。
如何防范融资融券交易给银行业带来的潜在风险？我认为应加强商业银行的贷款流管理，从贷前、贷中、贷后三个环节入手，通过对信用额度、质押率及保证金比率的控制来防范风险。
一是贷前要做好券商的信用评级工作，严格控制证券公司的信用额度。要针对券商的特点，制定相应的内部评级体系，应将定性和定量因素相结合。在初期可考虑采用我国银行业常用的打分卡形式，比如在定性指标应注重审查以下事项：资产是否具有充足的流动性；其自营业务是否符合中国证监会规定的有关风险控制比率；是否已按中国证监会规定提取足额的交易风险准备金；在近一年内经营中未出现重大的违规违纪行为，现任高级管理人员和主要业务人员无任何重大不良记录；上一年度公司经营正常，未发生经营性亏损；未挪用客户交易结算资金，在定量方面应着重审查近几年的财务数据。商业银行可根据对证券公司的信用评级结果来计算其信用额度，也可以通过对资本净值比例的要求来实现对证券公司的信用额度的控制，取两者中的较小值。
二是贷中要建立债项评级体系，加大审查力度。着重审查用于抵押的证券是否具有进行融资融券交易的资格以及借款人资信状况。不同证券的质量和价格波动性差异很大，将直接影响到信用交易的风险水平，因此并不是所有的证券都适合作融资融券交易，而应对其资格进行认定，并将认定标准成文化，作为贷前审批的重要依据。比如在把巴塞尔新资本协议中就明确提出对重要指数股票和未纳入指数的股票应采用不同的质押折算系数，银行应根据具体贷款业务确定适当的质押比率来计算未来可能的违约损失，从而加强风险管理。
第三，贷后加强监控工作。一是制定融资融券的保证金比率方案，可根据证券机构对投资者的相应要求参考制定；二是注意防止出现质押的股票脱离银行的控制，被质押人转让出去的风险。
总之，融资融券是我国金融市场改革的一件大事，它将打破金融市场的割裂状态，打通资本市场与货币市场的壁垒，让资金在各市场间顺畅流通，提高资金的使用效率。相对于货币市场充裕的资金和极低的收益率水平而言，资本市场的吸引力无疑是巨大的。如果银行业能建立相应的风险管理体系，并做到有效控制潜在的风险，必将能在融资融券这一新的证券市场交易制度的运行中受益和获得发展的机遇。