WTO的部长级会议是世贸组织的最高决策权力机构，一般两年举行一次会议，讨论和决定涉及世贸组织职能的所有重要问题，并采取行动，是多边贸易谈判主要发起者，对经济全球化的推动有着举足轻重的作用。WTO决策过程是非常缺乏透明度的。即使像部长理事会这样的会议，大多数发展中国家的贸易部长也最终的决策会议之外。在1999年10月日内瓦讨论西雅图会议的日程时，只有20个国家的部长被邀请参加（Thanh,2000）.

部长级会议下设总理事会和秘书处，负责世贸组织日常会议和工作。众所周知，WTO组织内仅有200位职员，而且大部分是各国的贸易律师和经济学家。在乌拉圭回合开始时，有65个发展中国家属于GATT/WTO的成员，其中20个国家在日内瓦没有代表团（Finger，Schuler,1999）。除了定期的多边贸易谈判之外，WTO日常还有众多的专业工作组谈判。很多发展中国家更无力参与此类谈判。例如，1996年WTO举行了2340次正式会议，有30个发展中国家无力派代表到日内瓦参加这些会议。相比之下，美国在日内瓦有250名谈判代表，这还不包括临时与会的专家。由于现在的WTO任然缺乏一个宪法式的法律体制，任然依靠GATT创立以来的双边谈判机制（现在的部长级会议）来制定新一轮贸易发展的政策。

与世界银行和国际货币基金不同，世界贸易组织没有一个执行局或者一个由一些成员组成的董事会这些执行董事会通过将讨论集中控制在小型但具有代表性的范围内以使决策过程便利化。世贸组织有它自己一系列正式或者非正式的决策程序。这些决策在原则上说，任何一个成员可以通过投反对票而使决策无效。在实际中，投票很少发生，这导致了对为协商一致而进行的正式和非正式的磋商的重视。这就需要现在世贸组织的150位成员进行磋商协调，最后达成一个能够“满足”所有成员的利益与要求。在每一次进行的部长级会议上，要想通过对每件事征求每一个“部长”的意见来进行磋商或者举行任何一类实质上的推动多边谈判进程的活动变得非常困难。这样，所有成员都成员都有代表的最终决策机构――总理事会以及各分支机构和委员会频频会晤，非正式磋商则更加频繁。当对世贸组织整体非常重要的问题需要磋商的时候，通常牵涉到总干事和一个较小的包括主要发达和发展中贸易国的成员小组以及其他被认为能代表其他成员国观点的代表。在世贸组织的历史上，出现过“绿室小组”，“18国磋商组”等非正式磋商形式。这些非正式磋商形式的形成，在一定的历史时期，对世贸组织的多边贸易谈判，有着积极的推动作用，但是现阶段却造成了在一些利益相关国家组成国家集团。在现阶段在某些谈判问题上，国家集团的出现和异常的“坚持自己的立场”，造成世贸组织的多边贸易谈判陷入停滞时期。这就是世界贸易组织的组织缺陷。

自从乌拉圭回合启动以来，在世贸组织的多边贸易谈判中，阻力最大的是农业问题，农业谈判问题中是各个不同的国家集团在谈判桌上“博弈”的过程，就是由于不同利益和立场的国家集团的存在，如美国，欧盟，G20，凯恩斯集团等的存在，才大大阻碍世贸组织的多边谈判的进行。新一轮农业谈判内容主要涉及到市场准入，国内支持和出口竞争三大议题，谈判的目的是要大幅度削减乃至消除各种形式的出口补贴，大幅度削减具有贸易扭曲作用的国内支持，大幅度扩大农产品市场准入，以建立一个市场导向的，公平的世界贸易体系。然而重启谈判以后，尽管各主要谈判方都表达了推动谈判的政治意愿，但基本立场没有重大变化，在国内支持和出口竞争上已经基本达成共识，但是在市场准入上，各方分歧任然很大，主要体现在关税削减公式上。美欧都支持混合公式削减关税，认为由于分层公式不受欢迎，2003年坎昆部长会议前支持瑞士公式和支持乌拉圭回合公式的两大阵营相互妥协，推出了混合公式，美欧强调混合公式在提高市场准入的同时，其灵活性有效解决了成员对敏感产品的关切，但是美欧又在其他一些细节上出现分歧，在取消出口补贴时间和方式上，“黄箱”，“绿箱”，“篮箱”上的具体做法也不同等等；G20和凯恩斯集团则支持分层公式削减关税，认为混合公式有利于那些存在关税高峰且关税离散度较高的发达成员；SP协调组非洲集团强调给予发展中成员特殊差别待遇，认为混合公式既不能解决发达成员关税高峰，提高市场准入，又不能解决发展中成员通过关税对农业的保护；G10强调减让模式应当考虑各国农业的多样性，支持采用乌拉圭回合公式削减关税，认为混合公式和分层公式对其关税削减将是灾难性的，提出不管那种方式，都要继续维持其现有的高关税。在最近举行的香港会因上发表的香港宣言说，部长们同意制定详细的发展模式，该模式将确保２０１３年底前平行取消各种形式的出口补贴、以及与出口补贴具有同等效果的支持出口措施。发展中成员和美国等发达成员要求，2001年取消农产品出口补贴，欧盟则一直不愿意为此设定时间表。经过艰苦谈判，欧盟在香港会议最后时刻同意２０１３年底前取消农产品出口补贴。但是各方任然存在很多的分歧，想要继续推动。