一、关于君与民、国与民的关系
君与民、国与民的关系，几乎是诸多社会科学理论研究的起点。在有关黄宗羲的章节中，蔡元培先生谈到了这一关系：周以上，言君民之关系者，周公建洛邑曰：“有德易以兴，无德易以亡。”孟子曰：“民为贵，社稷次之，君为轻。”言君臣之关系者，晏平仲曰：“君为社稷死亡则死亡之，若为己死而为己亡，非其所昵，谁敢任之。”孟子曰：“贵成之卿，谏而不听，则易昵，易姓之卿，谏而不听，则去之。”其义皆与西洋政体不甚相远。
即蔡先生认为，起码在孟子之前，关于政体问题中西差别不大。但后世接越来越走偏了：
自荀卿、韩非，有极端尊君权之说，而为秦汉所采用，古义渐失。至韩愈作《原道》，遂曰：“君者，出令者也。臣者，行君之令而致之于民者也。民者，出粟米丝麻作器皿通货财以事其上者也。”其推文王之意以作羑里操，曰：“臣罪当诛兮，天王圣明。”皆与古义不合。自唐以后，亦无有据古义以正之者，正之者自梨洲始。蔡先生认为，黄宗羲的《原君》才真正回归了“古义”，且“在今日国家学学说既由泰西输入，君臣之原理，如梨洲所论者，固已为人之所共晓。然在当日，则不得不推为特识矣。”
关于君与民及国与民关系，蔡先生在关于商鞅的一章中对所谓“极端尊君权之说”做了较多介绍。蔡先生说，“商君之革新主义，以国家为主体，即以人民对于国家之公德为无上之道德。而凡袭私德之名号，以间接致害于国家者，皆竭力排斥之。”“商君者，以人类为惟有营私背公之性质，非以国家无上之威权，逆其性而追压之，则不能一其心力以集合为国家。故务在以刑齐民，而以赏为刑之附庸。”
因为这些原因，蔡先生评价商鞅说：“商君，政治家也，其主义在以国家之威权裁制各人。故其言道德也，专尚公德，以为法律之补助，而持之己甚，几不留各人自由之余地。又其观察人性，专以趋恶之一方面为断，故尚刑而非乐，与管子之所谓令顺民心者相反。此则其天资刻薄之结果，而所以不免为道德界之罪人也。”
二、齐鲁文化之别
蔡先生此著作着重谈伦理学思想，极少提到春秋战国时期国家的具体情况，所以在写管子及其思想渊源时提到齐鲁两国的文化差异，就十分生动有趣。周期兴起时，辅助周武王的有十位大臣，而以周公旦、太公望为首选。这两个人，论脾气秉性喜好什么的不大一样，周公守圣贤之态度，好古尚文，以道德为政治之本；太公挟豪杰之作用，长法兵，用权谋。所以，周公封鲁和太公封齐之后，采取的管理模式差异较大，两国的政俗也“大有径庭”。
蔡先生提到《史记》的相关记载：“太公之就国也，道宿行迟，逆旅人曰：‘吾闻之时难得而易失，客寝甚安，殆非就国者也。’太公闻之，夜衣而行，黎明至国。菜侯来伐，争营丘。太公至国，修政，因其俗，简其礼，通工商之业，便鱼盐之利，人民多归之，五月而报政。周公曰：“何疾也？”曰：‘吾简君臣之礼，而从其俗之为也。’鲁公伯禽，受封之鲁，三年而后报政。周公曰：何退也？伯禽曰日：“变其俗，革其礼，丧三年而除之，故迟。周公叹曰：“呜呼！鲁其北面事齐矣。”可见周公真的有先见之明，后来的鲁国就是一直受齐国的气。时至今日，古齐国区域的发展水平也远高于古鲁国区域，不知是否与此有关。
因此看，鲁以“亲亲上思”为施政之主义，而齐国以“尊贤上功”为立法之精神，其价值观有较大差异。也可大体说，鲁国持道德说，而齐国持功利说。这样的政治模式，历代相传，慢慢形成了一种固有的文化模式，蔡先生认为，“学者不能不受其影响”。
三、先秦诸子思想之相互演化
后世研究先秦诸子思想的人，往往容易将诸子的思想极端化，认为他们之间相互抵牾甚至格格不入。其实细看和深究诸子思想，他们之间也有不少相互借鉴、相互演化之处。蔡先生的书中，关于诸子思想的相互借鉴与冲突，说的也比较多。
先说管子。在论管子时，蔡先生认为管子学说之起源“所以不同于儒家者，历史、地理，皆与有其影响”。而上述齐文化的演进，使得管子学说之行于齐，“岂偶然耶”！
管子出道最早，比老子还要大150多岁。蔡先生认为，“管子之所谓至治”，“纯然以固结其人民使不愧为国家之分子者也”：“人人相和陸，少相居，长相游，祭祀相福，死哀相恤，居处相乐，入则务本疾作以满仓廪，出则尽节死敌以安社稷，坟然如一父之儿，一家之实。”这样一种理想，是在是值得称赞的。那么，怎样“固结其人民”呢？管子认为最重要的是“养其道德”。而如何培养道德？管子没有像后世的儒家那样提倡教化主义和要求统治者“施仁政”，而是认为“人民之所以不道德，非徒失教之故，而物质之匮乏，实为其大原因。欲教之，必先富之。”故曰：“仓廪实而知礼节，衣食足而知荣辱。”又曰：“治国之道，必先富民。民富易治，民贫难治。何以知其然也？民富则安乡重家，而敬上畏罪，故易治。民贫则反之，故难治。故治国常富，而乱国常贫。”
由此蔡先生评价说，“管子之书，于道德起源及其实行之方法，均未遑及。然其所抉道德与生计之关系，则于伦理学界有重大之价值者也。”这的确是伦理学的重大价值，也是在儒家的虚伪嘴脸和法家的丑陋嘴脸之外，尚有一点令我们自豪的地方。
蔡先生认为，管子思想被后世诸多思想家所采用。比如，儒家的“孟子虽鄙夷管子，而袭其道德生计相关之说”。又如，“荀子之法治主义，亦宗之”。商鞅的老师鲁人尸佼也说“义必利，虽桀纣犹知义之必利也。”再往后的法家也是如此，“循管子之主义，随时势而发展，李悝之于魏，商鞅之于秦，是也。李悝尽地力，商鞅励农战，皆以富强为的，破周代好古右文之习惯者也。而商君以法律为全能，法家之名，由是立。”而管子的思想“化合于道家之说者”，确是一个新视角，蔡先生举例说，“申不害之徒也。其主义君无为而臣务功利，是为术家。申子郑之遗臣，而仕于韩。郑与楚邻也。”由此观之，管仲非儒非法，亦儒亦法，倒成了后世的思想宝库。
再看老子。蔡先生对老子的评价不太高，认为“世有不道德而后以道德救之，犹人有疾病而以医药疗之，其理诚然。然因是而遂谓道德为不道徳之原因，则犹以医药为疾病之原因倒因而为果矣。老子之论道德也，盖如此。”为了说明这一观点，他举了以下例子：
老子说：“古之善为道者非以明民，将以愚之。民之难治，以其智多。以智治国，国之贼，不以智治国，国之福。”又曰：“绝圣弃智，民利百倍；绝仁弃义，民复孝慈；绝巧弃利，盗贼无有。”“天下多忌讳而民弥贫，民利益多，国家滋昏，人多伎巧，奇物滋起，法令滋彰，盗贼多有。”
蔡先生说，人世间的道德法令，的确有“纠扰苛苦”，“转足为不道德之媒介者”的，但是“老子有激于此，遂谓废弃道德，即可臻于至治，则不得不谓之谬误矣。”因次蔡先生评价说：“老子既主无为之治，是以斥礼乐，非政、恶甲兵，甚且绝学而弃智。由是观之，老子固精于处世之法者。彼自立于齐同美恶之地位，而以至巧之策处理世界。俄虽斥智慧为废物，而于相对界，不得不巧施其智慧。”因为这个缘故，蔡先生认为，老子的道家思想成为后世法家的源流之一——“此其所以为权谋术数所自出，而后世法术家皆奉为先河。”
从思想内涵看，法家在历史上能成事，是迎合了竞争的需要。同时仔细研究我们也得承认，法家对人性及管理思想的理解，的确有高于同时代各家之处。
蔡先生认为，法家有其比儒家迂腐思想合理的成分，比如商鞅认为，“有礼，有乐，有诗，有书，有善，有修，有孝，有悌，有廉，有辨，有是十者，其国必削而至亡”，蔡先生就认为，“其言虽若过激，然当日虚诬吊诡之道德，非摧陷而廓清之，诚不足以有为也。”就是说，比起儒家虚妄的道德说教，商鞅的这种认知有“廓清”之功。
韩非也是如此，“荀子言性恶，而商君之观察人性也，亦然。韩非子承荀、商之说，而以历史之事实证明之。”比如韩非谈到“信任”时认为：“人主之患在信人。信人者，被制于人。人臣之于其君也，非有骨肉之亲也，于势而不得不事之耳。故人臣者，窥觇其君之心，无须臾之休，而人主乃怠傲以处其上，此世之所以有劫君弑主也。人主太信其子，则奸臣得乘子以成其私，故李兑傅赵王，而饿主父。人主太信其妻，则奸臣得乘妻以成其利，故优施傅骊姬而杀中生，立奚齐。夫以妻之近，子之亲，犹不可信，则其余尚可信乎？如是，则信者，祸之基也。”蔡先生也认为，“人之自利也，循物竞争存之运会而发展，其势力之盛，无与敌者。同情诚道德之根本，而人群进化，未臻至善，欲恃道德以为成立社会之要素，辄不免为自利之风潮所摧荡。”
可惜的是，韩非对人性的认知高人一等，但其给出的“药方”却有违“古义”，秉承法家思想，完全走向了君主专制和国家主义的道路——“韩非子有见于此，故公言道德之无效，而以威势代之”。比如， “母之爱子也，倍于父，而父令之行于子也十于母。吏之于民也无爱，而其令之行于民也万于父母。父母积爱而令穷，吏用威严而民听，严爱之策可决矣。”又如，“仲尼，圣人也，以天下之大，而服从之者仅七十人。鲁哀公，下主也，南面为君，而境内之民无敢不臣者。今为说者，不知乘势，而务行仁义，是欲使人主为仲尼也。”由此，韩非子“以君主为有绝对之自由，君主以下，则一切人民，凡不范于法令之自由，皆严禁之。”基于此蔡先生评价说，韩非子袭商君之主义，而益详明其条理。其于儒家、道家之思想，虽稍稍有所采撷，然皆得其粗而遗其精。故韩非子者，虽有总三大思潮之观，而实商君之嫡系也。
而韩非最大的错误，蔡先生认为，“法律实以道德为根原，而彼乃以法律统摄道德，不复留有余地；且于人类所以集合社会，所以发生道理法律之理，漠不加察，乃以君主为法律道德之创造者。故其揭明公德，虽足以救儒家之弊，而自君主以外，无所谓自由。且为君主者以术驭吏，以刑齐民，日以心斗，以为社会谋旦夕之平和。然外界之平和，虽若可以强制，而内界之俶扰益甚。秦用其说，而民不聊生，所谓万能之君主，亦卒无以自全其身家，非偶然也。故韩非子之说，虽有可取，而其根本主义，则直不容于伦理界者也。”
由蔡先生批判韩非的观点，我们可以稍加延伸，即先秦诸子尽管在思想上各擅其胜，但其共同的缺陷，还是我们在第一部分中说到的，其立论的依据出现了根本性问题，即把天下人的天下，变成了一家人的天下。在此基础上，诸子所有的“思想”，都是围绕如何确保“家天下”，其悖谬自然在所难免！
四、后世儒家之脉络
在评价二程时蔡先生认为，伊川（程颐）与明道（程颢），“虽为兄弟，而明道温厚，伊川严正，其性质较然不同。故其所持之主义，遂不能一致。”所以，他认为“盖明道者，粹然孟子学派；伊川者，虽亦依违孟学，而实荀子之学派也。其后由明道而递演之，则为象山、阳明；由伊川而递演之，则为晦庵。”也就是说，程颢上承孟子，下启陆象山、王阳明；而程颐上承荀子，下启朱熹。
后面在说到陆象山时蔡先生又进一步梳理：“大抵朱学于横渠、伊川，而陆、王毗干濂溪、明道；朱学毗于荀，陆、王毗于孟。”即朱熹上承张载（横渠）、程颐，而陆象山、王阳明上承二程的老师周敦颐、程颢。由此整理可知：一派是孟子—周敦颐—程颢—陆象山—王阳明；另一派是荀子—张载—程颐—朱熹。
值得一提的是，蔡先生于陆象山和王阳明等人着墨颇多，他认为“陆学近乎师心，而以其不胶成见，又常持物我同体、知行合一之义，乃转有以通情而达理，故常足以救朱学末流之弊也。惟陆学以思想自由之故，不免轶出本教之范围。”而王阳明的学说，“寻其本义，则其所以矫朱学末流之弊，促思想之自由，而励实践之勇力者，其功固昭然不可掩也。”这种评价已经很高了。
而“阳明之后，有王龙溪一派，遂昌言禅悦，递传而至李卓吾，则遂公言不以孔子之是非为为是非也，而卒遘焚书杀身之祸。自是陆、王之学，益为反对派所诟病，以其与吾族尊古之习惯不相投也。”
蔡先生认为，王阳明之后的王龙溪（王畿）之后再传至李贽（卓吾），成为中国自由主义者的先驱。熟悉王阳明和李贽思想的人，都会明白他们思想的核心其实与传统儒家已渐行渐远。尤其是李贽，说他是一个启蒙者一点都不为过，而看看今日被玩弄于股掌之上“致良知”的王阳明先生，着实令人汗颜。
当然，囿于“家天下”的统治模式和儒家“定于一尊”的霸权地位，我们不可对古代的思想评价得过高。正如蔡先生所说，“要而论之，我国伦理学说，以先秦为极盛，与西洋学说之滥觞于希腊无异。顾西洋学说，则与时俱进，虽希腊古义，尚为不（示兆）之宗，而要之后出者之繁博而精核，则迥非古人所及矣。而我国学说，则自汉以后，虽亦思想家辈出，而自清谈家之浅薄利己论外，虽亦多出人佛老，而其大旨不能出儒家之范围。”而且蔡先生认为，由于没有自然科学、伦理学、政治学、宗教学及“异国之学说以相比较”，所以，“此其所以自汉以来，历二千年，而学说之进步仅仅也。”