一、食品饮用水处理
饮用水的国际标准为细菌总个数、大肠菌群均为零，西方欧美等国都执行这一标准，所以自来水供水公司的臭氧水处理产品应用十分普遍。我国因处发展中，经济上相对落后，饮用水的国家卫生标准为细菌总个数为<100个，大肠菌群<3，而且大多采用漂白粉、加氯和近几年推广的二氧化氯及次氯酸钠发生设备消毒。因为氯消毒会产生氯的衍生物造成二次污染，其中三卤甲烷是直接致癌物质，在欧美的饮用水处理上已逐步淘汰。就目前的国内臭氧发生器价格来说，与二氧化氯、次氯酸钠价格差不多，甚至还低，只是人们的认识水平和设备更新缺乏资金，尚有一个过程。
饮用水的处理在使用臭氧设备时，臭氧的投加量一般在1-3mg/L，接触时间10-15min即可，可作为选型时根据用水量计算参考。 《生活饮用水卫生标准》（GB5749-2006）按照《食品企业通用卫生规范》（GB 14881—1994）的要求，食品生产用水（冰），必须符合《生活饮用水卫生标准》（GB 5749－2006）。
二、游泳池水处理
国际比赛游泳池几乎都是采用臭氧技术处理，我国的游泳用水标准要求细菌个数1000个，大肠菌群<100个浊度<5，目前主要采用加氯、漂白粉、硫酸铜等消杀手段，在水质达标的同时，又造成二次污染，造成使水质扎眼，刺激皮肤等恶果，特别是液氯使用中潜在威胁很大，一旦泄漏会造成大面积中毒污染，使用中使人提心吊胆。臭氧技术在水质达标的情况下，完全没有以上缺陷，臭氧化水还可消杀体菌以美容，更为经济的是使用中减少或取消了药物消耗，成本降低，水质保质期得以延长，是一笔不小的节约开支。
游泳池水的臭氧处理技术与饮用水处理基本相同，其普及应用有待于经济和认知水平的提高。需要掌握的是，使用臭氧后，室内游泳池基本不用药物辅助，露天游泳池在高温下可能会使部分藻类生长，这是因为臭氧虽然有灭藻功能，但藻类品种繁多，不可能全部杀灭，这种情况一般出现在太阳光强烈的持续高温天气，此时配用少许硫酸铜即可。
三、养殖水处理
养殖水因富含有机物，水质很容易出问题，细菌病毒鱼虾类的细菌传播也十分猖狂，近几年沿海诸多养虾池绝产和大量荒废正是因此形成。
臭氧在养殖水处理中，除了灭菌和抑制病毒菌对鱼虾的感染、传播外，还可以分解有机物，去除COD、BOD物质，又因其助凝作用，对改善水质是一项良好的措施。近几年水质污染严重，污染水对鱼类造成疾病和大批死亡屡见不鲜，而臭氧能消杀NH3、SO2及赤潮毒素等，有害物质，这说明臭氧技术对养殖业推广是多么重要。
臭氧处理养殖水，对鱼塘鱼类可增产30%以上，对虾池虾类可增产60%以上，对鱼虾蟹苗的对比试验，成活率均提高90%多，养殖水使用臭氧，一般对已造成危害的病毒菌水，臭氧注入浓度达0.5-1.2mg/L就可全部杀死水中细菌，如果作为预防性作用，0.5-0.7mg/L就足够。
四、复合化臭氧水处理
尽管臭氧具有极强的氧化性，但也有一定的局限性，臭氧并不是万能的。在污水处理中，对于某些有机物或中间产物，臭氧（特别浓度低时）很难将其氧化和去除。这又要回溯到臭氧的氧化、灭菌、脱色、除味四种基本功能上来，所以对于一些复合化水的处理，臭氧作为一个重要环节是有效的，复杂污水配用生化法、光催化法或药物辅助都是必要的。即使饮用。