相比之下，钱龙锡的运气还算是好的。在他之后，有两位内阁大学士，薛国观和周延儒，被崇祯帝杀掉了，而且罪名都相当含混。明末的一位遗民在论及此时事说：“使其当日近韩城、宜兴之间，复有余生哉？乃知人主用法以渐而手滑也。”韩城、宜兴分别指薛国观和周延儒，到崇祯帝统治的后期，他杀大臣已经杀得手顺了，即使是首辅也难逃厄运，而钱龙锡的事件发生在早期，因而保全了性命。
在处理钱龙锡的同时，崇祯帝对内阁的其他人员也进行了大换班。崇祯3年（1630）正月，首辅韩爌离职还乡，原因是许多人对他同袁崇焕的关系以及在己巳之警中举措失当进行纠劾。三月，接替韩爌任首辅的李标在多次请求去职养病后终于得到批准，也离开了内阁。这样，崇祯帝第一期枚卜建立的内阁已经再没有一个人留任了，同时亲东林的势力也在内阁中大大削弱。补充进来的人员都是崇祯帝自己选择，自己任命的，叫做“特简”。这从理论上讲是皇帝的特权，却不符合百年来的传统法则，朝臣们对皇帝不经过会推就自行任命大学士意见很大，认为这样做既侵夺了朝臣应有的权利，又伤害了朝臣的体面。
但崇祯帝坚持我行我素，最初是在崇祯2年（1629）末简任了成基命，不久又以周延儒、礼部尚书何如宠、礼部尚书协理詹事府事钱象坤3人为礼部尚书兼东阁大学士，参预机务。3人中以周延儒的资历最浅、职务最低，但在入阁的顺序中却处在第一位，这表明崇祯帝对于周延儒还是情有独钟的。到崇祯3年（1630）的九月，在内阁中位居周延儒之前的成基命退休，才40岁出头的周延儒终于成为明代历史上最年轻的首辅之一。在此前的六月，温体仁和另一位有礼部尚书衔的吴宗达也一起进入了内阁。当初受到东林排挤却被崇祯帝赏识的周延儒和温体仁都进入了中枢机构，说明皇帝的权力毕竟是高于一切的。
东林党人为自己实力的受挫进行过几次反击，但效果不大。崇祯3年（1630）五月，东林骨干文震孟上疏攻击吏部尚书王永光，说他网罗一批阉党余孽，想要借着举荐边防人才来翻“逆案”，并且打击正人君子。给事中许誉卿等人也集中火力猛攻王永光。不久后，更有人放风说，王永光等人想要以袁崇焕事件为口实，定立另一个“逆案”，把一批东林人士都牵连进去，以抵消原先阉党的“逆案”。东林党人把矛头对准王永光，是因为王永光在魏忠贤时期曾任过兵部尚书，现在又是百僚之长，是唯一一个在天启后期和崇祯初年都身居要害位置的人物，因而也可以说是旧既得利益集团理所当然的领袖人物。此外，这个王永光早在万历年间就同东林党人意见不合，也是东林的老对头了。但此时王永光并没有被东林抓到什么真正的把柄，而崇祯帝对东林的一切说法本来疑心重重，因此这次攻势毫无成效。
六月，东林中的著名理论家，大理学家刘宗周上疏，提出：“刑罚宜当宜平”，“赋敛宜缓宜轻”。并针对朋党问题，批评崇祯帝任命辅臣，不经会推，都是出自特简。结果朋党更盛，当政者一意驱除异己，不惜构成大狱，造成天下土崩瓦解之势。刘宗周的奏章是连皇帝带辅臣一起攻击的，因而崇祯帝不高兴，周延儒、温体仁之流也很愤怒。于是君臣联手，拟旨苛责。刘宗周当时正任顺天府尹，就是首都特别行政区的首席长官，是个很重要的职位，他见到东林大势已去，自己又不受天子信任，只好告病引退。这以后，东林在朝中的势力更加微弱，东林派与非东林派之间的恶斗也暂时趋于平静。后来的很长一段时间里，东林党人尽管在朝中还保持着一定的实力，也掀起过几次小小波澜，但总起来讲很不得意。这种情况直到崇祯14年（1641）才再次发生变化。
崇祯帝很为自己能在朝中压抑住东林的势力，平息由东林挑起的党争而得意。但在东林被抑制之后，朝中的党争却并没有像他所希望的那样就此消失得干干净净。在东林以外的各式各样的朋党、帮派、小集团，为了各自的利益争夺得同样剑拔弩张，如火如荼。早在天启中年，一位老资格的政治家，首辅叶向高就曾经说过：“去河北贼易，去朝中朋党难。要其病根所在，只是争官竞进，一意牢不可破。”一语道破了朋党的根子在于“争官竞进”，也就是不论如何朋，如何党，其实最终目的还是在于作大官、掌大权，维护自己一小个集团的利益。按照明代官场面子上的说法，争官争权是不大道德的一种行为，所以才会有受命后再三推辞的成例。主管官员升迁的吏部大堂上也有一副对联：“功名身外事，大就何妨，小就何妨；富贵眼前花，早开也得，晚开也得。”就是劝大家要想开点。但士大夫一辈子就是为了做官、作高官而活着的，哪能不争不竞？因此在抑制了东林的势力之后，朝中的各派势力“争官竞进”的斗争并没有完结，因而朋党之争也就不会有宁日。而且，这些小家子气实足的朋党之争更纷杂，更琐屑，也更加混乱不堪。
崇祯4年（1631）初，东林与非东林的争执才平静了不到半年时间，分别主管着文职官员的考察、选拔、任用和武职官员的考察、选拔、任用的吏部与兵部两部的尚书，就为了各自的权势展开了一场恶斗。
如前所述，此时任兵部尚书的梁廷栋是在己巳围城时期被紧急提拔起来的新进官僚，仅两个月功夫就由一个地方官吏晋升为朝中显赫的大臣。梁廷栋的飞速提升一方面是由于他的运气好，另一方面也确实是因为他在具体安排各路援兵的驻防、调配和应付突变局面的时候比较有章法，能力显然要比朝中那些老资格的正统官僚要强。崇祯帝明显感到这个人才难得，才在危急时刻破格任用。在军情紧急的时候，其他的朝官们也只好眼看着梁廷栋一步登天，但形势一旦和缓了，就有许多人对他生出无限的嫉妒。有人上疏说他“监司（道员）之才有余，枢府（兵部）之才不足”，指斥他的这个差错那个失误；有人甚至就公然说，“廷栋数月前一监司耳，倏而为巡抚、总督、本兵（兵部尚书），国士之遇，宜何如报？”似乎他既然受到这样的国士之待遇，对他怎样要求都不能算高。幸好崇祯在这件事上很有主见，认为在一片大乱中能把局势维持成这样已经不错了，对梁廷栋仍然很信任。
在朝中代表着正统官僚，对梁廷栋很看不上眼的，就有吏部尚书王永光。王永光是万历20年（1592）的进士，在朝官中资格第一；早在天启初年就作过尚书，当高级重臣的历史在朝中也数第一。他作为旧既得利益集团的代表人物，对突飞猛进步入高层的新贵自然有些不以为然，那些交章攻劾梁廷栋的言官和下级官员们也很有一些是他的死党。梁廷栋对此看得很清楚，一时性起，决心要同这位朝中大老斗一斗。这也同他自己的野心有关，因为作了兵部尚书之后，他的眼光又瞄向了吏部尚书——那才是真正的百僚之首，而只有把王永光排挤掉之后，正在受到万岁青睐的梁廷栋才有可能攀登上那个最高的位置。
崇祯4年（1631）二月，梁廷栋利用同兵部有关的一件行贿案参劾了御史袁弘勋和锦衣卫指挥张道浚，得旨“俱革职提问”。袁弘勋和张道浚两个人都是王永光的心腹死党，这个贿赂案件因而也牵连上了王永光。立即有人弹劾王永光贪赃受贿，举用非人。由于王永光为官清廉是很有些名气的，崇祯帝一时也不相信对他的这些指控，但梁廷栋同样是自己信任的人，因而又有些半信半疑。这时候，内阁中两位起主导作用的大学士周延儒和温体仁的意见就举足轻重了。
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