“三农问题”是农业、农村和农民的问题，是一个居住地域、从事行业和主体身份三位一体的问题，但三者测重点不一，必须一体化地考虑以上三个问题。中国作为一个农业大国，“三农”问题关系到国民素质、经济发展，关系到社会稳定、国家富强。“三农问题”不仅是我国过去难题，现在难题，将来难题，也是第三世界难题。
农业问题，主要是农业产业化的问题。市场经济是以市场为导向、根据市场配置资源的经济形态，农业的购销体制不畅是农业不能快速发展的一个重要原因。常常听到农民兄弟抱怨种了东西卖不出去或卖得过于低廉，根子在没有遵循市场规律。产供销形成一条龙是当前农业在市场经济中大有作为的一着好棋，党和政府在创设“产―供―销”链条的活动中起着关键作用。农业产业化的另一个问题是中国农业目前基本上属于自给自足的小农经济，没有形成规模经济。加入世贸组织后，如何应对国外的集约型农业的挑战？这将是中国作为一个农业大国面临的严峻问题。从现在看来，目前中国应在解放剩余劳动力的同时，通过加快农业机械化提高农业劳动生产率，抛弃小农经济的自给自足，迎接入世挑战。
农村问题，目前突出表现的一个问题是户籍制度改革。以往户籍制度将城乡予以二元分割，形成了城乡之间经济发展、文化水平的较大差异。这种户籍制度在计划经济体制下是自上而下行政管理的必要，在建设社会主义市场经济的今天已经受到理论界的一致质疑。目前，各地兴起的户籍制度改革纷纷向这种不合理的制度“开刀”，希望能够借此进一步解放农村剩余劳动力。但需要前瞻的是：户籍制度改革以后，解放的剩余劳动力如果得不到合理的安置和疏导，形成的移民潮会给社会治安造成相当大的压力。因此，城市化的步骤需要控制，小城镇是消解城乡二元对立、改革户籍制度的必要配套措施。
农民问题，可以分为素质、减负增收、效率和强度四个问题。
农民素质问题，主要是指文化素质。据统计，截至2000年底中国义务教育即普九中人口覆盖率达到85％，在普九未能覆盖人口中，农村人口占大多数。同时，计划生育政策在农村也受到一定抵制，在“放一只羊是放，放一群羊也是放”的错误观念指导下形成的便是“越穷越生，越生越穷”的恶性循环。十年树木，百年树人。如果没有一定文化素质的国民如何与强国竞争？因此，提高农民素质是富民强国的重要举措。
农民问题的另一个重大问题是减负增收问题。党中央国务院再三强调要减轻农民负担，但个别地方“有令不行，有禁不止”——农民负担照原样，引发农民抗交国税和集体上访等事件发生。农民负担重直接影响农民收入的增加，农民负担重的一个重要原因是：政府改革力度不够，目前还有些地方政府部门仍是“管事的人不多，吃饭的人不少”。因此，减轻农民负担首先应该考虑加大力度进行机构调整，减员增效，把农民增收放在第一位。
如何让农民增收问题很重要，农民没有任何自己有效机构保障劳有所得，农民的农产品价格定位处于市场波动中，农产品价格与农民劳动价值严重背离，很多农产品价格没有完全包含农民的成本，一般仅仅体现农民的劳动成本和生产资料成本，在价格体系中农民的农产品价格一直处于弱势地位，农民的教育成本、子女抚养成本、医疗成本、养老成本、住房成本等往往都被价格认定所忽视，富裕的农民可以说没有一个是依靠真正种地发家致富的，主要依靠经商办企业、多种经济、土地或房屋出让、资源转让或外出务工等。
提高农民的劳动效率和降低农民劳动强度是解决“三农问题”的关键。当前农民劳动效率低下和劳动强度高是“三农问题”难以解决的关键。农民“脸朝黄土背朝天”劳动一年很多仅仅能解决温饱或温饱都难于解决。要提高农民劳动效率和减低农民劳动强度的关键是农业科学技术现代化机械化自动化与产业化。农业科学技术现代化自动化需要国家对农业科技的投资和科学技术研究开发。
农业问题，主要是农业产业化的问题。市场经济是以市场为导向、根据市场配置资源的经济形态，农业的购销体制不畅是农业不能快速发展的一个重要原因。常常听到农民兄弟抱怨种了东西卖不出去或卖得过于低廉，根子在没有遵循市场规律。只有产业化企业化农业才有能力开辟销售线路，才能形成产供销一条龙，产供销形成一条龙是当前农业在市场经济中大有作为的一着好棋，只有农业企业化产业化才能形成产供销一条龙集约化，农业才有出路,否则农业只能停留小农经济，永远成为中国难题和困惑。
农业产业化企业化是随着农业科学技术现代化自动化紧密联系的，也只有实现农业现代化自动化产业化企业化才能实现农民向农业产业化工人的转变，才能提高农民的劳动效率和降低农民劳动强度，解决“三农问题”。
中国是一个农业大国，农村人口接近9亿，占全国人口70％；农业人口达7亿人，占产业总人口的50.1％。“三农”问题的解决必须考虑农业自身的体系化发展，还必须考虑三大产业之间的协调发展。“三农”问题的解决关系重大，不仅是农民兄弟的切盼，也是目前党和政府的大事。
解决“三农问题”一是要发展农业科技，改善农业环境，提高农业效率，降低农民劳动强度；二是建立农民协会组织，政府建立农产品价格体系考核制度是农民增产增收的保证；三是农业产业化（山地经济林业、绿化林、自然林、果园等）企业与农业科学研究建立桥梁联姻；四是建立农民与城镇市民互动机制，建立联合发展农业企业的机制和桥梁,农民以地为资本与城市工人技术和资金为资本开办农业产业化企业，农业产业化企业采用工资制与企业红利制度结合。