物化处理法通常情况下是用于高含量或生化性较差制药废水的预处理，也可用于后续的深度处理。主要的物理化学处理方法有混凝、吸附、气浮、离子交换及膜分离法等。混凝是目前比较成熟的一项废水处理技术，通常作为预处理工艺。苏焱顺等采用混凝沉淀工艺预处理某制药企业中高含量制药废水，COD 的去除率可达到40%以上。魏新渝等对Osmonics 的DK 和DL 纳滤膜深度处理抗生素制药废水的效果进行试验研究，结果表明，在相同条件下，DK 膜的通量随时间的下降幅度较小，截留率较大；随着溶质含量或溶液温度的升高，纳滤膜的通量下降幅度增大，截留率增大。膜分离技术可精细到分子水平，在污染物分离过程中无需添加任何药剂，且无任何相变，在制药废水深度处理方面有很大的发展空间。周瑜等研究ABR-MBR 联合工艺处理高含量制药废水，进水COD为2 500 mg/L 左右，可生化性差，出水水质达标。Dolar D 等研究了混凝- 微滤预处理后采用反渗透和纳滤处理制药废水，出水效果很好，污染物去除率基本达到100%，并成功进行了膜清洗。