1 制药废水当中的有机污染物浓度很高制药废水中含有很多在生产过程中不能完全反应的原料，例如发酵残余基质及营养物，溶剂萃取余液及染菌倒罐废液这些，同时还有大量的副产物。而且，也会有小部分的制药成品随着废水一起流出来。
2 制药废水当中有很多难以降解的物质和药物成分难以降解的物质不仅难以降解，还带有有毒物质，而且在制药废水当中还有很多没处理干净的药物成分，比如一些有机溶剂、抗生素等。这些没处理干净的药物大多都很难被降解，并且要是这些残留物达到一定的浓度后，对微生物也会有一些坏的影响。同时，这些残留的物质会杀死微生物，在生化处理这一环节，会带来很大问题。
3 制药废水的色度高，异味重在制药的过程中，由于制药的需要，在生产过程中会有大量的化学品和植物作为制药的原材料，这些原材料在经过加工之后，会产生很大量的异味跟很深的色度，而且所产生的色度和异味，在经过普通的污水处理技术处理之后，更加难以除去，对环境的危害非常大。
4 制药废水含盐量很高由于生产不同的药物所需不同的原料，加工的工艺问题等，所以制药废水的组成十分复杂。制药废水的盐含量会非常高，含盐量高变回抑制微生物的产生，
在生化处理中，会使COD的除去效果大打折扣。会导致污泥膨胀，水面出现大量的气泡，微生物逐渐死亡。