在明末10位专责镇压农民起义的统帅中，洪承畴的军事和政治才能都是比较突出的。同陈奇瑜相比，洪承畴更有战略眼光，更有作战经验，在士大夫和将领中也更有威信。他也很年轻，出任五省总督的时候才42岁。应该说崇祯帝任用洪承畴为对付农民军的最高统帅，是一个正确的选择。

　　但在洪承畴刚刚接到任命，还没来得及做出任何部署的时候，陕西、湖广等地农民军又再次大举进入河南。给事中常自裕在奏报中说：“大小七十二营之贼，有二三十万之多，蜂屯伊、嵩、宛、洛之间。”这是农民战争再次由低潮转入高潮的标志，也确实触动了崇祯帝。他与廷臣商议，第一次决定从山海关等方面调集精兵，以便彻底消灭农民军。这是一次重大的军事行动，因而在崇祯8年（1635）正月用了差不多一个月的时间，至二十三日才最后确定，调集关宁及京营等各处精兵并各省兵力共72000人，饷银93万两。崇祯帝发出严令，“限六个月扫荡廓清。”

　　正当朝廷忙着制定军事计划的时候，河南的农民军却又席卷而东，向安徽（在明代属南京直隶）方面挺进了。正月十一日，一支农民军攻下了皖北重镇颍州（今阜阳），当地的贫苦农民群起响应。凤阳一带的贫民甚至跑到几百里以外邀请农民军，还向农民军提供情报，哪里有富户巨室，哪里无官军防守，讲得清清楚楚。凤阳被称作“中都”，是明王朝的“龙兴之地”，朱元璋的祖坟就在那里，政治地位十分突出。但为了风水上的原因，200多年来却从来没有修建城垣，承平日久，守备也很松懈。当地官员听说农民军入皖，慌手慌脚不知如何应付。农民军扫地王、太平王等部却以迅雷不及掩耳之势，在正月十五上元节这天突袭了凤阳。凤阳守军几千人勉强抵抗了一阵，大部被歼，剩下的全部投降，凤阳被农民军占领。这支农民军打起了“古元真龙皇帝”的旗号，放火烧了皇陵享殿和朱元璋出家当和尚时所居的龙兴寺，把朱家皇帝的祖坟也掘了一个大洞。3天以后，四处官军将至，农民军才从容撤离。

　　崇祯帝和他的大臣们二月十二日才得到凤阳失陷，祖陵被毁的消息，大为震惊。兵部尚书张凤翼又惊又怕，几乎晕倒过去；崇祯帝则是暴怒与悲愤交加。在那个时代，即使是一介草民让人挖了祖坟，也是既坏了风水又丢尽脸面的事情，要大动一番干戈，何况煌煌天子呢！因而朝臣们认为这件事是“君受辱，臣当死”，为“古今未有之奇变”。

　　闻到凶信这一天本来正是新春重开经筵的日子，一切准备都已就绪，但突然而至的噩耗打乱了原来的安排。崇祯帝命暂停经筵，自己换上了黑色的袍服，从乾清宫搬到偏殿，以示哀痛和对自己的惩罚。根据传统观念，国家有大灾变、大动乱，身为天子是要负主要责任的，崇祯帝对这“古今未有之奇变”必须有一个交待，有一个表示。通常的作法就是皇帝降低自己的生活质量，包括素服（不穿锦绣黄袍）、避殿（暂离正式寝宫）、减膳（降低伙食标准）、撤乐（停止宫廷音乐）等项。如果认为情况更为严重，皇帝还应该向上天和臣民公开检讨自己的失德和无道，就是所谓“下诏罪己”。这些举动有三个方面的功能：一是要通过自我批评来求得冥冥中昊天上帝的谅解，以重新邀得上天的宠眷；二是用严格的自律使君主本人深刻反省，以痛改前衍；三是通过皇帝的严以律己的精神使朝臣和天下百姓振作起来，共图复兴。

　　天下大乱多年不靖，祖陵又被捣毁，当然是一个极严重的事件，素服避殿等项措施是一定要有的，但对于是不是应该下诏罪己，崇祯帝却一时拿不定主意。他是一个自尊心极强又极为自以为是的人，对于在位8年以来国事日非的形势，他一直认为主要是朝臣负国造成的，而他自己则是兢兢业业，朝乾夕惕，精明干练，洞察一切，是本朝和历史上少有的英明之君。因此，不论是表面上还是在内心深处，他从来没有承认过自己做错了什么事情，从来没有进行过自我批评。而下诏罪己却是要通过最公开最隆重的方式向全体臣民表示自责，这对于妄自尊大惯了的崇祯帝，心理上是很难承受的。

　　为了帝国的利益，他确实想到过要发布罪己诏书，那至少能鼓舞一下天下士气。在刚刚听到凤阳失陷的消息时他向朝臣透露了这个意思，但颇为吞吞吐吐，只是笼统地说，“皇陵罹变，都是朕的不德所致，”没有正式提出罪己的事。朝臣们对于皇帝的性情已经很了解了，因而以内阁为首，五府六部及各衙门大臣公同上疏，为国家的不幸对皇帝表示慰问，同时也把一切责任揽到自己身上，痛加自责。由于有朝臣集体承担责任，崇祯帝心头的压力稍稍减轻了一点，下诏罪己的事也就暂且不提。

　　其他善后事宜还是要办的。二月十三日，就是接到坏消息后的第二天，他下令逮捕了负有守卫凤阳责任的漕运总督杨一鹏，因为漕督的驻地虽然远在淮安，却兼有巡抚凤阳等处的职务。同时被逮治的还有守陵太监杨泽和凤阳巡按御史吴振缨。不久以后，杨一鹏被斩首于西市，吴振缨远戍边卫，杨泽则自杀身亡。同时崇祯帝还命全体朝臣都改换布衣角带上朝，共同进行深刻反省。十四日，任命原山东巡抚朱大典为漕运总督兼凤阳巡抚，第一要务就是修复皇陵。二十四日，崇祯帝身着素服亲自到太庙向祖先祭告，流着眼泪向二祖列宗汇报了祖陵罹难的不幸。两天以后，又派驸马都尉王昺和太康伯张国纪代表自己到凤阳皇陵行祭慰之礼。

　　在这些应急的举措完成之后，他该静下心来思索一下造成如此惨痛事件的原因和今后重新振作的办法了。复兴的要点在于扭转军事局面，二三月间，崇祯帝采取了两个军事方面的步骤。一个是正着，即按照正月里制定的调兵集饷的作战计划，在以河南为中心的各省进行全面围剿。三月，洪承畴加升兵部尚书衔，以五省总督的身分率陕军出潼关进入河南，指挥各路官军以期决战。但善于流动作战的农民军见到官兵聚集中原，趁着洪承畴安排未定，又分股向西进入兵力空虚的陕西。洪承畴见到自己的根据地吃紧，只得又率部返回陕西。中原决战的计划落空。

　　崇祯帝的另一个步骤则属于奇着，就是加紧在京城组织太监操练内军。明末宦官总数达数万人，仅就人数上讲确是一支颇为可观的力量。魏忠贤专权时期为了炫耀自己的势力，开始选拔年轻力壮的宦官万余名，在皇城里分队操练。大小太监们舞刀弄棍，喧声震天，一时成为京城中的奇景。魏忠贤倒台后，宫中这支太监武装并没有被裁撤，但几年来已经名存实亡，不再演练了。此时中原边外军事形势逼人，崇祯帝异想天开，以为用这些宦官操练成军，不仅可以保卫京师，必要时还能出兵作战，既增加了兵援，又不用额外耗费军饷，实在是一个好主意。三月初，他命司礼太监主持，重新开始操练这支内军，很有些热火朝天。有个江南文士写诗挖苦此事：

　　　　天子宫中肄六韬，红妆小队舞蛮刀；

　　　　一闻炮火心惊战，昨日言官谏内操。

所谓“红妆小队”云云其实是诗人的臆测，内操的成员全是太监，并没有宫女，更没有宫眷。

　　朝臣们对此事颇不以为然。他们对于宦官参预正常的朝廷大政从来就极度敏感，而让太监们在京中组织成一支军队，更让他们有一种不祥之感。有些人直接指责了皇帝的这种作法，列举祖宗之制，说明从来没有这方面的制度，万历、天启年间虽然开过内操，但内庭弄兵，有伤天和，不久就出现了王恭厂火灾、朝天宫火灾这样的报应。他们希望皇帝解散内军，停止操练，“不要使兵戈舞弄于萧墙之内，火炮伏匿于肘腋之间”。崇祯帝对于朝臣的这些反对意见当然是全然不顾，内操也一直在进行，但这支由太监组成的内军却从来也没有真正起过作用。在王朝面临末日的时候，负责守卫京城的确实主要是这支太监军队，但他们根本没有抵抗，就打开城门向李自成投降了，跟着崇祯帝一起上吊，为他殉葬的只有一个贴身的太监王承恩。

　　在加强军事部署的同时，他还是得考虑用人问题。这是一个总也得不到解决的老问题，但情势危急，却又非解决不可。六月里，他主持了一次前所未有的特殊考试。他在中左门平台召集全体卿贰大臣及翰林、詹事等词臣，每人分发一份提本或奏本，以及两张纸笺，要他们各自拟写一旨，一张草稿，一张誊定，全部上交。第二天，他在试卷中选出礼部尚书姜逢元、礼部侍郎陈子壮等9人，命吏部把他们的履历材料一同上报。这时内阁中有4位大学士在任，不算多，但也不算太少，崇祯帝的这个举动显然是要通过亲自考核再选几名阁臣。几年来他基本上按照自己的意图特简阁员，不采取会推的方式，但每次特简都是根据平常印象或是一时兴起，这一次却用了考试的形式，确实又是一种制度上的革新。

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