九月初，清军携带着劫掠来的18万牲畜人口和大批物资浩浩荡荡地由冷口（今河北迁安县西北境）出了长城，还特地在长城边立了木牌，上书“各官免送”，以示对明朝官兵的蔑视和羞辱。明官军果然听话，远远地看着清军从冷口撤军，撤了整整4天，直到全部撤完了才涌到关城前。负责督师的兵部尚书张凤翼向崇祯帝报捷说，敌军已经被赶出边塞，我军斩敌首三级！
这样的鬼话当然掩盖不住明军怯懦避敌的真象。在北京解除戒严之后，崇祯帝照例对主要军事负责人进行了惩治。兵部尚书张凤翼和宣府大同总督原任兵部尚书梁廷栋同时被撤职议罪，但在九月初的前后几天里，张凤翼和梁廷栋相继死于军中，据说他们是知道难免会受到重处，连日服用大黄，中毒而死的，总算避免了作刀下之鬼。
清军接二连三地进入内地，如入无人之境，给了崇祯帝很大的刺激，也更激发了他对于干练的军事人才的渴求。在这以前，他曾经亲自破格提拔过王洽和梁廷栋任兵部尚书，但都不能满意，又为了清军兵临城下，一个被处死，一个自杀。这时候，兵部尚书和宣大总督这两个重要的职位出现空缺，他希望能任用真正有才略、有胆识，能够帮助他挽救颓局的人。经过仔细的斟酌，他最后决定调正在围剿农民军前线上的总理五省军务卢象升任宣大总督，起用正在家中守丧的原任宣大总督杨嗣昌为兵部尚书。
在崇祯帝十几年的统治中，这一次人事安排大概是最为精心也最为妥当的。卢象升年轻刚毅，治军有方，在多年同农民军的周旋中显示出超出寻常的才干，被公认为是最有军事才能的朝臣之一。由于高迎祥被俘后农民起义的形势稍稍缓和，崇祯帝把卢象升调到北方重镇，一方面是为了加强京畿地区的防务力量，另一方面也是想要就近对他进行进一步考查，以备将来主持兵部的人选。
至于起用杨嗣昌，则很超出普通朝臣的意外。杨嗣昌字文弱，湖广武陵（今湖南常德）人，万历38年（1610）进士。他是原陕西三边总督杨鹤的儿子，杨鹤为招抚农民起义失败被逮治，他正任山海关兵备道，接连上疏请求代父受罚，崇祯帝因此免除杨鹤的死罪，遣戍边卫充军。从这一点上说，崇祯帝对于杨嗣昌是有私恩的，杨嗣昌也为此颇为感激涕零，对崇祯帝忠心耿耿。杨嗣昌博学强记，又多年身历戎马，在军事战略方面很有一套自己的见解，而且文才口才俱佳，善于表达，因此在多次疏论平定之策和召对陈词的时候很为崇祯帝赏识。崇祯5年（1632）夏，他被提升为右佥都御史、永平山海巡抚，担当防御清军的重任；7年（1634）秋，又升任兵部右侍郎兼右佥都御史、宣大总督。但第二年他的父亲死于戍所，不久继母也在家去世，他按惯例离职回乡守制，照理应该3年期满之后才能再由朝廷酌情授职。但在国家急需人才的情况下，崇祯帝最后还是决定由杨嗣昌来接替兵部尚书。由服丧期间的官员任职，政治术语叫做“夺情”，就是说在国家危急中忠孝不能两全，为了尽忠只好有亏于孝道。但明朝历来标榜以孝治天下，在一般情况下总要尽量避免出现夺情的事，偶一有之，大多会引起朝士的非议。当初张居正身为首辅，权倾天下，还是为了夺情的事被攻击得灰头土脸。崇祯帝明知道在朝臣们齐唱理学高调的形势下，这个决定可能会遭到许多人的反对，却还是毅然下了决心。
对卢象升和杨嗣昌的任命似乎表明，在崇祯帝统治的中期，他更痛切地感觉到使用有真才实学的实干之才的重要性。温体仁一流使用起来虽然得心应手，感情上也容易交流，但要靠他们来摆脱危机却是有些靠不住的。大概正是这样的想法使得他对温体仁的宠眷突然降温，尽管在感情上他还是很喜欢这位同自己灵犀相通的老臣，但已经没有过去那样的热情去为他维护首辅的位置了。正在这个时候，一个新的事件促成了温体仁的下台。
崇祯9年（1637）末，江南常熟一个叫张汉儒的讼棍上疏讦告在籍的乡绅原任礼部侍郎钱谦益和原任给事中瞿式耜，说他们“凭自己的喜怒把持人才进退之权，收受贿赂掌握江南生死之柄；宗族亲戚无不是奸诈之人，违禁出海贩运，没有不敢做之事；甚至侵吞国库之财，诽谤朝政，危及社稷。”温体仁在内阁见到这份文书，如获至宝。钱谦益是他的老对头，又是东林党中硕果仅存的元老，而东林一派在朝中的残余势力这些年里几乎无时无刻不在对他进行攻击，想方设法要迫使他下台。借着这个案件，正好打击一下东林党人的气焰。因而温体仁立即拟旨，要刑部将钱、瞿二人逮捕入狱，审核定罪。
明代的士绅在乡里极其横行霸道，其中尤以江南一带的乡绅为最甚，张汉儒讦状里所说的也未必全都不是事实。但这一次告御状却另有缘故。原来常熟有一个富户叫陈履谦，为了一件争夺产业的官司曾经求助于钱谦益和瞿式耜，两个人却因为看不起陈履谦的人品，反而帮助了官司的另一方。陈履谦怀恨在心，想要报复，才找到了专门包揽讼事的棍徒张汉儒。张汉儒虽是一介草民，却很懂得朝中政治的内幕。他知道皇帝最信任的是首辅温体仁，而温体仁的仇敌正是东林党人，因此只要把对于钱谦益和瞿式耜这两个东林骨干的讦状告到朝廷上，就一定能收到奇效。
奇效好像真的立刻就收到了，钱谦益和瞿式耜不久都被抓进了京城的监狱。但东林党人毕竟在朝野上下还有相当的势力，在江南地区更是横行无阻，因而命地方调查追究的朝旨虽然下来了，地方官员却故意拖延，以便寻找转机。张汉儒、陈履谦本来是些小人物，所求的不过是泄愤图财，见到形势对自己有利，就又生出了一些妄想。他们一不做二不休，趁机又造了些谣言，说江南东林早有政治预谋，方针是“款曹和温”。温就是温体仁，是说东林党人想要弥合同他的间隙，以便为钱谦益解脱；而曹则是指宫中最有脸面的大太监之一，总督东厂太监曹化淳。此人是崇祯帝在信邸时期的理人，极得崇祯帝的信任，两个弟弟都因为他在皇帝面前得宠而封至一品武职的都督。他本来出自王安门下，因此同东林党人一向关系很好，又与钱谦益特别有交情。谣言说钱、瞿差人携巨资买通曹化淳以谋求自救。有了这些谣言，他们就直接出面对钱谦益、瞿式耜的家里人进行勒索，大有不装满腰包誓不罢休的劲头。
他们没有想到，这一次做得太过分了。钱谦益是个老谋深算的政客，哪里肯随便低头服输，受小人之气？他在狱中指挥人上下活动，特别找到了曹化淳。曹化淳本来是钱谦益的老朋友，何况谣言中说的又正是崇祯帝最忌讳的内官和外官相勾结，一旦被皇帝听信了，自己前途莫测，因此就大为振作起来，认真查办这件事。曹化淳主持着一个现成的东厂特务组织，要让案子转风并不困难。他直接向崇祯帝奏明了这件事，当然要为自己辩解，同时请求皇上让他亲率东厂番役调查此事，以杜绝小人诬陷大臣，搅乱朝政的歪风。
崇祯帝最喜欢处理复杂的案件，听说这里面还有这么多弯弯绕绕，不禁技痒，马上同意曹化淳的申请。曹化淳雷厉风行地抓了陈履谦和张汉儒，亲自在外东厂严刑拷讯，打个半死，当然就拿到了需要的口供，无非是两个人怎样为报复计进行诬告，怎样造谣惑众以便勒索，等等。口供向崇祯帝作了汇报，崇祯帝见到并没有什么疑点，也就决定免除对钱谦益和瞿式耜的查处，并命将陈履谦和张汉儒交刑部议处。正巧刑部尚书郑三俊也是东林一党，于是再审别无异词，议定对陈、张二犯各杖责100，枷号3个月。两个人先是被打得一佛出世二佛升天，接着又要扛上几十斤重的木枷连日在街头示众，加上刑部牢里毫不留情，3个月的期限未到就先后死了。
这个案子前前后后闹腾了将近半年的时间，一旦真象大白，东林一派乘势不依不饶地追究起当初温体仁拟旨的过失来，而且把过去的一些是非也重新搬了出来。温体仁照例引咎乞休，这是多年来做惯了的事情，本来以为还会像以往那样，由皇帝来温旨慰留。在内阁值班的张至发本来也按照以往的规律票拟了慰留之旨，谁知崇祯帝却在上面批了“放他去”三个字。温体仁毫无思想准备，正在家里吃饭的时候听到了消息，一时惊慌，把手里的筷子也掉在地上了。
崇祯帝对这位在自己身边操劳多年的老臣总算是有感情，虽然让温体仁退休回家，还是很给了他些体面，临行前赐给他金银绸缎，并命行人司官员一路护送他到浙江故里。但对于温体仁来说，这却是一个极大的打击。回到家乡之后，这位精力充沛、干劲实足的前首相竟然一病不起，第二年就死去了。
就在钱谦益的案子闹得满城风雨的时候，新任兵部尚书杨嗣昌于这年三月进京任职。崇祯帝很急切地召见了他，向他讯问用什么办法能够摆脱当前军事上的被动局面。杨嗣昌则从一个兵部尚书的角度全面分析了形势，提出了一整套战略构想。
杨嗣昌认为，“攘外必先安内”。他比喻说：“天下的大势好像是一个人的身体，京师是头脑，宣府、蓟镇等边防是肩臂，黄河以南、大江以北的中原地区是腹心。一个人身上最重要的是头脑。边疆烽火燃于肩臂，对身体危害甚急；流寇作乱于腹心之内，对身体影响甚深。紧急的固然不能谋画迟缓，而影响至深的更不可以稍有忽视。如果腹心安然，脏腑无恙，就可以输送精血，运行骨骸，以拥戴头脑，护卫风寒于肩臂之外，还有什么可忧虑的呢？……所以臣以为必先安内然后可以攘外，必先足食然后可以足兵，必须保护民众才能够荡平流寇。这是今日辨症施治的根本，不是敢缓言攘外，因为急切于攘外，才不得不先安内。”
杨嗣昌分析出，清军的攻势再猛烈，暂时还不会危及到明王朝的根本统治，因而只是肩臂之患；而中原的农民起义不但消耗了大量的兵力和军饷，还造成了人心浮动、城乡凋敝，使帝国大伤元气，所以是心腹之患。出于这样的分析，他认为应该首先集中全力对付农民军，而对清军采取守势，甚至想办法与其妥协构和，将来内乱彻底平定后再作长远打算。这样的战略眼光，比起过去崇祯帝和他的朝臣们忙于头疼医头脚疼医脚地穷于应付，确实要高明多了。崇祯帝从来没有听人从战略的高度为他系统分析过形势，一听这番话，大有茅塞顿开之感，感慨地说：“只恨用卿太晚啊！”从此对杨嗣昌信任不移，把剿平农民起义的大事放手交给他去办。
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