汇缴企业应在年度终了后4个月内，向所在地主管税务机关报送汇总后的《企业所得税年度纳税申请表》及有关财务会计报表，并附送各二级成员企业汇总的《企业所得税年度纳税申请表》，集中清算，统一办理汇缴企业所得税的年度汇算清缴。
汇缴企业根据汇总的企业所得税年度纳税申请表，统一计算的应纳所得税额，大于成员企业按规定比例在当地预缴的企业所得税额的部分，有汇缴企业在规定时间内补缴；小于成员企业在当地预缴的企业所得税额的部分，有汇缴企业抵缴下一年度统一计算的应缴企业所得税额。
成员企业所在地税务机关对成员企业检查出的以前年度违反税收规定应补缴的所得税，应按规定税率就地全额补征入库，不得作为当年或以前年度就地预缴的税款，不参与总机构的汇缴清算。
实行“统一计算、分级管理、就地预缴、集中清算”的办法后，汇总纳税企业仍执行原规定的纳税申请表签字盖章和信息反馈制度。
下列行业和企业暂不实行“统一计算、分级管理、就地预缴、集中清算”的征收管理办法：
由铁道部汇总纳税的铁路运输企业；
由国家邮政总局汇总纳税的邮政企业；
由中国工商银行、中国农业银行、中国建设银行、中国银行汇总纳税的各级分行、支行；
有中国人民财产保险公司、中国人寿保险公司汇总纳税的各级分公司；
国家税务总局规定的其他企业。
汇缴企业和成员企业在同一省、自治区、直辖市和计划单列市区域内的，是否实行“统一计算、分级管理、就地预缴、集中清算”的征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市税务机关决定。
5、合并（汇总）纳税企业总机构有关费用税前扣除标准
国税发[2005]136号规定，合并（汇总）纳税企业的总机构有关费用所得税前扣除标准如下：1、总机构集中支付广告费的扣除标准：总机构集中支付的广告费，在其集中支付的广告费扣除限额内据实扣除，超过部分应在总机构当年计征所得税时进行纳税调整，并可按规定无限期向以后年度结转。总机构集中支付的广告费扣除限额的计算方法为：以经批准合并（汇总）纳税成员企业汇总的销售（营业）收入按规定标准计算出的广告费扣除限额，减除各汇总纳税成员企业已按照规定标准实际扣除的广告费，其余额为总机构集中支付的广告费扣除限额。2、总机构集中支付的宣传费和公益救济性捐赠的扣除标准：总机构集中支付的宣传费和公益救济性捐赠，可参照本通知第一条关于集中支付的广告费的扣除办法在所得税前计算扣除，但超过标准部分不得向以后年度结转扣除。3、适用范围：上述扣除标准只适用于经国家税务总局批准实行合并（汇总）缴纳企业所得税的企业。本通知自2005年1月1日起执行。
汇缴企业根据汇总的企业所得税年度纳税申请表，统一计算的应纳所得税额，大于成员企业按规定比例在当地预缴的企业所得税额的部分，有汇缴企业在规定时间内补缴；小于成员企业在当地预缴的企业所得税额的部分，有汇缴企业抵缴下一年度统一计算的应缴企业所得税额。
成员企业所在地税务机关对成员企业检查出的以前年度违反税收规定应补缴的所得税，应按规定税率就地全额补征入库，不得作为当年或以前年度就地预缴的税款，不参与总机构的汇缴清算。
实行“统一计算、分级管理、就地预缴、集中清算”的办法后，汇总纳税企业仍执行原规定的纳税申请表签字盖章和信息反馈制度。
下列行业和企业暂不实行“统一计算、分级管理、就地预缴、集中清算”的征收管理办法：
由铁道部汇总纳税的铁路运输企业；
由国家邮政总局汇总纳税的邮政企业；
由中国工商银行、中国农业银行、中国建设银行、中国银行汇总纳税的各级分行、支行；
有中国人民财产保险公司、中国人寿保险公司汇总纳税的各级分公司；
国家税务总局规定的其他企业。
汇缴企业和成员企业在同一省、自治区、直辖市和计划单列市区域内的，是否实行“统一计算、分级管理、就地预缴、集中清算”的征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市税务机关决定。
5、合并（汇总）纳税企业总机构有关费用税前扣除标准
国税发[2005]136号规定，合并（汇总）纳税企业的总机构有关费用所得税前扣除标准如下：1、总机构集中支付广告费的扣除标准：总机构集中支付的广告费，在其集中支付的广告费扣除限额内据实扣除，超过部分应在总机构当年计征所得税时进行纳税调整，并可按规定无限期向以后年度结转。总机构集中支付的广告费扣除限额的计算方法为：以经批准合并（汇总）纳税成员企业汇总的销售（营业）收入按规定标准计算出的广告费扣除限额，减除各汇总纳税成员企业已按照规定标准实际扣除的广告费，其余额为总机构集中支付的广告费扣除限额。2、总机构集中支付的宣传费和公益救济性捐赠的扣除标准：总机构集中支付的宣传费和公益救济性捐赠，可参照本通知第一条关于集中支付的广告费的扣除办法在所得税前计算扣除，但超过标准部分不得向以后年度结转扣除。3、适用范围：上述扣除标准只适用于经国家税务总局批准实行合并（汇总）缴纳企业所得税的企业。本通知自2005年1月1日起执行。