生物法是制药废水处理中最常见的方法，主要是通过微生物的合成和分解等作用降解废水中的污染物。生物处理技术运行成本低，处理效果稳定，在制药废水处理中被广泛采用。采用UASB－加压曝气生物反应器处理工艺对制药废水进行了研究，研究结果显示，联合工艺处理后的出水水质均能满足《化学合成类制药工业水污染物排放标准》( GB21904—2008)的要求。采用生物过滤氧化反应池（BIOFOR）对混装制剂废水进行了研究， 结果显示BIOFOR 池对有机物的平均去除率达73%，氨氮的平均去除率为57%，出水均能满足《混装制剂类制药工业水污染物排放标准》（GB21908—2008）要求。采用A2O 法+生物滤池+絮凝沉淀组合技术对抗生素类制药废水进行了研究，实验结果表明，组合工艺对有机污染物、氨氮、总磷的平均去除率分别为81%、67%、98%,组合工艺运行可靠，出水效果稳定，出水水质均能满足《污水综合排放标准》(GB8978—1996)的一级排放标准要求。采用UASBA/O 工艺对制药废水进行了研究，处理结果显示，在进水有机污染物浓度高达38000 mg/L 时， 组合工艺对有机污染物去除率为98%，出水均能满足相关设计标准的要求。
采用水解酸化/好氧—臭氧—曝气生物滤池工艺对制药工业园区综合废水进行了研究，研究结果表明，该工艺出水化学需氧量浓度均在50 mg/L 以下,色度小于4 倍,出水水质均能满足《城镇污水处理厂污染物排放标准》(GB18918-2002)中一级A 排放标准的要求。
采用两级水解酸化复合好氧工艺对辽宁某制药厂综合制药废水进行了研究，研究结果表明，化学需氧量去除率能达到78%以上，氨氮的去除率为99%，出水水质均能满足《辽宁省污水综合排放标准》(DB21.1627-2008) 的排放要求, 出水水质毒性检测显示,水质毒性由中等毒性变成低毒毒性。