化学法是废水处理最传统的方法之一，主要包括氧化法、电解法以及高级氧化法等方法，通常作为制药废水的预处理过程或者是后续的强化处理工艺。采用铁铜内电解法对制药废水进行了预处理研究，试验结果显示，高工艺对COD 去除率最高可达90%。采用铁碳微电解/H2O2耦合类Fenton 联合处理工艺，对制药企业的生化处理出水进行了深度处理研究，实验结果表明，该工艺对有机污染物的去除率为72%；H2O2对铁碳微电解法有显著的增强作用。用Fenton氧化法对阿维菌素、盐霉素废水经厌氧—好氧工艺处理后的废水进行深度处理研究，结果显示，废水COD 去除率达到72％，COD 浓度由224 mg/L 降低到64 mg/L。采用Fenton-超声联合工艺对盐酸金刚烷胺生产废水进行了研究，结果显示该工艺对金刚烷胺制药废水中TOC 去除效果最高达到65.6%，二者协同作用大大提高了去除效果。
不同的制药企业废水成分差别大、污染物种类繁多，毒性物质强，仅仅依靠单一的污水处理技术显然不能满足排放标准的要求。近些年大家研究的热点是通过组合工艺，分段设计，进行不同的优化组合，可以达到满足出水水质的要求。比如电解、芬顿氧化、高级氧化技术的快速发展，给预处理提供了很好的选择，再结合生物处理工艺可以较好地达到处理效果。因此，结合制药废水的特点，以生物技术为根本、高级氧化以及物化法为前提的组合工艺是未来的发展方向。