《司法解释》第二十条规定，当事人约定，发包人在收到竣工结算文件之后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件支付工程款的，应予支持。有观点认为，该条司法解释的意思是如果发包人和承包商在施工合同中明确约定“如果发包人在收到竣工结算文件之后在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的”，则法院或仲裁机构应当按照该约定来处理，承包人请求按照竣工结算文件支付工程款的，应予支持，在这种情况下则不应再委托鉴定机构对工程价款鉴定等方式来重新核对结算工程价款。而另一种观点认为，依据建设部、国家工商总局推行的《建设工程施工合同》（示范文本）通用条款第33.3条“发包人在收到竣工结算文件之后28天内不支付工程款，则应从29天支付工程款利息”的约定即可推出双方约定发包人在收到竣工结算文件后28天内不予答复，则视为认可竣工结算文件，发包人应当自29天气支付工程款利息。因此无须当事人在合同专用条款中明确约定“发包人在收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，则视为认可竣工结算文件”内容，法院或仲裁机构直接可以依据第二十条规定判令发包人按照承包商提交的竣工结算文件支付工程款。对此问题，重庆市高级人民法院曾专门请示最高人民法院，最高人民法院民事审判庭在《关于发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，是否视为认可竣工结算文件的复函》（下称“《复函》”）中作了明确的解答，其解答的内容为：适用该司法解释第二十条的前提条件是当事人之间约定了发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，则视为认可竣工结算文件。承包人提交的竣工结算文件可以作为工程款结算的依据。建设部制定的建设工程施工合同格式文本中的通用条款第33条第3款的规定，不能简单地推论出，双方当事人具有发包人收到竣工结算文件一定期限内不予答复，则视为认可承包人提交的竣工结算文件的一致意思表示，承包人提交的竣工结算文件不能作为工程款结算的依据。根据上述解答，我们不难看出，如果当事人在施工合同中没有明确约定“发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，则视为认可并应按照竣工结算文件支付工程款”内容，则人民法院或仲裁机构不能直接根据施工合同格式文本通用条款第33条第3款规定认定发包人应直接按照承包商提交的竣工结算文件支付工程款，而仍应通过造价鉴定等方式查明工程结算价款，并根据查明的情况作出裁判。
二、如何认定施工合同中有“发包人在收到竣工结算文件后在约定期限内不予答复，则视为竣工结算文件已被认可，发包人应当按照竣工结算文件支付工程款”的约定？
最高人民法院民事审判庭在《复函》中已经明确，建设工程施工合同格式文本通用条款第33.3款不能得出当事人有“发包人在收到竣工结算文件后在约定期限内 不予答复，则视为竣工结算文件已被认可，发包人应当按照竣工结算文件支付工程款”的意识表示，因此，当事人必须在施工合同中就此作出明确的约定。但由于在签订施工合同时承包商往往处于劣势地位，很难在施工合同中明确提出如此的要求，即便提出，往往也会遭到发包人拒绝。但承包商在签订施工合同时有没有机会在施工合同中作出相应的安排，以达到与作出明确约定同样的效果呢？笔者认为答案是肯定的。实质上，《司法解释》第二十条最先来源于建设部颁布的部门规章《建筑工程发包与承包计价管理办法》第十六条，之后在建设部、财政部《建设工程价款结算管理办法》第十六条也有相应的规定。其中 《计价管理办法》第十六条规定，发包方应当在收到竣工结算文件后的约定期限内予以答复。逾期未答复的，竣工结算文件视为已被认可。发承包双方在合同中对上述事项的期限没有明确约定的，可认为其约定期限均为28日。《结算暂行办法》第十六条规定，发包人收到竣工结算报告及完整的结算资料后，在本办法规定或合同约定期限内，对结算报告及资料没有提出意见，则视同认可。对此笔者认为，如果承包商在施工合同中作出合同适用法律、行政法规、部门规章的约定或者在施工合同中就工程价款结算直接作出适用《计价管理办法》或《结算暂行办法》的约定，就可以达到在施工合同中明确作出“发包人在收到竣工结算文件后在约定期限内不予答复，则视为认可竣工结算文件并应按竣工结算文件支付工程款”同样的目的。
对此有观点认为，根据最高人民法院《关于人民法院制作法律文书如何引用法律规范性文件的批复》，人民法院或仲裁机构在审理建设工程施工合同纠纷时可以参照适用作为部门规章的管理办法作和暂行办法，而勿需要求当事人在合同中予以明确。但笔者认为在司法实践中，如果施工合同中并没有明确合同适用部门规章，则人民法院或仲裁机构在完全可以通过造价鉴定方式确认发包人应付工程款，查清案件事实的情况下，人民法院或仲裁机构很难支承包商关于参照适用部门规章的请求而直接认定发包人按照竣工结算文件支付工程款。