在大学明确了追求真理和培养人才的价值取向后，还必须建立有利于真理探求和杰出人才成长的大学制度。

　　中国大学一边倒学习苏联后，就将高等学校作为政府行政机构的一个分支加以设置管理，又在高校内部复制行政科层体系，从而建立起一个过度行政化的大学管理体系。据统计，目前全国约有1000多所公立大学，每一个大学都有正厅级、副厅级的校领导，加起来约有两万多人。这么多人不是教授选出来的，也不是学生选出来的，都是上级部门委任的行政官员。他们大多没有现代教育理念，对教育的规律懂得不多，常常只是对上负责，不对下负责，导致管理制度问题成为影响今天大学教育质量的核心问题。

　　现有大学管理的一个典型特征就是权力学术，它的一个基本假定是真理掌握在权力较大的人手中。于是，权力较大的人既管理大学，又做学问，报课题，还作为学问的评判者，控制着学术的话语权，成了权力通吃的学术皇上。改变这一体制的核心就是要还权于学，将本不该由行政把持的权力还给学人，让那些走在学识和探求真理前沿途中的人随时拥有话语权。这就是1985年《中共中央关于教育体制改革的决定》所说的“放权”，也是《纲要》所说的“去行政化”。核心是：大学面向社会，依法自主办学，实行民主与科学管理。事实表明，如果没有人真正愿意为国家和民族的发展担责，在这方面有所作为，大学就依然延续着扼杀个性和独立思考的运转，不具备创造性和建设性，永远无法实现让大学走出困境的目标。

　　扩大大学办学自主权是“还权于学”的重点，这包括学生学习权利、教师研究与教学的权利、院系管理权利和校长的权利，均贯彻以人为本、以学术为主导的法治和民主精神。如此，才能将大学作为大学，而非作为政府机关或商业机构来管理。行政为学术服务，而非行政凌驾于学术之上。这要通过建立现代大学制度得到保障和规范。

　　那么，科学的大学管理应该将学生成长发展需求作为第一依据、社会需求作为第二依据，依照专业社团的方式实施管理，依据大学的特性和内在逻辑管理大学。

　　如此，现代大学制度应该依据人的成长和知识增殖的逻辑，即学术自由、教授治校、通才教育、学生自治;依据法律保障，授权与问责相结合，决策与执行相分离，使大学学人有责有权;依法民主管理学校。明晰高校与政府的法律关系，由大学来办大学，教育家办大学，而非政客办大学。

　　只是，上述现代大学制度的建构，并未有法律的足够支持。中国《高等教育法》第30条规定，大学的法人资格仅在民事活动中发生作用，对于高等学校与政府的法律关系并未明确。第32条至第38条规定的大学办学自主权事实上很难得到政府行政部门尊重。

　　着眼于现实，建立现代大学制度不妨逐步做起，近期目标可以确定为：第一，打破计划体制，实现学校平等竞争(打破招生分批次，校长论级别，资源分配论关系的局面)。第二，转变政府职能，实现管评办分离，恢复高校的办学自主权。第三，保障学人(教育者和受教育者)的权利，完善校内的民主管理。第四，明确学校章程(条例)，各校依章办学。把学校建成知识分子真正可以安身立命的心灵家园。真正落实服务学生成长和发展的策略。建立现代大学制度，要有长远的发展计划和经历艰辛的准备。