科场得意之后，张溥们不免要挟复社之势，把注意力逐渐转移到政治方面。他们大都出身于江南世家，同东林党人本来就有着千丝万缕的联系，再加上在道德文章方面的讲求也多与东林一致，因而在政治立场上，复社一直是东林的坚决支持者。复社成员中也有不少人根本就是著名东林党人的子弟，如黄尊素之子黄宗羲、魏大中之子魏学濂、周顺昌之子周茂兰等等。这些人的加入更使得复社的政治立场十分鲜明，当时有人就称复社为“小东林”。
复社在江南把持选政，几乎掌握了士子们穷达进退的命运，自然使社内人受益匪浅，却也招来社外士人的忌恨；他们激烈拥护东林党人的政治立场也使得官僚中与东林作对的人对他们侧目而视。因此，自崇祯初年起，攻讦复社的事件就屡有发生，到崇祯九、十年间，这种攻讦形成了一次高潮。
崇祯9年（1636）底，太仓有个叫陆文声的监生，上疏讦告张溥、张采，说“风俗败坏都源于士子，而张溥、张采实为坏风俗之盟主，倡立复社，以乱天下”。这陆文声本来与二张同里，很想加入复社以便求取功名。但张溥不喜欢他的人品，拒不接纳，因而才和他结下了仇怨。陆文声的讦状送到朝廷，立即引起了崇祯帝的重视。他凭直觉感到，这样一个民间社团可能会不利于自己的独裁统治，于是命南京的提学御史倪元珙严加察核。倪元珙却是东林一脉的人，有意保护复社，调查后回奏说：“诸生诵法孔子，引其徒众谈经讲学，互相切磋，文章必学先正，品行必效贤良，实非树党营私。”崇祯帝面对这个报告，一时很有些拿不定主意。
陆文声讦告的事件还没有处理完，又有一个丁忧在籍的苏州推官叫周之夔的，穿着一身孝服千里迢迢从家乡福建跑到京城里来，首告张溥、张采结社树党，讥刺时政，简直大有造反之势。这周之夔原本是张溥的老相识，而且也是复社中人，但因为在《国表社集》第二集中选他的文章的时候，张溥没给他好的批语，于是同张溥闹翻了，才一不作二不休，专同复社作对。他是从复社里面反叛出来的，熟采内幕，身分又是朝廷命官，告发复社的反响自然比陆文声更大。周之夔很有些泼皮气，不但向朝廷上疏告讦，还在京师大肆活动，用黄纸写成大字报，说张溥、张采凑了几万两银子送到京里，由复社的后台黄道周和复社成员陈子龙、吴伟业等人作内应，给东厂、锦衣卫送礼消灾。他还把大字报贴在背上每天在长安街上游行，一见到达官贵人路过就凑过去让他们看。一时间复社的事情成了京中的大新闻，一些对复社有成见、有仇恨的士人乘机腾造蜚语，有人还匿名书写了《复社十大罪》的传单，到处散发。
但复社在朝中有东林一党作靠山，本身的成员中也有不少已经在朝中为官的，譬如张溥的大弟子吴伟业就以一甲第二名的身分作着翰林院编修，虽然权力不大，地位却是相当清要。有了这些人努力救护，复社虽然几度危乎其危，却始终没有遭到治裁。崇祯帝对于这些满口都是孔学圣道的士人纠集在一起，到底会造成什么危害，一直没有弄明白，也不愿贸然下手得罪太多的官僚绅士。这个案件因此就拖了下来，几年都没有了结，而复社却也一直安然无恙。
然而崇祯10年（1637）的这场大风波，却使得复社的骨干们更加感到参预政治，发展政治实力的重要性和迫切性。这以后，尽管复社结党一案还悬在半空，他们结党干政，大造舆论的活动却更加积极起来。到崇祯14年（1631）之前，他们干出了两件引人注目的大事。
一件是在崇祯11年（1638）的七月，复社中的一伙年轻人在南京发表了一份讨伐阉党分子阮大铖的《留都防乱公揭》。
阮大铖是安徽桐城人，为人张狂无忌，曾在书室里自题一联：“无子一身轻，有官万事足。”极为惊世骇俗。他本来也是东林中的一员，在魏忠贤得势之初却因为与左光斗等人闹意气，投入了阉党麾下。他最初为魏忠贤出过一些力，但终因是东林旧人，并没有真正得到魏忠贤的信任，在朝中混不下去，告病回家了。崇祯初年定“逆案”的时候，他却没有因为在魏忠贤手下服务时间不长而被漏网，被安排在“交结近侍又次等”一类中，处以徒刑3年，但可以交纳赎金免于服刑，回家作了老百姓。阮大铖是个不甘寂寞的人，在家乡仍然暗中把持操纵，组织起以皖人为核心的“中江社”，以扩大自己的影响。后来农民军几次进入安徽，他为了避难逃到南京，在这个明朝第二政治中心又交接官绅，大为活跃，很想再度入朝为官，有一番作为。当时天下战乱频繁，他就到处大谈行兵布阵，想以懂军事的名声得到朝廷重视。
南京是复社的重要基地之一，许多复社青年或是在此长期寓居，或是不时到这里走动。这些青年对于阮大铖的肆无忌惮十分反感，阮大铖却对他们很巴结。他主动为复社四公子之一的侯朝宗（侯恂之子）与江南名妓李香君搓合牵线，还请复社诸公子到家里饮酒看戏。（他有个很有水平的家庭戏班，专排他自己创作的传奇剧本，在当时的南京颇负盛名。）但复社公子们喝了酒，看了戏，却当面把阮大铖挖苦痛骂一番。而且，为此还提高了警惕，以为阮大铖这样的举动明明是为了翻案在做准备。几个复社青年名士于是汇集在一起，作了一篇大文章，对阮大铖进行了一番痛快淋漓的揭露，文章就叫做《留都防乱公揭》，留都指南京。
《公揭》揭露阮大铖“献策于魏忠贤，倾残善类”，“逆案”既定之后，仍在家乡纳贿关说，把持官府，以至于民间相传，“杀了阮大铖，安庆始得宁”。及至逃窜南京，每日以“翻案”、“起用”惑人耳目，自称与阉党原任内阁大学士冯铨能通宫中内线，以恫吓官绅。甚至假借传奇名目，“诽谤圣君，讥刺当世”。文中说：“陪京乃祖宗根本重地，而使枭獍之人，日聚无赖，招纳亡命，昼夜赌博，目今闯、献作乱，万一伏间于内，酿祸萧墙，天下事将未可知，此不可不急为预防也。”
这篇揭露阮大铖的檄文稍微有点小题大做的味道，但其核心是“阉党”翻案的问题，却正是当时的一大政治关节点。自“逆案”制定之后，身罹案中却不服气又不甘寂寞的几个人确实一直在谋求为自己翻案，重新走上政治舞台。阉党中原来任过尚书的霍维华、吕纯如等人都曾托人荐举有军事才能，希图能借着兵荒马乱的时机得到任用；冯铨、阮大铖之流也四下活动，买通关节，并且一直同朝廷内外保持着密切的联系。但崇祯帝对自己亲手定下的钦案却始终持一种斩钉截铁的态度，每一次有人保举逆案中人员知兵可用，都被他严厉地拒绝了。吏部尚书张捷为此还丢了官。甚至他最信任的杨嗣昌为郭巩的误入逆案申冤，他也绝不考虑一点宽容的余地。吕纯如被纳入“逆案”本来就很冤枉，崇祯帝自己也了解一些情况，但他坚持“逆案”一律不准翻，就是冤枉也只好忍着，叫做“不可开此端”。对于崇祯帝来讲，“逆案”是他顺应天命人心，代天行道的一面旗帜，因此不容有丝毫触动。由于有崇祯帝的坚定立场，阉党的翻案活动并不十分猖獗，几次小试受挫，也就偃旗息鼓，不敢再明目张胆地四处张扬。
而在东林派的官绅士子看来，阉党的翻案活动却是同朝中反东林派的政治阴谋紧密联系在一起的。他们对这种翻案活动特别警惕，每提及朝政的败弊和国事的隐患必以阉党翻案作为例证。自从崇祯3年（1630）左右东林党人在朝中失势以后，残余的东林势力就把对翻案风予以迎头痛击当成了自我标榜忠君持正，从而挽回政治优势的一项纲领性政治战略，尽一切可能在反对翻案的问题上大做文章。因为在反对翻案的问题上他们同皇帝保持着高度的一致，东林党人在十来年间唯一一件干的比较顺利的政治大业也正是顶住了翻案之风。这成功又使得他们对所有的翻案意图特别敏感，整个崇祯时期东林党人反击翻案风的运动从来没有停息。
复社在政治上同东林党人保持一致，对“阉党”的翻案活动也同样敏感。阮大铖诗文都写得不错，又行事夸诞，在社会上很有些影响，不甘寂寞也是有名的。这次复社贵公子们抓住阮大铖的翻案企图对他进行猛烈攻击，正合了东林党人的政治战略，也确实收到一种轰动性的效应。
政治传单式的《留都防乱公揭》被大量印制，广为散发，不但在南京，而且在全国范围内引起很大的反响。人们又回忆起魏忠贤专权时的劣政，也记起了阉党助纣为虐的种种罪行，街头巷尾到处都在议论声讨妄图翻案的阮大胡子。甚至连戏班子也不再上演阮大铖写的传奇，所谓“梨园弟子觇人意，队队停歌《燕子笺》”（《燕子笺》是阮大铖传奇的代表作。）阮大铖则狼狈不堪，一面也写了一张揭贴《酬诬琐言》作为回答，一面到处托人向复社诸公子解释求情，自然遭到的全是痛诋。他可怜兮兮地对人说：“陈贞慧、吴应箕（都是首倡《留都防乱公揭》者）这些人跟我有什么怨仇，一定要杀了我才甘心呀！”絮絮叨叨，声泪俱下。他不敢再住在南京城里招摇，只好迁居到南郊的牛首山，隐居起来。
复社进行的另一项重大活动虽然不如攻击阮大铖那样有声有色，淋漓痛快，对朝廷政治的影响却更直接、更深远。在崇祯13年（1640），复社人士同朝中的东林党人密切合作，搬倒了内阁首辅薛国观。
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