据台湾联合报报道，海基和海协两会台北会谈结束，由于二次江陈会失误连连，相关人士会不会也在调动之列，海基会内部议论纷纷。 知情人士透露，海基会将在年底进行工作部门大改组，改组基调原本设定在「清绿」。

　　除了正、副董事长和秘书长外，海基会编制三位副秘书长、一名主秘及十二名正副处长。已内定现任国民党智库副执行长马绍章接任其中一位副秘书长。 马绍章是美国俄亥俄州立大学政治博士，也是前行政院副院长徐立德长期倚重的幕僚，曾参与国民党荣誉党主席连战当年历史性和平之旅的相关作业，和国民党智库渊源颇深。

　　另两位副秘书长是张树棣和林淑闵，前者是陆委会主秘，不会更动；后者则由国安局长许惠佑一手提拔，在民进党执政时期颇受重用，因亲绿色彩明显，将被列入这一波改组的名单中。