MBR 工艺中污染物的清洗方法可以分为物理清洗、化学清洗和电清洗。在实际运行中单一的清洗方法效果有限，一般都会选择几种方法组合使用，这样清洗效果比较理想。

1 物理清洗：物理清洗主要洗去膜面或膜孔内的可逆污染物。比较常用的方法是使用曝气冲刷，在线超声波震荡，反冲洗等。物理清洗最常用的方法是曝气，通过气液二相流的冲刷除去膜面的沉积物，这种方法一般只能清除可逆污染物。在中空纤维膜工艺的运行中曝气的作用是提供降解有机物的需氧量，供给活性污泥自身生长代谢的需氧量，清除膜面的污染沉积物。大量的曝气在膜面产生激烈的紊状态，强大的剪切力能带走沉积在膜面的滤饼层。

近几年研究较多的是在线超声波清洗技术，该技术是利用超声波在水中产生机械震动将滤饼打成碎片。Sui 等对一套厌氧MBR 工艺进行研究，发现安装在线超声波装置的反应器膜污染程度只有没有安装的30%，但超声波的处理也不是时间越长越好，过量的处理会产生大量小颗粒加重膜的污染。

2 化学清洗：化学清洗主要是通过反冲洗，可以很好的减缓膜上可溶性有机物的结垢速率。添加清洗剂进行反冲洗则能洗去膜上由于长期运行积累的不可逆污染物。一般采用酸洗，碱洗，氧化性药物和表面活性剂清洗，表面活性剂主要是改善洗涤剂和膜面的接触状况，同时破坏微生物细胞壁减缓生物污染。化学清洗既可用于在线清洗，又可用于离线清洗，能大幅度恢复膜通量，但其清洗的废液有时会造成二次污染。

3 电清洗：电清洗通过在一定时间间隔内在膜上施加外加电场，使污染颗粒离开膜面沿着电场方向转移从而达到除去污染物的效果。但是这种方法需要膜有导电功能，或者能在膜面安装电极，所以使用较少。