基金管理公司在设计交易结构的时候一般会在以下几个方面保护创投基金的利益：

　　（1）交易结构设计基本原则是保证创投基金和企业的共同利益；

　　（2）争取取得董事或监事席位，参与被投企业重大事项管理，可以真实掌握企业经营状况。另外，对于一些重大事项具有一票否决权，可以保护投资人利益。

　　（3）退出条款的设计。退出条款的设计主要是为了保护创投基金的安全，基金管理公司和被投资企业双方事先约好特定的条件和前提，一旦被投资企业发生事先约定的情况，被投资企业的大股东需要根据事先约好的条件回购投资人的股权。

　　（4）业绩承诺条款的设计。主要考虑到目前中国创业投资行业竞争激烈程度，一些被投资企业对自己估值过高，因此，为了保证创投基金的利益，那些没有实现自己业绩的企业要给创投基金回拨一定的股权以降低投资价格。