血浆Hcy的浓度受许多酶、关键的辅助因子及酶作用底物甲基四氢叶酸的调节，故引起高Hcy血症的病因是多方面的。
　　2.1　遗传：染色体中胱硫醚β合成酶的基因缺陷(该基因位于第21对染色体上，故21三体患者常可见到血浆Hcy浓度增高)导致胱硫醚β合成酶的合成障碍；甲基四氢叶酸还原酶的不耐热变异甲基四氢叶酸还原酶基因中第677位核苷酸的T(胸嘧啶)被C(胞嘧啶)替换］导致甲基四氢叶酸还原酶缺乏；遗传性的甲基化循环异常，包括维生素B12代谢紊乱致蛋氨酸合成酶功能紊乱。以上这些患者均可见到血浆Hcy浓度增高。
　　2.2　年龄：血浆Hcy浓度随年龄增大而逐渐增加，可能是老年人辅助因子维生素B6、维生素B12及叶酸缺乏，使各种蛋氨酸代谢酶活性降低；老年人常出现肾功能减退及胱硫醚酶活性降低。
　　2.3　性别：一般来说，男性血浆Hcy浓度比女性高。男女均随年龄增大而增加。绝经期后Hcy可以增高或不变。男性血浆Hcy浓度增高的原因：(1)性激素对蛋氨酸代谢的影响。(2)男性肌酐浓度较高。(3)男性骨骼肌发达。
　　2.4　肾功能：研究表明血浆Hcy浓度与血浆肌酐浓度呈正相关。慢性肾功能不全的病人，血浆Hcy浓度可为正常人的2～4倍。
　　2.5　营养状态：摄入的维生素B6、维生素B12、叶酸不足，造成体内维生素、叶酸缺乏。由于维生素B6是胱硫醚β合成酶的辅酶及胱硫醚酶的辅酶，缺乏时使这两种代谢发生障碍，引起Hcy在体内堆积；维生素B12是蛋氨酸合成酶的辅酶，而叶酸则是体内甲基的间接供体。两者缺乏，阻碍了蛋氨酸的再生成，同时造成Hcy的蓄积。
　　2.6　疾病：严重硬皮病患者可出现血浆Hcy浓度增高，其原因与叶酸缺乏有关。淋巴细胞性白血病、乳腺癌、卵巢瘤、胰腺癌等患者可见到血浆Hcy浓度增高，可能与恶性细胞蛋氨酸代谢障碍有关。慢性肾功能不全已如前述。
　　2.7　药物：血浆Hcy也受一些药物作用的影响。氨甲喋呤可使5-甲基四氢叶酸浓度降低，使蛋氨酸合成酶的底物减少；一氧化氮可使依赖维生素B12的蛋氨酸合成酶失活；卡马西平、苯妥英钠干扰叶酸代谢；阿扎立平(抗硬皮病药)可抑制胱硫醚酶活性，抵抗维生素B6。上述药物均有升高Hcy的作用。