三国之间敏感领域、敏感产业如何处理，是当前研究中争论最多的问题。除货物贸易领域的农产品和工业品外，服务贸易领域的金融开放、电信、零售方面也都有敏感领域。
中日韩领导人第三次峰会2010年5月底在韩国举行。三方在发表的《中日韩合作2020年展望》文件中强调，力争在2012年完成自由贸易区（FTA）的“官产学联合研究”。这意味着由官方介入的共同研究正式启动。
中国参与自由贸易区谈判等事务，除中澳自贸区外，均由商务部国际经贸关系司归口负责。目前，包括香港、澳门特区在内，中国已经签订的自由贸易协定有9个，正在谈判的有5个，分别是澳大利亚、挪威、冰岛、海湾合作委员会、南部非洲关税同盟，其中，与南部非洲关税同盟和冰岛的谈判暂未继续。实际上，正在谈判的有3个。
各国研究团队不超过30人
从程序看，完成“官产学联合研究”是启动谈判的前提，也被认为是FTA谈判的第一步。目前启动的是中日韩自贸区官产学联合研究，三方谈判往往要在联合研究结束后才会启动，但前提条件是，官产学研究的结论支持建立FTA。
根据三国领导人建议，中日韩三国于2003年启动了三国自贸区的学术研究，分析自贸区对三国的利弊。不过，这一研究只限于学术界。2009年，三国领导人达成共识，认为学术研究应该结束，于是2010年启动官产学研究。
官产学研究指政府、产业界、学术界的联合研究，这是官方介入的正式研究，任何一个自贸区的谈判都要经过一个官方研究的阶段。其研究结果会直接影响下一步是否进行谈判。具体来说，就是中日韩三国一起研究建立自贸区后的效益。
比如，某一个领域或产业实行零关税，对三个国家的产业分别造成什么影响。通过研究，以判断建立自贸区到底会给成员带来哪些福祉，对成员的经济、贸易、产业带来哪些影响。简单说，是利大还是弊大。如果研究的结论是弊大于利，那就不需要谈判。
中日韩三国官产学联合研究于2010年5月启动。在启动会议上，三国已经就联合研究的时间框架、最终任务、研究报告的结构等内容基本达成一致。根据计划，每年将举行3次联合研究的工作会议，分别在中日韩之间轮流举办。2010年5月的第一次会议在韩国举办；下一次将于9月在日本举行；再下一次在中国举行。
每个国家研究团队的人数限制在30人左右。在中国研究团队方面，官产学代表大约各占三分之一。
官方由商务部、外交部、发改委、财政部、农业部、工信部、海关总署、质检总局等各有关部委组成；产业界方面，尽量吸收与日韩经贸关系密切的中国产业，或者能够预知与今后自贸区的关系比较密切的中国产业，比如钢铁、化工、汽车、电子、机械等，以便能够充分反映、吸收这些产业的意见。同样，日韩两国也会找一些农民代表，把他们所关注的产业的代表加入到他们的研究团队里。
中国学界代表主要来自国务院发展研究中心、商务部研究院以及高校等学术机构。
在工作层面上，三方还有一个联络机制，由各国司局级别的人员担任，作为平时的联系人。总体上说，三方联合研究是开放的，结论也是公开的。
第二次工作会议主题是货物贸易
官产学联合研究仍然是工作层面级别的研究。其研究成果会通过三国的经贸部长向各国的领导人报告。比如，2010年5月首轮联合研究会议后，三方已经把报告结果向5月底举行的三国经贸部长会议进行了汇报，再由经贸部长向刚刚举行的首脑峰会报告。这是工作程序。
众所周知，三国领导人的共识是希望在2012年前完成这个联合研究。此前的纯学术研究已经进行了7年时间，联合研究是在学术研究基础上做进一步研究，但并不需要再花很长时间去做基础性研究。
目前，三方正在按照已经达成的框架协议按部就班地进行，确保能在2012年前完成研究。
根据三方达成的共识，联合研究主要包括货物贸易、投资、服务贸易、经济合作、知识产权、原产地规则等内容。研究框架将涵盖自贸区所涉及的所有内容。每一次工作会议都有一个确定的重点议题。比如，5月的会议主要是启动研究，9月的第二次会议将主要讨论货物贸易议题。
实际上，自贸区的建立不仅可以增长三国贸易的机会，还会调整当前中日韩之间贸易量严重不足的问题。比如，中日韩三国GDP总量是10.2万亿美元，已经接近欧盟12万亿美元水平。中日韩三国的GDP总量占全球GDP的18.6%，占东亚GDP的70%。但是三国之间的贸易量只占三国贸易总量的不足17.6%，而三国之间的投资额仅占三国投资总量的6%。这说明，三国之间发展贸易和投资的潜力很大。中日韩自贸区的建立是三国开展经贸合作的重要内容，是整个东亚经济一体化的关键环节，也是东亚经济共同体建设的重要一步。
有人担心，在对日、韩贸易中，中国是出口逆差国家，自贸区的建立会使中国的逆差进一步扩大。
其实，自贸区的主要目的是相互市场的开放，进行自由贸易，与解决贸易顺逆差问题无关。通过开展自贸区，中国可以扩大贸易，但并不表明，自贸区建成后，逆差会变成顺差，这取决于各国间的产业互补关系。
处理敏感议题是共同挑战
三国之间敏感领域、敏感产业如何处理，是当前研究中争论最多的问题。自贸区最基本要求是市场开放。这意味着对各个国家的产业都有影响和冲击。
比如，在农产品方面，日韩要求很大的保护，担心中国农产品对他们的农业造成冲击。在工业产品方面，中国虽然也出口电子机械产品，但是基本上属于初级加工的上游产品。日韩的比较优势在于技术密集型的产品，而中国是劳动密集型的。日本、韩国在工业品方面会有更强的竞争优势。三国彼此之间都有敏感产品和敏感领域，如何处理是很大挑战。
对日韩来说，不仅与中国的贸易谈判，在其所有的贸易谈判中，农产品都是他们最敏感的问题。这不仅是经济利益，还牵涉到很多政治上的利益，两国在这方面的政策与农民的选票有千丝万缕的关系。这反映了农产品的自由化对一个国家高度敏感，它往往影响到一个国家的政治局面，如果一个政府完全无视某一个集团或者产业的诉求和利益，政府的政治利益就要受到影响。
虽然自贸区谈判可以有一些例外，可以把一些产品排除在自贸区协定之外。但是这个排除例外的比例不能太大，一般不超过10%。一国要排除在外的产品有可能恰恰是他国最具竞争优势的产品，如果大家都这么做，那建自贸区就没有意义了。
中日韩三国都有软肋，这正是三个国家需要解决的挑战。不过，三个国家贸易总量如此之大，如果能够形成一个自由贸易区，实现货物、人员、资本的自由来往，那么东亚地区的影响力将极大增强。这是一个长远的图景，眼前的矛盾需要用智慧来解决。
中国或许面临新一轮阵痛
自贸区是小范围内几个国家之间的。建立自贸区，市场等于开了一个口子，其他国家可以利用这个平台进入你的市场。这需要很大的利益关系来平衡。如果中国的长期福利效应不仅没有看到，自己的产业还受到冲击了，那么建立自贸区就是得不偿失，至少现在做这个事情是不合适的。
除了货物贸易领域外，服务贸易领域的金融、电信、零售方面都有敏感的地方。跟日韩两国比，中国的服务业还处于弱势。中国在2001年加入世界贸易组织（WTO）不到10年的时间内，刚刚消化加入世贸组织所作出的市场开放等一系列承诺，刚刚调整、改革了一些法律、政策、产业，相当于刚刚经历了这样的阵痛，现在又要面临自贸区的阵痛。中国政府还需要说服国内企业接受这样一个开放的现状。不过，对中国来讲，改革开放是不变的国策和趋势。
就贸易自由化来讲，中日韩自贸区将是中国加入世界贸易组织后所面临的最大国际挑战。相比“多哈回合”多边谈判，中国作出的市场开放承诺是和所有的国家联系在一起的。
中国的开放可能是牺牲了一部分利益，但是换来了全球更大的利益。就跟当年一样，部分产业可能受到很大的冲击和影响，但是换来了更多市场准入的机会。
目前，三国的领导人有政治意愿，这是非常好的情况，但确实挑战很大。无论在多边情况下，还是在WTO框架下，还是在日本、韩国跟其他国家谈自贸协定的情况下，各自都有绕不开的问题。如果无法绕开这个问题，即使研究做完了，谈判也会遇到这些问题。
中日韩三国必须找到办法妥善解决这些问题，为下一步谈判打下好的基础。如果这个研究做得扎实，下一步谈判会很快，也会很顺利，谈判会尽快启动，也会尽快结束。因为大部分的问题已经在研究中解决了，谈判就只是个利益交换的过程。