专家组主要采取座谈与实地考察相结合的方式对课题进行了督导。省级政府卫生行政主管部门负责人介绍了各地方专项的组织管理情况，课题负责人汇报了专项课题实施进展情况，并就专项课题的高效组织实施进行了讨论和座谈。座谈会后，专家组实地考察了上海疾病预防控制中心实验室、第二军医大学东方肝胆外科医院标本库、浙江省绍兴县传染病防治示范现场及江苏省疾病预防控制中心专项办公室，并就实验室的内部运行管理情况、社区传染病综合防控工作、居民体检及健康档案建立、配套条件落实情况等与现场人员进行了交流。

上海市、浙江省和江苏省各级政府对专项高度重视，均由省市政府牵头、在省级层面成立了重大专项领导小组，并由卫生厅（局）牵头成立了专项协调小组，具体监督和组织专项的落实工作。专家组认为各课题均按照既定目标开展了相关工作，部分课题已取得一定的进展。为加强课题管理、推进标志性成果的落实，督查调研专家组对课题组进一步凝炼目标、加强子课题评估、注重知识产权保护等方面提出了建议和要求。