自1997年国家正式设立工程硕士专业学位以来，工程硕士教育的规模发展得很快。一方面这条通过培养工程硕士获得高层次人才的途径得到了企业的认可，另一方面在培养过程中人们也不断发现了尚待解决的问题。为此，全国工程硕士专业学位教育指导委员会对工程硕士专业学位的发展状况及存在的问题进行了调研， 下面是工程硕士论文答辩问题主要在选题类型、提交形式等内容并不与其特点相适应，具体体现在以下两个方面：
(一) 工程硕士论文答辩选题类型分类不合理。由于有些工程硕士论文研究内容涉及面宽，往往难以过细归类。工程硕士论文存在着学科交叉、复合的特点，要求工程硕士论文的选题类型应该采取比较宽泛的分类，如分为管理类、设计类、研究类等，才能将工程硕士论文选题类型都包括进来。为了使人们更明确这些类型中具体的内容，可以在大类中细化进行说明，如设计类可包括软工程设计、建筑设计等多方面的设计。
(二) 工程硕士论文答辩的提交形式单一。至今工程硕士论文部分以研究论文的形式提交。此种提交形式对侧重于理论分析的工学硕士论文是适用的，但对论文选题多样化，且应用性强的工程硕士论文则未必完全适用。对于工程、管理等论文选题，有时采用研究报告、图纸和设计报告能更清楚地表述作者的研究思想、研究过程与研究成果。与研究论文一样，研究报告、设计报告等也是对工程硕士生进行系统分析总结和写作上的训练，但是在具体的写作格式、论文内容等方面的要求不同，应更适合管理规划类和设计类课题的实际情况。因此，工程硕士论文应该呈现有多种多样的形式。
因此，工程硕士专业学位教育的发展呼唤着人们转变认识，在工程硕士论文答辩选题过程中最好以表述论文为准，可以有多种选择。尤其是论文指导和要求上，人们对工程硕士的要求还没有脱离工学硕士的模式，这在一定程度上阻碍了工程硕士专业学位特色的发挥。因此认真区别工程硕士和工学硕士的异同，及时转变认识是非常重要的。