将3721以1.2亿美元卖给雅虎之后，周鸿祎于2005年再次创业，创建了奇虎360公司。这家互联网公司只用了短短的三年时间，就成为了中国最大的网络安全平台，拥有1.6亿用户，网民覆盖率超过60%。而且，奇虎360一直坚持着对广大网民完全免费的策略。不过，自2008年年初起，奇虎360每月的收入就已超过了1000万元。
中国的消费者级安全软件市场多年来都保持着稳定的格局，主要产品都来自于本土的三大杀毒公司瑞星、江民与金山。它们心照不宣地结成了一个联盟，偶尔会用降价促销或半年免费试用等市场营销手段来抢一抢市场份额，但是它们坚守的底线就是绝对不会推出永久免费的杀毒软件。在这个相互竞争且有共识的联盟中，三家公司分享着不错的利润，过着安定富足的日子。不过，周鸿祎创立的奇虎360公司的到来，开始让这个“祥和”的市场出现震荡。
奇虎360是用免费的方式来为用户提供安全服务。为什么要用免费的方式进入安全领域，周鸿祎有着自己的一套逻辑。他觉得现在木马的威胁已经远远超过了病毒，木马的种类与变形非常多，而且木马本身与流氓软件一样，具备攻击能力，而传统杀毒技术在面对木马时就显得迟钝。在这种情况下，主动防御、对木马的拦截和捕获是在杀毒整个工作链条里最重要的，而传统的杀毒技术并不具备这样的能力。
这样的情况导致的尴尬是，奇虎360提供的反木马的功能应该是国内做得最好的，具有各种免费的木马防御和专杀工具，而杀毒软件在安全链条中的重要性正日益下降，但这个承担着逐渐弱化环节职责的杀毒软件反而是收费的。
最初，奇虎360通过游说的方式来传达他们的互联网免费理念，中国杀毒软件行业里出现了两个可喜的变化：一是大家都纷纷推出免费版，最长的免费半年；二是杀毒公司纷纷降价，由原来每年几百元降到了现在几十元。
但是奇虎的策略却是将反木马和360一起彻底免费了，因为杀毒只是安全当中的一个链条。要说服杀毒公司彻底免费在如今仍是不现实的，所以周鸿祎自己动手，推出一款360自有品牌的免费杀毒软件，要彻底打破中国安全软件领域里的游戏规则。
当然，以破坏者身份入侵某一利益集团，通常都会遇到反抗的阻力，奇虎360也不例外。为了提供更强大的服务，奇虎360打造了一个开放性平台，在这个平台上，奇虎用灵活的方式来贯穿一个安全领域里的链条。
具体的操作模式是，奇虎可以和其他公司合作，可以投资其他技术公司，也可以购买技术，通过多种合作方式，把涉及到安全类的产品集合在360平台上，并通过平台推荐给用户。
这实际上是“平台作为一种服务(PaaS)”的理念，互联网是Paas的沃土，而不是传统软件公司。这里的区别在于，互联网公司通过互联网已经向大数量级的用户提供了某种服务，而现在只不过是在服务的功能中添加了一些模块而已。其核心还是在于互联网公司后台的分布式架构与计算能力要比传统软件公司的架构领先，并且在线服务用户的经验也较丰富。