公元前211年，秦始皇统一六国。随即而来的问题是怎样管理这个庞大的帝国，是沿用传统的分封制？还是废除诸侯割据，实行郡县制？

　　在建国思想方面，自商鞅变法开始，秦国便奉行法家学说，并以事实证明了其富国强兵的合理性。秦国正是在这种理论的指导下，实现了由弱而强的腾飞。

　　对于昔日六国贵族，嬴政把六国的富翁全部变为首都市民，迁到首都咸阳，重建宫室。一方面以此来增加这些“亡国奴”的归属感，让他们有当家做主的主人翁心理；另一方面，以此割断了六国豪富和故乡的联系，达到震慑控制诸侯旧贵族的目的。

　　公元前213年，秦始皇在咸阳宫里举行了盛大的庆祝宴会，各地代表都进京热情讴歌秦始皇统一中国的丰功伟绩。这时候，有一个叫周青臣的仆射在大庭广众之下，为了显示自己渊博的知识，为秦始皇大唱赞歌，对国家体制建设高谈阔论，提出“郡县制”的政治主张。他说：“他时秦地不过千里，赖陛下神灵明圣，平定海内，放逐蛮夷，日月所照，莫不宾服。以诸侯为郡县，人人自安乐，无战争之患，传之万世。自上古不及陛下威德。”秦始皇一听这话，马上就笑了。但博士淳于越不同意，他当即驳斥：“事不师古而能长久者,非所闻也。”还是实行“分封制”好，时任丞相的李斯本身就是法家集权思想的代表，针对淳于越的言论，他上纲上线，提出指责：“如今天下安定，法令统一。但有个别儒生厚古薄今，攻击郡县制，不懂装懂，对国家大事乱发议论，在百姓中制造混乱。如果不加禁止，会影响朝廷的威信。”

　　第二天，李斯向秦始皇提出了著名的《焚书仪》，为了国家安定团结的大好局面，为了国家万世统一大业，他建议，除政府所藏的儒家经典以及农书、医书、冶金方面的书外，各诸侯编撰的所有史书、私人收藏的《诗》《书》百家语等图书必须焚毁；敢有议论《诗》《书》的，判处死刑；命令下达三十天后不烧书的，刺配边疆，判处有期徒刑四年，全部发配到建筑工地修建城墙。最后还强调，矫枉必须过正。秦始皇经过深入思考，采纳了李斯的建议。于是，大量的书籍被付之一炬，使“经书缺灭而不明，篇章弃散而不具”。这就是著名的焚书坑儒的“焚书”。

　　至于“坑儒”是这样的，秦始皇晚年贪生怕死，舍不得这万世一统的花花江山。为求长生不老，他寄希望于方士寻觅仙药，于是徐福、侯生等贪图富贵的方士应此而生。徐福是山东琅琊人，幼年习读儒书，后来研习阴阳五行，修真炼丹，习学道术，聪明过人。他给秦始皇写信说：大海中有蓬莱、方丈、瀛洲三座神山，山上住着仙人，到那里可以求得不死之药。秦始皇被徐福的上书所打动，就划拨大量公款，派徐福带领数千名童男女斋戒后入海求仙。齐国的侯生、燕国的卢生均为徐福至交，看见老徐这样的人都能带着三千童男童女，乘风破浪，出海旅游，心中艳羡不已。为了富贵，他们谎称能研究出长生不老之药，秦始皇当时正为不能长生不老苦恼，看见这样的申请报告，一般都画圈签字，这样侯生、卢生也成为仙药研究所的高级研究员。但是，那长生不老之仙药本身就是子虚乌有，两个研究人员怎么折腾捣鼓也搞不出来。旷日持久，害怕骗术被拆穿，他们就和一些儒生串通杜撰了各种谣言，说秦始皇“刚戾自用”、“专任狱吏”、“乐以刑杀为威”，搞得天怒人怨，所以上天不让我们炼出药来。秦始皇一听勃然大怒，令御史迅速查办。这些人本身就是乌合之众，既没有政治纲领，也没有统一组织，为了脱罪竟转相牵连告发，结果一下子查出犯禁者四百六十余人。为“使天下知之，以惩后”，秦始皇就将这批人全部坑杀于咸阳，这就是所谓的“坑儒”。其实,秦始皇坑杀的大多是一些炼丹制药的方士，很少有那些真正的儒学大师，当然，也有些喜欢金钱的儒生不可避免地被活埋了。

　　即便这样，秦始皇的长子扶苏于心不忍，他劝谏父亲：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”秦始皇屡遭人骗，正在气头上，命令扶苏马上离开咸阳，到上郡和蒙恬一起守边疆去了。