住房公积金覆盖人群范围小：由于原先国家住房分配主要解决的是城镇在职职工住房问题，因此该制度主要覆盖对象为城镇企事业单位内成员及其家属，不包括城市中无业、无固定职业以及外来人群及其家属。随着社会发展，城市中出现多元经济形态，大量从业人员都不能通过住房公积金制度来解决住房问题。同时随着城市化发展，农村人口大量向城市转移，在城市中工作、生活也需要头上有片瓦可遮风挡雨，也都不能通过现行制度解决现实问题。因此在改革当前住房公积金制度时首先应扩大覆盖人群范围，把它当作一个全民社会保障制度来建设，同时也是国家完善社会保障的重要举措；

　　 住房公积金使用范围小：现行的住房公积金主要可用于支付购买商品房款，通过商业银行进行个人住房公积金贷款和支付还贷，以及到退休年龄后可提出用于补充养老金。发生使用条件主要还是购买商品房。但现实社会中解决住房问题不止购房一条途径，大量的外来流动人口和低收入者可以通过在城市中租房来解决临时或一段时期的居所问题，而现行的住房公积金制度就对这部分人没有任何帮助；

　　住房公积金来源：现行住房公积金征收主要通过制定相关法律按月对在职人员进行工资发放时由发放单位在工资中按比率扣除，同时所在单位也按一定比率缴纳，由专门的住房公积金管理中心进行管理。这种制度表面看国家有一个专门机构负责住房资金来源问题，实际还是由个人和企业所承担，国家并未真正承担国民的住房保障责任。此外法定的住房公积金缴纳比率较高，直接影响职工的收入，也增加企业支出和负担，以致部分不法和有困难企业不能按规定缴纳，存在不交、少交、延时交和漏交住房公积金的现象直接损害职工购房权利。此外从表面看住房公积金不管是工资中扣除还是企业缴纳都是进个人帐户，与直接给个人应该是一样的，但由于住房公积金只能在购买商品房时使用，不能用于其他支出，所以住房公积金实际侵占个人可支配收入，影响缴纳人的消费、投资、教育、旅游等需直接货币支出的经济活动；

　　住房公积金数额与当前房产价格不匹配：虽然个人和企业缴纳住房公积金已占个人收入的相当大比率，但随着房地产业发展和市场泡沫产生，相对于目前房地产市场交易价格水平已不成比率，简单地通过征收住房公积金已对通过买房来解决住房问题成效不大，即使现行制度能提供公积金贷款，占所用购房款比率也较小，而且贷款条件与其它金融手段差不多，因此通过现行住房公积金制度对解决国民住房问题推动不大。此外由于房价高企，造成相当一部分人没有能力买房，不能充分享受这个制度的益处，而部分高收入人则通过这个制度反复低成本买房，推高房价从而加剧社会的不公平和贫富差距。