在各类印染废水中，棉印染废水处理流程较为复杂。这一方面除了由于棉花纤维本身所含杂质外，混纺产品中大量化学纤维成分的增加也使水质发生变化，可生化降解性能变差，增加了处理难度。棉及混纺印染废水的处理与其他印染废水处理相比，时间早，规模也较大。随着棉印染产品中化学纤维数量的增加，及棉混纺织物数量的增加，使废水的可生化降解性能变差，使原有的生物处理系统去除效率降低，因此采用在生化法之后串联化学处理的方式。采用生化与物化相结合的工艺，可以充分发挥生物法去除大部分有机物的能力，而其余的有机物和色度则由化学分承担，这样可以减少药剂投加量，使处理成本降低。近几年，又开发出厌氧－好氧的生物处理工艺。棉机织废水处理工艺：印染废水→格栅→调节池→厌氧水解池→生物接触氧化池（活性污泥法）→沉淀池→混凝沉淀池（混凝气浮池）→化学氧化脱色→排放棉针织废水处理工艺：印染废水→格栅→调节池→生物接触氧化池（活性污泥法）→沉淀池→混凝沉淀池（混凝气浮池）→排放