化学合成类制药废水是用化学合成方法生产药物和制药中间体时产生的废水。主要污染指标为 pH、色度、SS 含量、BOD 5 、COD，动植物油、氨氮和 TOC含量，急性毒性，总镉、总汞、总铅含量等金属类毒性无机物，以及苯、乙醇、氯仿等有机溶剂含量。水质水量变化大，pH 变化大，污染物种类多，成分复杂，可生化性差，含有难降解物质和有抑菌作用的抗生素，有毒性、色度高。主要处理方法为活性污泥法，通常包括普通活性污泥法、深井曝气法、生物流化床和生物接触氧化法等，目前新兴复合式生物反应器。提取类制药废水包括从母液中提取药物后残留的废滤液、废母液和溶剂回收残液等。主要污染指标为pH、色度、BOD 5 、COD，SS、动植物油、氨氮、TOC 含量，急性毒性等。废水成分复杂，水质水量变化大，pH波动范围较大。传统的处理方法主要为化学方法，目前较为理想的处理方法是物理、化学和生物方法相结合。中药类废水产生于生产车间的洗泡蒸煮药材、冲洗、制剂等过程。主要污染指标为 pH、BOD 5 、COD，SS、动植物油、氨氮、TOC 和总氰化物含量，急性毒性等。该类废水有机污染物含量高，成分复杂，难于沉淀，色度高，可生化性好，水质水量变化大。采用生化法处理比较常见，通常为水解酸化、厌氧折流板反应器（ABR）、上流式厌氧污泥床（UASB）、序批式活性污泥法（SBR）等工艺的组合工艺。生物工程类制药废水是以动物脏器为原料培养或提取菌苗血浆和血清抗生素及胰岛素胃酶等产生的废水。主要污染指标为pH、色度、BOD 5 、COD和SS、动植物油、氨氮、TOC、挥发酚、甲醛、乙腈、总余氯含量，急性毒性等。成分复杂，COD、SS含量高，水质变化大并且存在难生物降解且有抑菌作用的抗生素。多采用生物处理工艺，尤其以厌氧 / 好氧组合工艺为主。