利率非完全市场化扭曲了利率的形成体系。在利率市场化国家，基准利率一般指央行再贴现率和再贷款利率，然后以此为基准通过货币市场利率中介等短期利率形成对应存贷款利率等长期利率的调节。由于我国存贷款等长期利率是受管制的，短期的货币市场利率难以通过市场化的利率期限结构来影响长期利率；存贷款利率作为一种政策利率反而会对货币市场短期利率产生不小影响。如此一来，虽然短期利率已市场化，而对实体经济产生影响的长期利率并没有完全市场化，最终导致一方面投资、消费等经济变量对市场化短期利率的反应不灵敏，另一方面非市场化的长期利率失去了对经济资源市场均衡优化配置的功能。利率非完全市场化制约了商业银行的信贷供给。在利率市场化条件下，利率具有调节经济的内在平衡机制，而利率非完全市场化破坏了这种平衡机制，对商业银行信贷供给形成制约。