感染并发症仍是影响儿童肝移植预后的主要因素之一。其发生主要与术后长期使用免疫抑制剂，引起患儿机体免疫力下降有关，但与术前感染病灶的存在也有一定的关系。终木期患儿有时难免发生各种感染，如胆道闭锁惠儿行Kasai术后的逆行性胆管炎、伴大量腹水者的自发性腹膜炎。反复出现的感染有可能加重肝功能的损害。尽管有出现术后感染并发症的危险，如果术前能经药物治疗控制感染，行肝移植治疗仍是可行的。但对一些耐药的全身性细菌、真菌感染或严重的病毒性感染，肝移植应推迟到感染控制后或予以取消。

　　在艾滋病患儿能否行肝移植的问题上一直存在着争论。由于艾滋病本身较差的预后、极低的生活质量以及肝移植的风险，许多移植中心将其列为禁忌。虽然有些中心已对少数此类患儿进行了肝移植，但仍需积累资料作出理智决定。